BAĞIRSAĞININ GERÇEKTE NE YAPTIĞINI GÖR

Her duruma bir satır, o durumda bir çalışmanın gerçekten ölçtüğü her organizmaya bir daire. Her daire, PubMed’deki o çalışmaya giden bir bağlantı.

LPS, bazı bağırsak bakterilerinin dış duvarının bir parçası. Onu dört adımda takip et: bağırsağında neyin onu yükselttiğinden, araştırmacıların onunla birlikte ölçtüğü durumlara kadar. Bu adımların dördü tam olarak Gut Barrier Panel’in okuduğu şeyler.

İnce bağırsağının astarı yalnızca tek hücre kalınlığında ve sıkı bağlantı denen proteinler o hücreler arasındaki mühürler olarak çalışıyor. Okludin bu mühürlerden biri. Zonulin adlı başka bir protein ise bağlantıları açabiliyor. Bunlar gevşediğinde (artmış bağırsak geçirgenliği) kısmen sindirilmiş gıda, bakteri atıkları ve toksinler sızmaya ve bağışıklık sistemini harekete geçirmeye başlıyor [1][2][3].

Sızanların en çok çalışılanlarından biri, bazı bağırsak bakterilerinin saldığı bir toksin olan LPS (lipopolisakkarit). Kanda metabolik endotoksemi denen çok küçük miktarları bile kronik iltihaplanmayı sürdürmeye yetiyor [4][5]. Yüksek LPS düzeyleri obezite, tip 2 diyabet, karaciğer yağlanması ve kalp hastalığında karşımıza çıkıyor; bu yüzden giderek daha çok araştırma bağırsak bariyerini iltihaplanmanın bir yan etkisi değil, yukarı akıştaki bir sebebi olarak gösteriyor [4][5][6].

Her yutkunduğunda ağzından bir dozu doğrudan bağırsağına gönderiyorsun. Gün boyu, her gün. Bu bir metafor değil, tesisat; aynı kişilerin ağzını ve dışkısını dizileyen araştırmacılar, ağız bakterilerinin bu yolculuğu rutin olarak yaptığını ve aşağıda yerleşik hale geldiğini, hastalık varken bunun çok daha belirgin olduğunu buldu [28]. Bu da ağzının, bağırsağının üstünde duran ayrı bir sistem olmadığı anlamına geliyor. O bir ön kapı ve arkasında ne yaşıyorsa teslim ediliyor.

Yani iki yönde de işliyor. Sağlıklı bir ağız hiç çaba harcamadan her gün sessizce sağlıklı bir bağırsağı tohumluyor; bu yüzden ağzını temizlemek elindeki en ucuz yukarı akış hamlelerinden biri. İltihaplı bir ağız ise tam tersini yapıyor. Ağzının da bir bariyeri var ve diş eti hastalığında oradaki bakteriler ve toksinleri de kan dolaşımına giriyor. Bunların en kötüsü, başını Porphyromonas gingivalis’in çektiği grup, olduğu yerde durmuyor: bağırsağın kendisini bozuyor, sıkı bağlantı proteinlerini düşürüyor ve aynı endotoksemiyi sürdürüyor [11][12][13]. P. gingivalis tıkalı damarlarda ve Alzheimer beyinlerinin yüzde 90’ından fazlasında da bulundu [21][22].

Kandida işi daha da kötüleştiriyor ve ikisi birlikte çalışıyor. Kandida, kandidalizin adlı toksiniyle bağırsak astarına doğrudan zarar veriyor [15]; yukarıda, ağızda ise P. gingivalis ile ortaklık kurup bakteriyi hem bağışıklık sisteminden hem de antifungallerinden gizleyen ortak biyofilmler inşa ediyor [14]. Bu, yan yana duran iki sorun değil, gerçek bir ittifak: maya bakteriye siper oluyor, bakteri bariyeri açıyor ve birlikte onu açık tutuyorlar. Kandidadan kurtulmanın neden bu kadar zor olduğunun ve hasarlı bir bağırsağın ağız hâlâ iltihaplıyken neden toparlanmakta zorlandığının büyük bir sebebi bu.

Neredeyse hiç kimsenin bakmadığı parça bu. Bağırsak çalışmasını yaptıysan, diyeti aylarca sürdürdüysen ve kandidan hâlâ inmiyorsa, iltihaplı bir ağzın onu sessizce yukarıdan yeniden tohumlaması, elemen gereken ilk gizli sebeplerden biri. Oral Microbiome Profile tam olarak bunu tarıyor ve ekstralar listesinde değil 1. turda durmasının sebebi de bu.

