ZOBACZ, CO NAPRAWDĘ ROBIĄ TWOJE JELITA

Jeden wiersz na schorzenie, jedno kółko na organizm, który badanie faktycznie w nim zmierzyło. Każde kółko to link do tego badania na PubMed.

LPS to fragment zewnętrznej ściany pewnych bakterii jelitowych. Prześledź go w czterech krokach, od tego, co podnosi jego poziom w Twoich jelitach, po schorzenia, obok których badacze go zmierzyli. Cztery z tych kroków to dokładnie to, co odczytuje Panel Bariery Jelitowej.

Wyściółka Twojego jelita cienkiego ma grubość zaledwie jednej komórki, a białka zwane ścisłymi połączeniami działają jak uszczelki między tymi komórkami. Okludyna jest jedną z takich uszczelek. Inne białko, zonulina, potrafi rozewrzeć te połączenia. Kiedy się rozluźniają (zwiększona przepuszczalność jelitowa), częściowo strawione jedzenie, produkty przemiany bakterii i toksyny zaczynają się przez nie przedostawać i pobudzać układ odpornościowy [1][2][3].

Jedną z najlepiej przebadanych rzeczy, które się przedostają, jest LPS (lipopolisacharyd), toksyna uwalniana przez pewne bakterie jelitowe. Nawet znikome ilości we krwi, zwane endotoksemią metaboliczną, wystarczą, by napędzać przewlekły stan zapalny [4][5]. Wyższe poziomy LPS pojawiają się w otyłości, cukrzycy typu 2, stłuszczeniu wątroby i chorobach serca, dlatego coraz więcej badań wskazuje na barierę jelitową jako przyczynę stanu zapalnego leżącą wyżej, a nie jako jego skutek uboczny [4][5][6].

Za każdym razem, gdy przełykasz, wysyłasz dawkę swoich ust prosto w dół do jelit. Cały dzień, każdego dnia. To nie metafora, to hydraulika, a badacze, którzy zsekwencjonowali usta i stolce tych samych osób, stwierdzili, że bakterie jamy ustnej rutynowo odbywają tę podróż i osiedlają się niżej, znacznie częściej, gdy obecna jest choroba [28]. Co oznacza, że Twoje usta nie są osobnym układem, który przypadkiem leży nad jelitami. Są drzwiami wejściowymi, a cokolwiek za nimi żyje, zostaje dostarczone.

Działa to więc w obie strony. Zdrowe usta po cichu zasiewają zdrowe jelita każdego dnia, całkiem bez wysiłku, dlatego uporządkowanie ust to jeden z najtańszych ruchów u źródła, jakie masz do dyspozycji. Usta objęte stanem zapalnym robią coś odwrotnego. Twoje usta też mają barierę, a przy chorobie dziąseł ich bakterie i toksyny również dostają się do krwiobiegu. Najgorsza z nich, na czele z Porphyromonas gingivalis, nie zostaje na miejscu: zaburza same jelita, obniżając poziom białek ścisłych połączeń i napędzając tę samą endotoksemię [11][12][13]. P. gingivalis znaleziono też w zatkanych tętnicach i w ponad 90 procentach mózgów osób z chorobą Alzheimera [21][22].

Candida pogarsza sprawę, a te dwoje działa razem. Candida uszkadza wyściółkę jelit bezpośrednio swoją toksyną kandydalizyną [15], a w ustach współpracuje z P. gingivalis, budując wspólne biofilmy, które ukrywają bakterie przed Twoim układem odpornościowym i przed Twoimi lekami przeciwgrzybiczymi [14]. To prawdziwy sojusz, a nie dwa problemy stojące obok siebie: grzyb daje bakteriom osłonę, bakterie rozwierają barierę, a razem trzymają ją otwartą. To duży powód, dla którego candidy tak trudno się pozbyć i dlaczego uszkodzone jelita z trudem się goją, gdy usta wciąż są objęte stanem zapalnym.

To element, którego prawie nikt nie sprawdza. Jeśli przerobiłeś pracę nad jelitami, trzymałeś dietę przez miesiące, a Twoja candida nadal nie chce zejść, usta objęte stanem zapalnym, które po cichu zasiewają ją z góry, są jedną z pierwszych ukrytych przyczyn do wykluczenia. Właśnie tego szuka Profil Mikrobiomu Jamy Ustnej i dlatego stoi on w Rundzie 1, a nie na liście dodatków.

