PODÍVEJ SE, CO TVOJE STŘEVA SKUTEČNĚ DĚLAJÍ

Jeden řádek na každý stav, jeden kruh na každý organismus, který v něm studie skutečně změřila. Každý kruh je odkaz na tu studii na PubMedu.

LPS je kousek vnější stěny některých střevních bakterií. Sleduj ho ve čtyřech krocích, od toho, co ho ve střevech zvyšuje, až po stavy, u kterých ho výzkumníci naměřili. Čtyři z těch kroků jsou přesně to, co čte Gut Barrier Panel.

Výstelka tvého tenkého střeva je silná jen jednu buňku a proteiny zvané těsné spoje fungují jako těsnění mezi těmito buňkami. Okludin je jedním z těchto těsnění. Jiný protein, zonulin, dokáže spoje otevřít. Když se uvolní (zvýšená střevní propustnost), částečně strávené jídlo, bakteriální odpad a toxiny začnou proklouzávat a spouštět imunitní systém [1][2][3].

Jednou z nejprozkoumanějších věcí, které proklouznou, je LPS (lipopolysacharid), toxin uvolňovaný některými střevními bakteriemi. Už nepatrné množství v krvi, takzvaná metabolická endotoxémie, stačí k pohánění chronického zánětu [4][5]. Vyšší hladiny LPS se objevují u obezity, diabetu 2. typu, ztučnělých jater a srdečních chorob, a proto víc výzkumu dnes ukazuje na střevní bariéru jako na příčinu zánětu proti proudu, ne jako na jeho vedlejší účinek [4][5][6].

Pokaždé, když polkneš, pošleš dávku svých úst rovnou dolů do střev. Celý den, každý den. To není metafora, to je instalatérství, a výzkumníci, kteří sekvenovali ústa a stolici stejných lidí, zjistili, že ústní bakterie tu cestu běžně podnikají a usazují se níž, a mnohem častěji tam, kde je přítomná nemoc [28]. To znamená, že tvoje ústa nejsou oddělený systém, který náhodou sedí nad střevy. Jsou to vchodové dveře, a co žije za nimi, to se doručí.

Funguje to tedy oběma směry. Zdravá ústa každý den potichu a bez námahy osívají zdravá střeva, a proto je úklid úst jedním z nejlevnějších kroků proti proudu, které máš k dispozici. Zanícená ústa dělají opak. I ústa mají bariéru a při onemocnění dásní se jejich bakterie a toxiny dostávají také do krevního oběhu. Ty nejhorší, v čele s Porphyromonas gingivalis, nezůstávají na místě: narušují samotná střeva, snižují proteiny těsných spojů a pohánějí tutéž endotoxémii [11][12][13]. P. gingivalis se našla také v ucpaných tepnách a ve více než 90 procentech mozků s Alzheimerovou chorobou [21][22].

Kandida to zhoršuje a ty dvě pracují spolu. Kandida poškozuje střevní výstelku přímo svým toxinem kandidalyzinem [15] a nahoře v ústech se spojuje s P. gingivalis a staví společné biofilmy, které bakterie schovávají před tvým imunitním systémem i před antimykotiky [14]. To je skutečná aliance, ne dva problémy vedle sebe: kvasinka dává bakteriím krytí, bakterie páčí bariéru a společně ji drží otevřenou. Je to velký důvod, proč se kandidy tak těžko zbavuje, a proč se poškozená střeva těžko hojí, dokud jsou ústa pořád zanícená.

Tohle je ten dílek, který skoro nikdo nekontroluje. Pokud jsi udělal práci se střevy, držel dietu měsíce a tvoje kandida pořád neustupuje, zanícená ústa, která ji potichu osívají shora, jsou jedním z prvních skrytých důvodů, které je potřeba vyloučit. Přesně na to se Oral Microbiome Profile zaměřuje, a proto patří do 1. kola, a ne do seznamu doplňků.