Genetik olarak yatkınsan, geçirgen bir bariyer otoimmün hastalığın nasıl başladığının kabul görmüş bir parçası. Sindirilmemiş proteinler, bakteri parçacıkları ve toksinler kan dolaşımına ulaştığında bağışıklık sistemi kendi dokusuna saldırmaya başlayabiliyor [3][7]. Bu, zonulini keşfeden ve onun iltihaplanmaya ve otoimmüniteye açılan bir kapı gibi çalıştığını gösteren Dr. Alessio Fasano’nun çalışması. Artmış geçirgenlik IBS’te, iltihaplı bağırsak hastalığında ve tip 1 diyabette belgelendi [10].

Bağırsağın ve beynin sürekli çift yönlü bir konuşma halinde: vagus siniri üzerinden, bağışıklık sistemi aracılığıyla ve bağırsak bakterilerinin ürettiği kimyasallar yoluyla. Bu bağlantının bir adı var, mikrobiyota-bağırsak-beyin ekseni ve şu anda sinirbilimin en hareketli alanlarından biri [23][24].

Yukarıdaki bölümlerdeki geçirgen bariyer hikayenin bir parçası. LPS ve bakteri parçacıkları kan dolaşımına geçtiğinde, ardından gelen iltihaplanma bağırsak duvarında durmuyor. Majör depresyonu olan kişilerde bağırsak bakterilerine karşı bağışıklık yanıtlarını ölçen araştırmacılar, geçirgen bir bariyerin göstergelerini yüksek buldu ve bu geçişin depresyonun iltihaplanma tablosunun bir parçası olduğunu öne sürdü [25].

En çarpıcı çalışma ters yönde ilerliyor. Depresyonu olan kişilerin bağırsak bakterileri, mikropsuz ortamda yetiştirilmiş hayvanlara aktarıldığında, o hayvanlarda sağlıklı vericiden bakteri verilenlerde görülmeyen depresyon benzeri davranışlar ve metabolizma değişimleri ortaya çıktı [26][27]. Bu, bakterilerin bir insanda depresyona sebep olduğu iddiası değil ve kimse de bunu iddia etmiyor. Anlamı şu: bağırsak ruh halinde seyirci değil ve gerçekten ölçebileceğin ve üzerinde çalışabileceğin az sayıdaki yukarı akış değişkeninden biri.

Yani bu bir değişken, hem de gerçek bir tanesi ve neredeyse hiç kimse bakmıyor. Kaygı ve depresyon ciddi konular ve lisanslı bir ruh sağlığı uzmanından gerçek bir destek hak ediyorlar. Buradaki hiçbir şey onun yerine geçmez ve bir lab paneli teşhis değildir. Ama yıllardır zihnin üzerinde çalışıyorsan ve bir kez olsun bağırsağına bakmadıysan, kimsenin açmadığı kapı bu.

Bağışıklık sisteminin tepki verdiği gıdaları yemeyi sürdürürsen bağırsak astarı iltihaplı kalıyor, bu da geçirgenliği besliyor ve toparlanmayı engelliyor [8][9]. Normalde tetikleyicilerini bulmak uzun bir eliminasyon diyeti demek: bütün gıda gruplarını çıkarıp yavaş yavaş geri eklemek. Test bunun çoğunu atlıyor. Sorunun tam olarak hangi gıdalar olduğunu öğreniyor ve yalnızca onlardan uzak duruyorsun. Tek istisna kandida: aşırı çoğalman varsa, hassasiyet sonuçların ne olursa olsun, dengeye getirene kadar onu besleyen gıdalardan yine de uzak durman gerekiyor.

Sağlıklı diş etleri asla kanamaz. Seninkiler diş ipi kullanırken ya da fırçalarken kanıyorsa, bu iltihaplanmadır ve diş eti hastalığının en erken işaretlerinden biridir [16]. Dilindeki kalın beyaz bir tabaka ağız kandidasını işaret edebilir [17]. Bir yılda üç ya da daha fazla mantar enfeksiyonu, on kez üzerinden yaklaşık dokuzunda kandidadır [18]. Araştırmacılar kandidanın kanserle bağlantısını da ciddiye alıyor: asetaldehit gibi kanserojen bileşikler üretiyor ve en güçlü kanıtlar onu ağız kanserine bağlıyor [19][20].