Jeśli masz do tego predyspozycje genetyczne, nieszczelna bariera jest uznanym elementem tego, jak rozwija się choroba autoimmunologiczna. Kiedy niestrawione białka, fragmenty bakterii i toksyny docierają do krwiobiegu, układ odpornościowy może zacząć atakować własne tkanki [3][7]. To praca dr. Alessio Fasano, który odkrył zonulinę i pokazał, jak działa ona jak drzwi do stanu zapalnego i autoimmunizacji. Zwiększoną przepuszczalność udokumentowano w IBS, nieswoistych zapaleniach jelit i cukrzycy typu 1 [10].

Twoje jelita i Twój mózg prowadzą nieustanną dwustronną rozmowę: nerwem błędnym, przez układ odpornościowy i przez substancje wytwarzane przez Twoje bakterie jelitowe. To połączenie ma swoją nazwę, oś mikrobiota-jelito-mózg, i jest jednym z najbardziej aktywnych obszarów dzisiejszej neuronauki [23][24].

Nieszczelna bariera z powyższych sekcji jest częścią tej historii. Kiedy LPS i fragmenty bakterii przechodzą do krwiobiegu, stan zapalny, który po tym następuje, nie zatrzymuje się na ścianie jelita. Badacze mierzący odpowiedzi immunologiczne na bakterie jelitowe u osób z depresją ciężką stwierdzili podwyższone markery nieszczelnej bariery i zaproponowali tę translokację jako część zapalnego obrazu depresji [25].

Najbardziej uderzające prace idą w drugą stronę. Gdy bakterie jelitowe od osób z depresją przeniesiono do zwierząt hodowanych bez bakterii, zwierzęta te przejęły zachowania depresyjne i zmiany metaboliczne, których nie było u zwierząt, które otrzymały bakterie od zdrowych dawców [26][27]. To nie jest twierdzenie, że bakterie powodują depresję u człowieka, i nikt go nie stawia. To znaczy, że jelita nie są w kwestii nastroju obserwatorem z boku i są jedną z niewielu zmiennych u źródła, którą naprawdę możesz zmierzyć i na którą możesz wpłynąć.

To więc jest zmienna, i to prawdziwa, a prawie nikt jej nie sprawdza. Lęk i depresja są poważne i zasługują na prawdziwą opiekę licencjonowanego specjalisty zdrowia psychicznego. Nic tutaj tego nie zastępuje, a panel laboratoryjny nie jest diagnozą. Ale jeśli od lat pracujesz nad swoim umysłem, a ani razu nie spojrzałeś na swoje jelita, to są drzwi, których nikt nie otworzył.

Jeśli dalej jesz pokarmy, na które reaguje Twój układ odpornościowy, wyściółka jelit pozostaje w stanie zapalnym, co podsyca przepuszczalność i uniemożliwia gojenie [8][9]. Zwykle znalezienie swoich wyzwalaczy oznacza długą dietę eliminacyjną: wykluczenie całych grup produktów i powolne ich wprowadzanie. Badanie pozwala większość tego pominąć. Dowiadujesz się dokładnie, które pokarmy są problemem, i po prostu ich unikasz. Jedynym wyjątkiem jest candida: przy przeroście i tak musisz unikać pokarmów, które ją karmią, aż przywrócisz równowagę, niezależnie od wyników nadwrażliwości.

Zdrowe dziąsła nie krwawią, nigdy. Jeśli Twoje krwawią przy nitkowaniu albo szczotkowaniu, to stan zapalny i jeden z najwcześniejszych sygnałów choroby dziąseł [16]. Gruby biały nalot na języku może wskazywać na candidę jamy ustnej [17]. Trzy lub więcej infekcji grzybiczych w roku to candida w mniej więcej dziewięciu przypadkach na dziesięć [18]. Badacze poważnie traktują też związek candidy z nowotworami: wytwarza ona rakotwórcze związki, takie jak aldehyd octowy, a najsilniejsze dowody wiążą ją z rakiem jamy ustnej [19][20].

