LIHAT APA YANG SEBENARNYA BERLAKU DI USUS ANDA

Satu baris per keadaan, satu lingkaran per organisme yang benar-benar diukur sebuah kajian pada keadaan itu. Setiap lingkaran adalah pautan ke kajian tersebut di PubMed.

LPS adalah bahagian dari dinding luar bakteri usus tertentu. Ikuti perjalanannya dalam empat langkah, dari apa yang menaikkannya di usus Anda hingga keadaan-keadaan yang diukur para penyelidik bersamanya. Empat dari langkah itu tepat yang dibaca oleh Gut Barrier Panel.

Lapisan usus halus Anda hanya setebal satu sel, dan protein yang disebut tight junction berfungsi sebagai segel di antara sel-sel itu. Occludin adalah salah satu segel tersebut. Protein lain, zonulin, dapat menarik sambungan itu hingga terbuka. Ketika sambungan mengendur (peningkatan permeabiliti usus), makanan yang baru sebahagian tercerna, limbah bakteri, dan racun mula lolos dan memicu sistem imun [1][2][3].

Salah satu zat yang paling banyak diteliti yang lolos adalah LPS (lipopolisakarida), racun yang dilepaskan oleh bakteri usus tertentu. Malah jumlah yang sangat kecil di dalam darah, yang disebut endotoksemia metabolik, sudah cukup untuk memicu keradangan kronik [4][5]. Kadar LPS yang lebih tinggi ditemui pada obesiti, diabetes tipe 2, perlemakan hati, dan penyakit jantung, itulah sebabnya semakin banyak penyelidikan kini menunjuk halangan usus sebagai penyebab hulu keradangan, bukan kesan sampingnya [4][5][6].

Setiap kali Anda menelan, Anda menghantar sedosis isi mulut langsung ke usus. Sepanjang hari, setiap hari. Itu bukan kiasan, itu seperti pipa saluran, dan para penyelidik yang mengurutkan DNA mulut dan najis orang yang sama menemui bakteri mulut secara rutin melakukan perjalanan itu dan menetap lebih jauh di bawah, jauh lebih kerap ketika ada penyakit [28]. Artinya mulut Anda bukan sistem terpisah yang kebetulan berada di atas usus. Mulut adalah pintu depannya, dan apa-apa yang hidup di baliknya akan terkirim.

Jadi ini bekerja dua arah. Mulut yang sihat diam-diam menyemai usus yang sihat setiap hari tanpa usaha sama sekali, itulah sebabnya membenahi kesihatan mulut adalah salah satu langkah hulu termurah yang boleh Anda lakukan. Mulut yang meradang melakukan kebalikannya. Mulut Anda juga ada halangan, dan dengan penyakit gusi, bakteri dan racunnya ikut masuk ke aliran darah. Yang terburuk di antaranya, dipimpin oleh Porphyromonas gingivalis, tidak diam di tempat: ia mengganggu usus itu sendiri, menurunkan protein tight junction dan memicu endotoksemia yang sama [11][12][13]. P. gingivalis juga ditemui di arteri yang tersumbat dan di lebih dari 90 peratus otak penderita Alzheimer [21][22].

Candida memperburuknya, dan keduanya bekerjasama. Candida merusak lapisan usus secara langsung dengan racunnya, candidalysin [15], dan di mulut ia bermitra dengan P. gingivalis, membangun biofilm bersama yang menyembunyikan bakteri dari sistem imun dan dari antijamur Anda [14]. Itu adalah persekutuan sejati, bukan dua masalah yang kebetulan berdampingan: yis memberi perlindungan bagi bakteri, bakteri membongkar halangan, dan bersama-sama mereka menahannya tetap terbuka. Inilah alasan besar mengapa candida begitu sukar diatasi, dan mengapa usus yang rusak sukar pulih selama mulut masih meradang.