Pokud k tomu máš genetické sklony, propustná bariéra je uznávanou součástí toho, jak se autoimunitní onemocnění rozjíždí. Když nestrávené proteiny, bakteriální fragmenty a toxiny dosáhnou krevního oběhu, imunitní systém může začít napadat vlastní tkáň [3][7]. To je práce Dr. Alessia Fasana, který objevil zonulin a ukázal, jak funguje jako dveře k zánětu a autoimunitě. Zvýšená propustnost byla doložena u syndromu dráždivého tračníku, zánětlivých střevních onemocnění a diabetu 1. typu [10].

Tvoje střeva a tvůj mozek spolu neustále obousměrně mluví: podél bloudivého nervu, přes imunitní systém a přes chemické látky, které vyrábějí tvoje střevní bakterie. To spojení má jméno, osa mikrobiota, střevo a mozek, a je to jedna z nejživějších oblastí dnešní neurovědy [23][24].

Propustná bariéra z předchozích oddílů je součástí příběhu. Když LPS a bakteriální fragmenty přejdou do krevního oběhu, zánět, který následuje, se nezastaví u střevní stěny. Výzkumníci, kteří měřili imunitní reakce na střevní bakterie u lidí s těžkou depresí, zjistili zvýšené markery propustné bariéry a navrhli tento přestup jako součást zánětlivého obrazu deprese [25].

Nejpozoruhodnější práce jde opačným směrem. Když se střevní bakterie lidí s depresí přenesly do zvířat chovaných ve sterilních podmínkách, tato zvířata převzala chování podobné depresi a změny metabolismu, které se u zvířat s bakteriemi od zdravých dárců neobjevily [26][27]. To není tvrzení, že bakterie u člověka depresi způsobují, a nikdo ho netvrdí. Znamená to, že střeva nejsou u nálady jen přihlížejícím a jsou jednou z mála proměnných proti proudu, kterou můžeš skutečně změřit a jednat podle ní.

Je to tedy proměnná, skutečná, a skoro nikdo ji nekontroluje. Úzkost a deprese jsou vážné a zaslouží si skutečnou péči od licencovaného odborníka na duševní zdraví. Nic tady ji nenahrazuje a laboratorní panel není diagnóza. Ale pokud roky pracuješ na své mysli a nikdy ses nepodíval na svá střeva, tohle jsou dveře, které nikdo neotevřel.

Pokud dál jíš potraviny, na které tvůj imunitní systém reaguje, střevní výstelka zůstává zanícená, což živí propustnost a brání hojení [8][9]. Normálně najít svoje spouštěče znamená dlouhou eliminační dietu: vyřadit celé skupiny potravin a pomalu je zavádět zpátky. Testování většinu z toho přeskočí. Zjistíš přesně, které potraviny jsou problém, a vyhýbáš se jen těm. Jedinou výjimkou je kandida: pokud máš přemnožení, pořád se musíš vyhýbat potravinám, které ji živí, zatímco ji vracíš do rovnováhy, bez ohledu na výsledky citlivosti.

Zdravé dásně nekrvácejí, nikdy. Pokud ti krvácejí při používání zubní nitě nebo při čištění, je to zánět a jeden z nejčasnějších příznaků onemocnění dásní [16]. Hustý bílý povlak na jazyku může ukazovat na ústní kandidu [17]. Tři a více kvasinkových infekcí za rok jsou zhruba v devíti případech z deseti kandida [18]. Výzkumníci berou vážně i souvislost kandidy s rakovinou: produkuje karcinogenní látky jako acetaldehyd a nejsilnější důkazy ji spojují s rakovinou ústní dutiny [19][20].