Panele KBMO FIT (22, 132 albo 176 pokarmów), każdy w parze z Panelem Bariery Jelitowej, mierzą Twoją reaktywność immunologiczną na konkretne pokarmy i dodatki oraz to, jak nieszczelna jest wyściółka. GI-MAP to badanie kału oparte na DNA, które mapuje bakterie, drożdże, pasożyty oraz markery trawienia, stanu zapalnego i aktywności immunologicznej, z opcjonalnymi dodatkami dla zonuliny i StoolOMX. Profil Mikrobiomu Jamy Ustnej mapuje bakterie w Twoich ustach, w tym patogeny przyzębia. Troje drzwi: Twoje jedzenie, Twoje jelita i Twoje usta.

Jess zrobił dokładnie ten profil na sobie i wrócił on z kompleksem czerwonym i kompleksem pomarańczowym, czyli z tym, z czym wraca u większości ludzi. Za każdym razem, gdy badał, nie miał objawów, a jego dentysta nigdy o tym nie wspomniał. Potrzebna była próbka śliny, żeby to zobaczyć.

Prowadził jedną codzienną rutynę, bez antybiotyków: dwa probiotyki doustne (ProBiora oraz BLIS K12 i M18), szczoteczkę soniczną, irygator, pastę z nanohydroksyapatytem i płukanki. W badaniu kontrolnym kompleks czerwony był poniżej granicy wykrywalności, a pozostały organizm z kompleksu pomarańczowego spadł do małego ułamka poziomu wyjściowego, dobrze wewnątrz zakresu zdrowego.

Szczegół, który zrobił różnicę: płukanka cynkowa trafiała do zbiornika irygatora z ciepłą wodą. Płukanka używana do płukania dotyka powierzchni zęba, ale kompleks czerwony żyje w kieszonce dziąsłowej, dokąd płukanie nigdy nie sięga. Irygator wtłacza ten sam roztwór pod ciśnieniem prosto do tej kieszonki. Te same produkty, które większość ludzi już ma, całkowicie inny sposób podania.

Prowadź to w trzech fazach. Zabij: płukanka cynkowa w zbiorniku, dopóki trwa aktywna infekcja. Potwierdź: powtórz badanie po około dziewięćdziesięciu dniach, bo to badanie mówi Ci, kiedy skończyłeś, a nie kalendarz. Odbuduj populację: cynk odstawiony, tylko delikatne płukanki, probiotyki wieczorem po szczotkowaniu, żeby osiadły na czystej powierzchni i skolonizowały ją. Usuwanie kompleksu czerwonego zabiera ze sobą Twoje dobre bakterie, co jest dokładnie tym, co powinno się stać, i dokładnie dlatego trzecia faza nie jest opcjonalna.

Dwie rzeczy należą do fotela dobrego dentysty biologicznego. Zmierz kieszonki dziąsłowe u dobrego dentysty biologicznego, bo to liczba decyduje o zabiegu: od 1 do 3 mm to leczenie dziąseł, 4 mm i więcej wymaga skalingu i wygładzania korzeni, a celem obu jest pełne rozbicie biofilmu. Oraz zacznij protokół co najmniej dzień przed tym czyszczeniem, a nie po nim, bo godziny po skalingu to najbardziej otwarte okno, jakie będą miały Twoje usta. Jeszcze jedno, o czym nikt nie wspomina: te organizmy przechodzą między ludźmi, którzy dzielą ślinę, więc jeśli Twój wynik jest dodatni, poproś partnera o badanie i prowadźcie to razem.

Weź Zestaw Zdrowia Jamy Ustnej Przeczytaj całą historię

Na tej stronie są dwa rodzaje testów i oddają zupełnie różne rzeczy.

Test chipowy odczytuje kilkaset tysięcy wybranych pozycji. 23andMe daje plik zip ważący około 5 do 7 megabajtów, który rozpakowuje się do zwykłego pliku tekstowego o wielkości około 15 do 25 megabajtów, zawierającego od 550 000 do 700 000 pozycji. FamilyTreeDNA daje skompresowany CSV o podobnej wielkości, choć udostępniają tylko te pozycje, co do których mają pewność, więc dostajesz ich wyselekcjonowany zestaw, a nie wszystko, co odczytała maszyna.