Inilah bahagian yang hampir tidak pernah diperiksa. Jika Anda sudah membenahi usus, menjalani diet berbulan-bulan, dan candida Anda tetap tidak turun, mulut yang meradang yang diam-diam menyemainya kembali dari atas adalah salah satu alasan tersembunyi pertama yang perlu disingkirkan. Itulah tepatnya yang disaring oleh Oral Microbiome Profile, dan itulah sebabnya ia masuk Putaran 1, bukan daftar tambahan.

Jika Anda mempunyai kecenderungan genetik, halangan usus yang bocor adalah bahagian yang diakui dari bagaimana penyakit autoimun bermula. Ketika protein yang belum tercerna, fragmen bakteri, dan racun mencapai aliran darah, sistem imun dapat mula menyerang jaringannya sendiri [3][7]. Inilah karya Dr. Alessio Fasano, yang menemui zonulin dan menunjukkan bagaimana ia berperan sebagai pintu masuk keradangan dan autoimuniti. Peningkatan permeabiliti telah didokumentasikan pada IBS, penyakit radang usus, dan diabetes tipe 1 [10].

Usus dan otak Anda terus bercakap dua arah: melalui saraf vagus, melalui sistem imun, dan melalui senyawa kimia yang dibuat bakteri usus Anda. Hubungan itu ada nama, sumbu mikrobiota-usus-otak, dan merupakan salah satu bidang paling aktif dalam ilmu saraf pada masa ini [23][24].

Halangan usus yang bocor dari bahagian-bahagian di atas adalah bahagian dari ceritanya. Ketika LPS dan fragmen bakteri masuk ke aliran darah, keradangan yang menyusul tidak berhenti di dinding usus. Para penyelidik yang mengukur respons imun terhadap bakteri usus pada orang dengan kemurungan berat menemui penanda halangan usus yang bocor meningkat, dan mengusulkan perpindahan bakteri itu sebagai bahagian dari gambaran keradangan pada kemurungan [25].

Temuan paling mencolok datang dari arah sebaliknya. Ketika bakteri usus dari orang dengan kemurungan dipindahkan ke haiwan yang dibesarkan bebas kuman, haiwan-haiwan itu menunjukkan perilaku mirip kemurungan dan perubahan metabolisme yang tidak berlaku pada haiwan yang diberi bakteri dari donor sihat [26][27]. Itu bukan tuntutan bahawa bakteri menyebabkan kemurungan pada manusia, dan tidak ada yang mengklaimnya. Artinya usus bukan penonton dalam urusan emosi, dan ia adalah salah satu dari sedikit variabel hulu yang benar-benar boleh Anda ukur dan tindak lanjuti.

Jadi ini adalah sebuah variabel, variabel yang benar, dan hampir tidak ada yang memeriksanya. Kebimbangan dan kemurungan adalah perkara serius yang layak mendapat rawatan sebenar dari profesional kesihatan mental berlesen. Tidak ada di sini yang menggantikannya, dan panel lab bukanlah diagnosis. Tetapi jika Anda sudah bertahun-tahun membenahi fikiran dan belum pernah sekali pun melihat usus Anda, inilah pintu yang belum pernah dibuka sesiapa.

Jika Anda terus makan makanan yang direaksikan sistem imun Anda, lapisan usus tetap meradang, memperparah permeabiliti dan mencegah pemulihan [8][9]. Biasanya, menemui pemicu bermaksud menjalani diet eliminasi yang panjang: menghentikan seluruh kelompok makanan lalu memperkenalkannya kembali perlahan-lahan. Ujian melewati kebanyakan proses itu. Anda tahu tepat makanan mana yang bermasalah dan cukup menghindarinya. Satu-satunya pengecualian adalah candida: jika Anda mengalami pertumbuhan berlebih, Anda tetap perlu menghindari makanan yang memberinya makan sambil mengembalikannya ke keseimbangan, apa-apa keputusan ujian sensitiviti Anda.