Panely KBMO FIT (22, 132 nebo 176 potravin), každý spárovaný s Gut Barrier Panelem, měří reaktivitu tvého imunitního systému na konkrétní potraviny a přídatné látky a také to, jak propustná je výstelka. GI-MAP je test stolice založený na DNA, který mapuje bakterie, kvasinky, parazity a markery trávení, zánětu a imunitní aktivity, s volitelnými doplňky pro zonulin a StoolOMX. Oral Microbiome Profile mapuje bakterie v tvých ústech včetně parodontálních patogenů. Troje dveře: tvoje jídlo, tvoje střeva a tvoje ústa.

Jess si udělal přesně tenhle profil sám na sobě a výsledek ukázal červený a oranžový komplex, což je to, co u většiny lidí vyjde. Ani jednou, když se testoval, neměl žádné příznaky a jeho zubař se o tom nikdy nezmínil. Aby to bylo vidět, stačil vzorek slin.

Každý den dodržoval jednu rutinu bez antibiotik: dvě ústní probiotika (ProBiora a BLIS K12 a M18), sonický zubní kartáček, ústní sprchu, zubní pastu s nano hydroxyapatitem a výplachy. Při přetestování byl červený komplex pod hranicí detekce a zbývající organismus oranžového komplexu klesl na malý zlomek původní hodnoty, hluboko ve zdravém rozmezí.

Detail, který udělal rozdíl: zinkový výplach šel do zásobníku ústní sprchy s teplou vodou. Vyplachování se dotkne povrchu zubu, ale červený komplex žije dole v dásňové kapse, kam výplach nikdy nedosáhne. Ústní sprcha dopraví stejný roztok pod tlakem přímo do té kapsy. Stejné produkty, jaké má většina lidí doma, úplně jiné doručení.

Proveď to ve třech fázích. Zničit: zinkový výplach v zásobníku, dokud trvá aktivní infekce. Ověřit: přetestování zhruba po devadesáti dnech, protože kdy jsi hotový, ti řekne test, ne kalendář. Znovu osídlit: zinek pryč, jen jemné výplachy, probiotika večer po čištění, aby se usadila na čistém povrchu a kolonizovala ho. Odstranění červeného komplexu vezme s sebou i tvoje dobré bakterie, což je přesně to, co se má stát, a přesně proto třetí fáze není volitelná.

Dvě věci patří do křesla dobrého biologického zubaře. Nech si dobrým biologickým zubařem změřit dásňové kapsy, protože číslo rozhoduje o zákroku: 1 až 3 mm znamená ošetření dásní, 4 mm a víc vyžaduje scaling a root planing a smyslem obou je úplné narušení biofilmu. A začni protokol aspoň den před tímto čištěním, ne až po něm, protože hodiny po scalingu jsou nejotevřenějším oknem, jaké tvoje ústa budou mít. Ještě jedna věc, o které nikdo nemluví: tyto organismy se přenášejí mezi lidmi, kteří sdílejí sliny, takže pokud máš pozitivní výsledek, nech otestovat i partnera a prováděj protokol společně.

Získat balíček pro zdraví úst Přečíst celý příběh

Na této stránce jsou dva druhy testů a vracejí velmi odlišné věci.

Čipový test čte několik set tisíc vybraných pozic. 23andMe ti dá soubor zip o velikosti zhruba 5 až 7 megabajtů, který se rozbalí do prostého textového souboru o zhruba 15 až 25 megabajtech s něčím mezi 550 000 a 700 000 pozicemi. FamilyTreeDNA ti dá komprimovaný soubor CSV ve stejném rozsahu velikostí, ale zveřejňuje jen pozice, kterými si je jistá, takže dostaneš jejich vybranou sadu, ne všechno, co přístroj přečetl.

Sekvenační test přečte celek, zhruba tři miliardy pozic, přibližně 30krát. Dostaneš tři soubory. BAM je úplné zarovnání a má 80 až 120 gigabajtů, takže si úložiště naplánuj dřív, než ho stáhneš. FASTQ jsou surová čtení. VCF je seznam míst, kde se tvoje DNA liší od reference, a právě ten chce skoro každý analytický nástroj. Nekomprimovaný má 10 až 20 gigabajtů. Komprimovaný klesne zhruba na 1 až 2 gigabajty.