Her biri bir Gut Barrier Panel ile eşleşen KBMO FIT panelleri (22, 132 ya da 176 gıda), belirli gıdalara ve katkı maddelerine bağışıklık tepkini ve astarın ne kadar geçirgen olduğunu ölçüyor. GI-MAP, bakterileri, mayaları, parazitleri ve sindirim, iltihaplanma ile bağışıklık aktivitesi göstergelerini haritalayan DNA temelli bir dışkı testi; zonulin ve StoolOMX için isteğe bağlı eklentileri var. Oral Microbiome Profile, periodontal patojenler dahil ağzındaki bakterileri haritalıyor. Üç kapı: gıdan, bağırsağın ve ağzın.

Jess tam olarak bu profili kendi üzerinde çalıştırdı ve sonuç, çoğu insanınki gibi kırmızı kompleks ve turuncu kompleks taşıyarak geldi. Test ettirdiği iki seferde de hiçbir belirtisi yoktu ve diş hekimi hiç bundan söz etmemişti. Görebilmek için bir tükürük örneği gerekti.

Antibiyotiksiz, günlük tek bir rutin uyguladı: iki ağız probiyotiği (ProBiora ile BLIS K12 ve M18), sonik diş fırçası, ağız duşu, nano hidroksiapatit diş macunu ve gargaralar. Yeniden testte kırmızı kompleks tespit sınırının altındaydı ve kalan turuncu kompleks organizması başladığı yerin küçük bir kesrine, sağlıklı aralığın epey içine düşmüştü.

Farkı yaratan ayrıntı: çinko gargara ılık suyla ağız duşunun haznesine konuldu. Çalkalanan bir gargara diş yüzeyine değiyor, ama kırmızı kompleks aşağıda, çalkalamanın hiç ulaşmadığı diş eti cebinde yaşıyor. Ağız duşu aynı çözeltiyi basınçla doğrudan o cebin içine sürüyor. Çoğu kişide zaten var olan ürünler, tamamen farklı bir uygulama.

Bunu üç aşamada yürüt. Temizle: aktif bir enfeksiyon varken hazneye çinko gargara. Doğrula: doksan gün civarında yeniden test et, çünkü işin bittiğini takvim değil test söylüyor. Yeniden yerleştir: çinkoyu bırak, yalnızca yumuşak gargaralar, probiyotikleri geceleri fırçaladıktan sonra al ki temiz bir yüzeye yerleşip kolonileşsinler. Kırmızı kompleksi temizlemek iyi bakterilerini de beraberinde götürüyor, ki tam olarak böyle olması gerekiyor ve üçüncü aşamanın neden isteğe bağlı olmadığını da bu açıklıyor.

İki şey iyi bir biyolojik diş hekiminin koltuğuna ait. Diş eti ceplerini iyi bir biyolojik diş hekimine ölçtür, çünkü işlemi o sayı belirliyor: 1 ila 3 mm diş eti tedavisi alıyor, 4 mm ve üzeri detartraj ve kök yüzeyi düzleştirmesi gerektiriyor ve ikisinin de amacı biyofilmi tamamen bozmak. Ve protokole o temizlikten sonra değil, en az bir gün önce başla, çünkü detartrajı izleyen saatler ağzının sahip olacağı en açık pencere. Kimsenin söylemediği bir şey daha: bu organizmalar tükürük paylaşan insanlar arasında geçiyor, dolayısıyla sonucun pozitifse partnerine de test yaptır ve süreci birlikte yürütün.

Oral Health Bundle’ı al Hikayenin tamamını oku

Bu sayfada iki tür test var ve çok farklı şeyler geri veriyorlar.

Çip testi seçilmiş birkaç yüz bin pozisyonu okur. 23andMe size yaklaşık 5 ila 7 megabaytlık bir zip dosyası verir; açıldığında 550.000 ile 700.000 arasında pozisyon içeren, yaklaşık 15 ila 25 megabaytlık düz metin dosyası olur. FamilyTreeDNA aynı boyut aralığında sıkıştırılmış bir CSV verir, ancak yalnızca emin oldukları pozisyonları yayımlarlar, yani makinenin okuduğu her şey yerine onların seçilmiş setini alırsınız.