Gusi yang sihat tidak pernah berdarah. Jika gusi Anda berdarah ketika flossing atau memberus gigi, itu adalah keradangan dan salah satu tanda paling awal penyakit gusi [16]. Lapisan putih tebal di lidah boleh menunjukkan candida mulut [17]. Tiga kali atau lebih jangkitan kulat dalam setahun hampir selalu, sekitar sembilan dari sepuluh kasus, disebabkan candida [18]. Para penyelidik juga menanggapi serius kaitan candida dengan kanker: candida menghasilkan senyawa karsinogenik seperti asetaldehida, dengan bukti terkuat mengaitkannya dengan kanker mulut [19][20].

Panel KBMO FIT (22, 132, atau 176 makanan), masing-masing dipasangkan dengan Gut Barrier Panel, mengukur reaktiviti imun Anda terhadap makanan dan bahan tambahan tertentu plus seberapa bocor lapisan usus Anda. GI-MAP adalah ujian najis berasaskan DNA yang memetakan bakteri, yis, parasit, serta penanda pencernaan, keradangan, dan aktiviti imun, dengan tambahan opsional untuk zonulin dan StoolOMX. Oral Microbiome Profile memetakan bakteri di mulut Anda, termasuk patogen periodontal. Tiga pintu: makanan Anda, usus Anda, dan mulut Anda.

Jess menjalankan profil yang tepat sama pada dirinya sendiri dan hasilnya menunjukkan kompleks merah dan kompleks oranye, yang juga ditemui pada kebanyakan orang. Ia tidak ada gejala di kedua kali ujian, dan doktor giginya tidak pernah menyebutkannya. Perlu sampel air liur untuk melihatnya.

Ia menjalankan satu rutin harian tanpa antibiotik: dua probiotik mulut (ProBiora dan BLIS K12 serta M18), berus gigi sonik, water flosser, pasta gigi nano hidroksiapatit, dan ubat kumur. Pada ujian ulang, kompleks merah berada di bawah batas deteksi dan organisme kompleks oranye yang tersisa turun menjadi sebahagian kecil dari kadar awalnya, jauh di dalam julat sihat.

Detail yang membuat perbezaan: ubat kumur zink dimasukkan ke tangki water flosser bersama air suam. Ubat kumur yang dikumur hanya menyentuh permukaan gigi, tetapi kompleks merah hidup jauh di dalam beg gusi yang tidak pernah tercapai dengan berkumur. Water flosser mendorong larutan yang sama dengan tekanan langsung ke beg itu. Produk yang sama yang sudah dimiliki kebanyakan orang, cara penghantaran yang sama sekali berbeza.

Jalankan dalam tiga fasa. Basmi: ubat kumur zink di tangki selama masih ada jangkitan aktif. Pastikan: ujian ulang sekitar sembilan puluh hari kemudian, kerana ujian yang memberi tahu bila Anda selesai, bukan kalendar. Pulihkan populasi: hentikan zink, gunakan ubat kumur yang lembut sahaja, dan probiotik di malam hari selepas memberus gigi supaya menempel di permukaan yang bersih dan berkoloni. Membersihkan kompleks merah ikut menurunkan bakteri baik Anda, yang memang sepatutnya berlaku, dan tepat kerana itulah fasa ketiga tidak boleh dilewatkan.

Dua perkara ini sebaiknya dilakukan di kursi doktor gigi biologis yang baik. Minta doktor gigi biologis yang baik mengukur kedalaman beg gusi Anda, kerana angkanya menentukan prosedurnya: 1 sampai 3 mm mendapat rawatan gingiva, 4 mm ke atas memerlukan scaling dan root planing, dan tujuan keduanya adalah menghancurkan biofilm sepenuhnya. Lalu mulakan protokol sekurang-kurangnya sehari sebelum pembersihan itu, bukan sesudahnya, kerana jam-jam selepas scaling adalah tingkap paling terbuka yang akan dimiliki mulut Anda. Satu perkara lagi yang jarang disebutkan: organisme ini berpindah antarorang yang berkongsi air liur, jadi jika hasil Anda positif, minta pasangan Anda ikut ujian dan menjalankan protokolnya bersama Anda.