Poctivé shrnutí je tedy tohle. Čipový soubor je dost malý na to, abys ho poslal e-mailem. Celý genom ne, a na stahování budeš potřebovat skutečné místo na disku a trpělivost.

Většina míst, která tvoje data čtou, chce VCF, a většina z nich ho chce komprimovaný. Nejdřív dobrá zpráva: většina sekvenačních firem ti rovnou dá soubor končící na .vcf.gz, a .gz znamená, že už je komprimovaný. Pokud tvůj končí takhle, máš hotovo, tohle celé přeskoč a nahraj ho tak, jak je.

Pokud tvůj soubor končí jen na .vcf, tady je, jak ho komprimovat.

Na Macu nebo na Linuxu otevři Terminál, přejdi do složky se souborem a spusť gzip -k yourfile.vcf. Přepínač -k ponechá originál místo toho, aby ho nahradil, na čemž záleží, když stahování souboru trvalo den. Vedle vznikne yourfile.vcf.gz.

Na Windows nainstaluj 7-Zip, klikni na soubor pravým tlačítkem, vyber 7-Zip, zvol Přidat do archivu a nastav formát archivu na gzip. Dostaneš stejný výsledek .vcf.gz.

Pokud už máš nainstalované bioinformatické nástroje, bgzip yourfile.vcf je genomický standard a několik nástrojů ho výslovně chce. Obyčejný gzip se přijímá skoro všude jinde, takže kvůli tomu nic neinstaluj, pokud o to nástroj nepožádá.

Jedna věc, kterou je dobré vědět, než začneš. Komprese VCF celého genomu chvíli trvá a potřebuje volné místo na disku pro obě kopie najednou. Udělej to, když počítač nepotřebuješ.

Nic z toho nepatří mně a nic z toho nemám. Jsou to prostě místa, kam soubor putuje, jakmile ho máš. Ceny se mění, tak si je před zaplacením zkontroluj.

Promethease je z nich nejširší. Porovná tvůj soubor se SNPedií a vrátí tisíce asociací a běží od roku 2008. Limit nahrávání je 4 gigabajty, takže komprimovaný VCF celého genomu se vejde.

Genetic Genie nabízí zdarma panely metylace a detoxikace, což je to, po čem většina lidí ve světě funkční medicíny skutečně jde. Jejich limit nahrávání je 1 gigabajt a podle jejich vlastních pokynů hlubší sekvenování dává přesnější výsledky. Čipový soubor se vejde vždycky. Komprimovaný celý genom někdy ne, a pokud je tvůj přes limit, budeš ho muset nejdřív odfiltrovat, což opravdu přesahuje rychlý návod, jako je tento.

SelfDecode funguje na předplatné a je z celé skupiny nejpropracovanější. Xcode Life i NutraHacker prodávají jednotlivé zprávy po jedné. GEDmatch slouží k hledání příbuzných, ne ke zdraví, a přijímá nahrávky od většiny testovacích firem, a tak se lidé párují napříč službami, které spolu nemluví.

Než cokoli kamkoli nahraješ, podívej se, co ta stránka říká, že s tvým souborem dělá. Předáváš nejidentifikovatelnější informaci, jakou máš, a identifikuje i tvé pokrevní příbuzné, z nichž se nikdo nikoho neptal.

Každá z těchto firem ti soubor dá, ale jen pár z nich ho má na jedno kliknutí. Ostatní tě nutí hledat a jedna z nich na to dává časový limit. Tady je, kde stažení u každé z nich leží podle mé poslední kontroly. Nabídky se mění, takže pokud krok nesedí, vyhledej v jejich centru nápovědy slova raw data.