Dizileme testi her şeyi okur; yaklaşık üç milyar pozisyonu, her birini kabaca 30 kez. Üç dosya alırsınız. BAM tam hizalamadır ve 80 ila 120 gigabayt tutar, o yüzden indirmeden önce depolamanızı planlayın. FASTQ ham okumalardır. VCF, DNA'nızın referanstan farklılaştığı yerlerin listesidir ve neredeyse her analiz aracının istediği budur. Sıkıştırılmamış hali 10 ila 20 gigabayt, sıkıştırılmış hali yaklaşık 1 ila 2 gigabayta iner.

Dürüst özeti şu. Çip dosyası e-postayla gönderilecek kadar küçüktür. Tüm genom değildir ve gerçek disk alanı ile indirme için sabır gerekir.

Verinizi okuyan yerlerin çoğu VCF ister ve çoğu sıkıştırılmış halini ister. Önce iyi haber: dizileme şirketlerinin çoğu size zaten .vcf.gz ile biten bir dosya verir ve .gz zaten sıkıştırılmış demektir. Sizinki böyle bitiyorsa iş tamam, burayı tamamen atlayın ve olduğu gibi yükleyin.

Dosyanız sadece .vcf ile bitiyorsa, nasıl sıkıştıracağınız burada.

Mac'te veya Linux'ta Terminal'i açın, dosyanın bulunduğu klasöre gidin ve gzip -k dosyaniz.vcf komutunu çalıştırın. -k seçeneği orijinali değiştirmek yerine korur, ki indirme bir gün sürdüyse bu önemlidir. Yanında dosyaniz.vcf.gz oluşur.

Windows'ta 7-Zip kurun, dosyaya sağ tıklayın, 7-Zip'i seçin, Arşive ekle'yi seçin ve arşiv biçimini gzip yapın. Aynı .vcf.gz sonucunu alırsınız.

Biyoinformatik araçlarınız zaten kuruluysa, bgzip dosyaniz.vcf genomikte standarttır ve bazı araçlar doğrudan bunu ister. Sıradan gzip neredeyse her yerde kabul edilir, dolayısıyla bir araç istemedikçe bunun için bir şey kurmayın.

Başlamadan bilinmesi gereken bir şey. Tüm genom VCF'sini sıkıştırmak zaman alır ve iki kopyaya aynı anda yetecek boş alan ister. Bilgisayara ihtiyacınız olmadığı bir zamanda yapın.

Bunların hiçbiri benim değil ve hiçbirinden kazancım yok. Dosyayı aldıktan sonra gideceği yerler, o kadar. Fiyatlar değişir, ödemeden önce bakın.

Promethease en geniş kapsamlı olanı. Dosyanızı SNPedia ile karşılaştırıp binlerce ilişki döndürür ve 2008'den beri çalışıyor. Yükleme sınırı 4 gigabayt, dolayısıyla sıkıştırılmış tüm genom VCF'si sığar.

Genetic Genie metilasyon ve detoks panellerini ücretsiz sunuyor ve fonksiyonel tıp dünyasındaki çoğu kişinin aslında aradığı bu. Yükleme sınırları 1 gigabayt ve kendi yönergeleri daha derin dizilemenin daha doğru sonuç verdiğini söylüyor. Çip dosyası her zaman sığar. Sıkıştırılmış tüm genom bazen sığmaz ve sizinki sınırı aşıyorsa önce filtrelemeniz gerekir, ki bu da böyle kısa bir yönergenin gerçekten ötesinde.

SelfDecode abonelikle çalışır ve gruptaki en cilalı olanıdır. Xcode Life ve NutraHacker raporları tek tek satar. GEDmatch sağlıktan çok akraba bulmaya yarar ve test şirketlerinin çoğundan yükleme kabul eder; insanlar birbiriyle konuşmayan servisler arasında eşleşmeyi böyle bulur.

Herhangi bir yere yüklemeden önce, o sitenin dosyanızla ne yaptığını nasıl anlattığına bakın. Sahip olduğunuz en tanımlayıcı bilgiyi veriyorsunuz ve bu bilgi kan bağınız olan akrabalarınızı da tanımlıyor, kimse onlara sormadı.