Dapatkan Oral Health Bundle Baca kisah lengkapnya

Ada dua jenis ujian di halaman ini dan keduanya memberikan hasil yang sangat berbeza.

Ujian chip membaca beberapa ratus ribu kedudukan terpilih. 23andMe memberi Anda file zip sekitar 5 sampai 7 megabyte yang terbuka menjadi file teks biasa sekitar 15 sampai 25 megabyte, berisi antara 550,000 dan 700,000 kedudukan. FamilyTreeDNA memberi Anda CSV terkompresi dengan saiz serupa, walaupun mereka hanya merilis kedudukan yang mereka yakini, sehingga Anda mendapat set pilihan mereka, bukan semua yang dibaca mesin.

Ujian sekuensing membaca seluruhnya, sekitar tiga bilion kedudukan, kira-kira 30 kali berulang. Anda mendapat tiga file. BAM adalah penyelarasan lengkap dan berukuran 80 sampai 120 gigabyte, jadi rencanakan penyimpanan sebelum mengunduhnya. FASTQ adalah bacaan mentahnya. VCF adalah daftar tempat DNA Anda berbeza dari rujukan, dan itulah file yang diminta hampir setiap alat analisis. Tanpa kompresi ukurannya 10 sampai 20 gigabyte. Dengan kompresi turun menjadi sekitar 1 sampai 2 gigabyte.

Jadi ringkasan jujurnya begini. File chip cukup kecil untuk dihantar lewat email. Genom utuh tidak, dan Anda perlu ruang disk yang cukup serta kesabaran ketika memuat turun.

Kebanyakan tempat yang membaca data Anda meminta VCF, dan kebanyakan memintanya dalam keadaan terkompresi. Kabar baiknya dulu: kebanyakan syarikat sekuensing sudah memberi Anda file berakhiran .vcf.gz, dan .gz bermaksud sudah terkompresi. Jika file Anda berakhiran seperti itu, selesai, lewati bahagian ini dan muat naik apa adanya.

Jika file Anda berakhiran .vcf sahaja, begini cara mengompresnya.

Di Mac atau Linux, buka Terminal, pindah ke folder tempat file berada, lalu jalankan gzip -k yourfile.vcf. Opsi -k menyimpan file asli sebaliknya menggantinya, yang penting ketika file itu perlu sehari untuk dimuat turun. Anda akan mendapat yourfile.vcf.gz di sebelahnya.

Di Windows, pasang 7-Zip, lalu klik kanan file tersebut, pilih 7-Zip, pilih Add to archive, dan atur format arsip ke gzip. Anda akan mendapat hasil .vcf.gz yang sama.

Jika Anda sudah memasang alat bioinformatika, bgzip yourfile.vcf adalah standar genomik dan beberapa alat secara khas memintanya. Gzip biasa diterima hampir di mana sahaja, jadi tidak perlu memasang apa-apa untuk ini kecuali sebuah alat memintanya.

Satu perkara yang perlu diketahui sebelum mula. Mengompres VCF genom utuh perlu waktu dan memerlukan ruang disk kosong untuk kedua salinan sekaligus. Lakukan ketika Anda tidak sedang memerlukan komputernya.

Tidak satu pun dari perkhidmatan ini milik saya dan saya tidak mendapat apa-apa darinya. Ini hanyalah tempat file itu dibawa selepas Anda memilikinya. Harga boleh berubah, jadi periksa sebelum membayar.

Promethease adalah yang paling luas. Ia mencocokkan file Anda dengan SNPedia dan mengembalikan ribuan asosiasi, dan sudah berjalan sejak 2008. Batas unggahnya 4 gigabyte, jadi VCF genom utuh yang terkompresi muat.