Test sekwencyjny odczytuje całość, około trzech miliardów pozycji, każdą mniej więcej 30 razy. Dostajesz trzy pliki. BAM to pełne dopasowanie i waży od 80 do 120 gigabajtów, więc zaplanuj miejsce przed pobraniem. FASTQ to surowe odczyty. VCF to lista miejsc, w których twoje DNA różni się od referencji, i to jego chce prawie każde narzędzie analityczne. Nieskompresowany waży od 10 do 20 gigabajtów. Skompresowany schodzi do mniej więcej 1 do 2 gigabajtów.

Uczciwe podsumowanie brzmi tak. Plik z testu chipowego jest na tyle mały, że można go wysłać mailem. Cały genom nie jest, i będziesz potrzebował prawdziwego miejsca na dysku oraz cierpliwości przy pobieraniu.

Większość miejsc, które czytają twoje dane, chce pliku VCF i chce go skompresowanego. Najpierw dobra wiadomość: większość firm sekwencyjnych już daje plik kończący się na .vcf.gz, a .gz oznacza, że jest już skompresowany. Jeśli twój tak się kończy, to koniec, pomiń całą tę sekcję i wyślij go tak jak jest.

Jeśli twój plik kończy się samym .vcf, oto jak go skompresować.

Na Macu albo w Linuksie otwórz Terminal, przejdź do folderu z plikiem i uruchom gzip -k twojplik.vcf. Opcja -k zachowuje oryginał zamiast go zastępować, co ma znaczenie, gdy pobieranie zajęło cały dzień. Obok pojawi się twojplik.vcf.gz.

W Windowsie zainstaluj 7-Zip, kliknij plik prawym przyciskiem, wybierz 7-Zip, wybierz Dodaj do archiwum i ustaw format na gzip. Dostaniesz ten sam wynik .vcf.gz.

Jeśli masz już zainstalowane narzędzia bioinformatyczne, bgzip twojplik.vcf to standard w genomice i część narzędzi wprost tego wymaga. Zwykły gzip jest akceptowany prawie wszędzie, więc nie instaluj niczego specjalnie w tym celu, dopóki jakieś narzędzie o to nie poprosi.

Jedna rzecz warta uwagi, zanim zaczniesz. Kompresja VCF całego genomu trochę trwa i wymaga wolnego miejsca na obie kopie naraz. Zrób to, kiedy nie potrzebujesz komputera.

Żadne z nich nie jest moje i nic na nich nie zarabiam. To po prostu miejsca, do których trafia plik, kiedy już go masz. Ceny się zmieniają, więc sprawdź przed zapłatą.

Promethease jest najszerszy z nich. Zestawia twój plik z bazą SNPedia i zwraca tysiące powiązań, a działa od 2008 roku. Limit wysyłki to 4 gigabajty, więc skompresowany VCF całego genomu się mieści.

Genetic Genie udostępnia panele metylacji i detoksykacji bez opłat, i to właśnie tego naprawdę szuka większość osób ze świata medycyny funkcjonalnej. Ich limit wysyłki to 1 gigabajt, a ich własne wskazówki mówią, że głębsze sekwencjonowanie daje dokładniejsze wyniki. Plik z testu chipowego zawsze się mieści. Skompresowany cały genom czasem nie, a jeśli twój przekracza limit, trzeba go najpierw przefiltrować, co naprawdę wykracza poza tak krótką instrukcję jak ta.

SelfDecode działa w abonamencie i jest najbardziej dopracowany z tej grupy. Xcode Life i NutraHacker sprzedają pojedyncze raporty. GEDmatch służy do szukania krewnych, a nie do zdrowia, i przyjmuje pliki z większości firm testowych, i właśnie tak ludzie znajdują dopasowania między serwisami, które ze sobą nie rozmawiają.

Zanim gdziekolwiek wyślesz plik, sprawdź, co dana strona deklaruje, że z nim robi. Oddajesz najbardziej identyfikującą informację, jaką masz, a ona identyfikuje także twoich krewnych, których nikt o zgodę nie pytał.

Każda z tych firm odda ci plik, ale tylko kilka kładzie go na wyciągnięcie jednego kliknięcia. Reszta każe szukać, a jedna nastawia zegar. Oto gdzie leży pobieranie u każdej z nich według mojego ostatniego sprawdzenia. Menu się przesuwają, więc jeśli jakiś krok się nie zgadza, wyszukaj w ich centrum pomocy słowa raw data.