Sequencing.com: přihlas se, otevři My Genomes, vyber genom a pak záložku Files vlevo. Každý soubor (FASTQ, BAM, VCF) má vlastní stažení ve sloupci Actions a ve stejném sloupci je i koš, až budeš chtít mazat.

Nucleus: přihlas se, otevři nastavení účtu (Account) nebo v rozbalovací nabídce pod svým jménem vyber Downloads. Můžeš si vzít VCF, CRAM, FASTQ, soubory strukturálních variant a počtu kopií a také kopii už naformátovanou pro Promethease nebo GEDmatch. Pro smazání napiš e-mail na concierge@mynucleus.com z adresy uvedené v účtu.

Dante Labs: přihlas se, otevři Genome Manager a stahuj odtud. Dvě varování. Každý odkaz ke stažení zanikne 60 sekund po kliknutí, takže přenos spusť okamžitě a odkaz si neukládej na později. A zákazníci hlásí, že FASTQ a BAM po prvním měsíci z účtu zmizí, zatímco VCF zůstane, takže velké soubory si stáhni brzy. Smazání se vyřizuje žádostí přes support.dantelabs.com.

FamilyTreeDNA: nejdřív si zapni dvoufázové ověření, bez něj stažení odmítne běžet. Pak Results & Tools, Autosomal DNA, Download Raw Data a vezmi soubor Build 37 Concatenated. Nerozbaluj ho ani nepřejmenovávej, čtečky ho chtějí přesně tak, jak přišel. Smazání je e-mail na deletemydata@familytreedna.com odeslaný z primární adresy účtu a zničí i uložený vzorek.

23andMe: klikni na své jméno, pak Settings, sjeď k 23andMe Data a klikni na View. Procházení surových genotypových dat stáhneš na místě; žádost o úplná data se posílá e-mailem a může trvat dny. Permanently Delete Data najdeš na stejné stránce a dokončí se přes potvrzovací odkaz v e-mailu. Je to nevratné a nevztahuje se na soubory, které jsi už sdílel jinde.

Tady je pořadí, v jakém bych to udělal, a udělal bych to týž týden, kdy výsledky dorazí. Zaprvé si ulož každou zprávu, kterou ti ukážou. Každou vytiskni do PDF nebo udělej snímek obrazovky, protože právě přehled je ta část, která zmizí, když se firma prodá nebo zavře. Zadruhé si stáhni surový soubor, celý, VCF i BAM, pokud na to máš disk, a ulož kopii někam jinam než na notebook, na který se stáhla.

Zatřetí, jakmile ověříš, že se kopie otevírají, vrať se a požádej je o smazání svých dat a zničení vzorku. Každá firma na této stránce to udělá, postup je výše. Smazání účtu není vždycky totéž co smazání dat nebo vzorku, takže požádej o všechny tři výslovně.

Důvod je jednoduchý. Soubor tě identifikuje po zbytek života a identifikuje i tvoje děti a sourozence, z nichž nikdo nic nepodepsal. Jakmile máš vlastní kopii, není důvod, aby dál ležel na cizím serveru a čekal na další únik nebo dalšího kupce.

Nejsem lékař a nikoho nediagnostikuji a genetická varianta není diagnóza. Nést variantu znamená nést variantu. Neznamená to, že máš nějaký stav, neznamená to, že ho dostaneš, a spousta lidí nese věci, které se u nich nikdy neprojeví. Tvoje geny ti dávají mapu sklonů, ne rozsudek.

Je to proměnná. Velká, a skoro nikdo ji nekontroluje. Přesně tak bych s ní zacházel, jako s další informací vedle krevních testů, příznaků a toho, jak se skutečně cítíš, ne jako s odpovědí, která přebije všechny tři.

Pokud tě něco ve zprávě znepokojí, vezmi to k lékaři, který se podívá na celý obraz, ideálně k dobrému lékaři funkční medicíny, který to bude číst vedle tvých laboratorních výsledků, a ne izolovaně.