Bu şirketlerin hepsi dosyayı verir, ama yalnızca birkaçı tek tıkla ulaştırır. Diğerleri aratır, biri de süre tutar. Son kontrolüme göre indirme her birinde şurada. Menüler yer değiştirir, bir adım tutmazsa yardım merkezlerinde raw data kelimelerini ara.

Sequencing.com: giriş yap, My Genomes'u aç, genomu seç, sonra sol taraftaki Files sekmesi. Her dosyanın (FASTQ, BAM, VCF) Actions sütununda kendi indirmesi var, silmek istediğinde çöp kutusu da aynı sütunda.

Nucleus: giriş yap, Account settings'i aç ya da adının altındaki menüden Downloads'u seç. VCF, CRAM, FASTQ ile yapısal ve kopya sayısı dosyalarını, ayrıca Promethease veya GEDmatch için hazır biçimlenmiş bir kopyayı alabilirsin. Silmek için hesabın e-posta adresinden concierge@mynucleus.com'a yaz.

Dante Labs: giriş yap, Genome Manager'ı aç ve oradan indir. İki uyarı. Her indirme bağlantısı tıkladıktan 60 saniye sonra ölür, o yüzden aktarımı hemen başlat ve bağlantıyı sonraya saklama. Müşteriler ilk aydan sonra FASTQ ve BAM'ın hesaptan kaybolduğunu, VCF'nin kaldığını bildiriyor, bu yüzden büyük dosyaları erken al. Silme talebi support.dantelabs.com üzerinden.

FamilyTreeDNA: önce iki adımlı doğrulamayı aç, onsuz indirme çalışmaz. Sonra Results & Tools, Autosomal DNA, Download Raw Data ve Build 37 Concatenated dosyasını al. Açma, adını değiştirme, okuyucular onu geldiği gibi ister. Silme, hesabın ana adresinden deletemydata@familytreedna.com'a atılan bir e-postadır ve saklanan numuneyi de yok eder.

23andMe: adına tıkla, sonra Settings, 23andMe Data'ya in ve View'a tıkla. Browse Raw Genotyping Data anında iner; tam veri talebi e-postayla gelir ve günler sürebilir. Permanently Delete Data aynı sayfada ve e-postana gelen onay bağlantısıyla tamamlanır. Geri alınamaz ve başka yerde paylaştığın dosyalara ulaşmaz.

Ben bu sırayla yapardım, hem de sonuçların geldiği hafta. Birincisi, sana gösterdikleri her raporu kaydet. PDF olarak yazdır ya da ekran görüntüsü al, çünkü şirket satıldığında ya da kapandığında kaybolan kısım paneldir. İkincisi, ham dosyayı indir, tamamını, VCF'yi ve diskin varsa BAM'ı, ve bir kopyayı indiği dizüstü dışında bir yere koy.

Üçüncüsü, kopyaların açıldığını doğruladıktan sonra geri dön ve verini silmelerini, numuneyi yok etmelerini iste. Bu sayfadaki her şirket yapar, adımlar yukarıda. Hesabı silmek her zaman veriyi ya da numuneyi silmekle aynı şey değildir, üçünü de adıyla iste.

Sebep basit. O dosya seni ömrün boyunca tanımlar, hiçbir şey imzalamamış çocuklarını ve kardeşlerini de. Kendi kopyan elindeyken, bir sonraki sızıntıyı ya da alıcıyı bekleyerek başkasının sunucusunda durmasının hiçbir nedeni yok.

Ben doktor değilim ve kimseye tanı koymuyorum, ve genetik bir varyant tanı değildir. Bir varyant taşımak, bir varyant taşıdığınız anlamına gelir. Bir rahatsızlığınız olduğu anlamına gelmez, olacağı anlamına da gelmez ve pek çok insan hiç ortaya çıkmayan şeyler taşır. Genlerinizin size verdiği şey eğilimlerin haritasıdır, bir hüküm değil.

Bu bir değişken. Büyük bir değişken ve neredeyse kimsenin bakmadığı bir değişken. Ben de tam olarak böyle ele alırdım: kan tahlillerinizin, belirtilerinizin ve gerçekte nasıl hissettiğinizin yanında duran bir bilgi daha olarak, bu üçünün önüne geçen cevap olarak değil.

Bir raporda sizi endişelendiren bir şey varsa, bütün resme bakabilen bir hekime götürün; tercihen bunu tek başına değil, tahlillerinizin yanında okuyacak iyi bir fonksiyonel tıp hekimine.