Sequencing.com: zaloguj się, otwórz My Genomes, wybierz genom, potem zakładkę Files po lewej. Każdy plik (FASTQ, BAM, VCF) ma własne pobieranie w kolumnie Actions, a ta sama kolumna ma kosz, gdy zechcesz usunąć.

Nucleus: zaloguj się, otwórz Account settings albo wybierz Downloads z menu pod swoim imieniem. Zabierzesz VCF, CRAM, FASTQ oraz pliki wariantów strukturalnych i liczby kopii, plus kopię już sformatowaną pod Promethease lub GEDmatch. Żeby usunąć, napisz na concierge@mynucleus.com z adresu przypisanego do konta.

Dante Labs: zaloguj się, otwórz Genome Manager i pobieraj stamtąd. Dwa ostrzeżenia. Każdy link do pobrania wygasa 60 sekund po kliknięciu, więc zacznij transfer od razu i nie odkładaj linku na później. Klienci zgłaszają też, że FASTQ i BAM znikają z konta po pierwszym miesiącu, a VCF zostaje, więc duże pliki ściągnij wcześnie. Usunięcie zgłasza się przez support.dantelabs.com.

FamilyTreeDNA: najpierw włącz uwierzytelnianie dwuskładnikowe, bez niego pobieranie nie ruszy. Potem Results & Tools, Autosomal DNA, Download Raw Data i weź plik Build 37 Concatenated. Nie rozpakowuj go i nie zmieniaj nazwy, czytniki chcą go dokładnie takim, jaki przyszedł. Usunięcie to e-mail na deletemydata@familytreedna.com wysłany z głównego adresu konta, i niszczy też przechowywaną próbkę.

23andMe: kliknij swoje imię, potem Settings, zjedź do 23andMe Data i kliknij View. Browse Raw Genotyping Data pobiera się od razu; pełne żądanie danych przychodzi mailem i może zająć dni. Permanently Delete Data jest na tej samej stronie i kończy się linkiem potwierdzającym w twojej poczcie. To nieodwracalne i nie sięga plików, które już udostępniłeś gdzie indziej.

Oto kolejność, w jakiej bym to zrobił, i zrobiłbym to w tygodniu, w którym przyjdą wyniki. Po pierwsze, zapisz każdy raport, który ci pokazują. Wydrukuj do PDF albo zrób zrzut ekranu, bo panel to ta część, która znika, gdy firma zostaje sprzedana albo się zamyka. Po drugie, pobierz surowy plik, cały, VCF i BAM, jeśli masz miejsce na dysku, i odłóż kopię gdzieś poza laptopem, na który zjechał.

Po trzecie, gdy sprawdzisz, że kopie się otwierają, wróć i poproś o usunięcie danych i zniszczenie próbki. Każda firma z tej strony to zrobi, kroki są wyżej. Usunięcie konta nie zawsze znaczy usunięcie danych albo próbki, więc poproś o wszystkie trzy po imieniu.

Powód jest prosty. Ten plik identyfikuje cię do końca życia, a także twoje dzieci i rodzeństwo, z których nikt niczego nie podpisał. Kiedy masz własną kopię, nie ma powodu, żeby leżał dalej na cudzym serwerze, czekając na następny wyciek albo następnego nabywcę.

Nie jestem lekarzem i nikogo nie diagnozuję, a wariant genetyczny nie jest diagnozą. Nosić wariant znaczy tyle, że nosisz wariant. Nie znaczy, że masz jakąś chorobę, nie znaczy, że ją dostaniesz, i mnóstwo ludzi nosi rzeczy, które nigdy się nie ujawniają. To, co dają ci geny, to mapa skłonności, a nie wyrok.

To zmienna. Duża, i taka, której prawie nikt nie sprawdza. Dokładnie tak bym ją traktował, jako jedną informację więcej obok twoich badań krwi, twoich objawów i tego, jak naprawdę się czujesz, a nie jako odpowiedź, która przebija wszystkie trzy.

Jeśli coś w raporcie cię zaniepokoi, zanieś to do lekarza, który potrafi spojrzeć na całość, najlepiej do dobrego lekarza medycyny funkcjonalnej, który przeczyta to obok twoich badań, a nie w oderwaniu od nich.