Genetic Genie menjalankan panel metilasi dan detoks percuma, yang memang paling dicari kebanyakan orang di dunia perubatan fungsian. Batas unggahnya 1 gigabyte, dan panduan mereka sendiri menyebut sekuensing yang lebih dalam memberi hasil lebih akurat. File chip selalu muat. Genom utuh yang terkompresi kadang-kadang tidak, dan jika file Anda melebihi batas, Anda perlu menyaringnya terlebih dahulu, yang memang di luar cakupan instruksi singkat seperti ini.

SelfDecode berasaskan langganan dan paling rapi di antara semuanya. Xcode Life dan NutraHacker sama-sama menjual laporan satuan. GEDmatch digunakan untuk menemui kerabat, bukan untuk kesihatan, dan menerima muat naik dari kebanyakan syarikat ujian, itulah cara orang mencocokkan data di antara perkhidmatan yang tidak saling bersambung.

Sebelum memuat naik ke mana pun, baca apa yang dikatakan laman web itu tentang apa yang dilakukannya dengan file Anda. Anda menyerahkan maklumat paling mengidentifikasi yang Anda miliki, dan maklumat itu juga mengidentifikasi kerabat sedarah Anda, yang tidak satu pun dimintai kebenaran.

Setiap syarikat ini akan memberikan file Anda, tetapi hanya beberapa yang menaruhnya sejauh satu klik. Sisanya membuat Anda mencari, dan salah satunya memberi batas waktu. Berikut lokasi muat turun di masing-masing syarikat ketika terakhir saya periksa. Menu boleh berpindah, jadi jika ada langkah yang tidak sesuai, cari kata raw data di pusat bantuan mereka.

Sequencing.com: masuk, buka My Genomes, pilih genomnya, lalu tab Files di sisi kiri. Setiap file (FASTQ, BAM, VCF) ada butang muat turun sendiri di kolom Actions, dan kolom yang sama berisi ikon tempat sampah ketika Anda siap memadam.

Nucleus: masuk, buka tetapan Account, atau pilih Downloads dari menu di bawah nama Anda. Anda boleh mengambil VCF, CRAM, FASTQ, dan file struktural serta jumlah salinan, plus salinan yang sudah diformat untuk Promethease atau GEDmatch. Untuk memadam, hantar email ke concierge@mynucleus.com dari alamat yang terdaftar di akaun.

Dante Labs: masuk, buka Genome Manager, dan muat turun dari sana. Dua peringatan. Setiap pautan muat turun mati 60 saat selepas Anda mengkliknya, jadi segera mula transfernya dan jangan simpan tautannya untuk nanti. Dan pelanggan melaporkan FASTQ dan BAM hilang dari akaun selepas bulan pertama sementara VCF tetap ada, jadi ambil file besarnya lebih awal. Pemadaman diajukan melalui support.dantelabs.com.

FamilyTreeDNA: aktifkan autentikasi dua faktor terlebih dahulu, muat turun menolak berjalan tanpanya. Lalu Results & Tools, Autosomal DNA, Download Raw Data, dan ambil file Build 37 Concatenated. Jangan unzip atau tukar namanya, pembaca data menginginkannya tepat seperti aslinya. Pemadaman dilakukan lewat email ke deletemydata@familytreedna.com dari alamat utama di akaun, dan itu juga memusnahkan sampel yang disimpan.

23andMe: klik nama Anda, lalu Settings, tatal ke 23andMe Data dan klik View. Browse Raw Genotyping Data boleh dimuat turun langsung; permintaan data lengkap dihantar lewat email dan boleh perlu beberapa hari. Permanently Delete Data ada di halaman yang sama dan diselesaikan melalui pautan pengesahan di email Anda. Ini tidak boleh dibatalkan, dan tidak menjangkau file yang sudah Anda kongsikan ke tempat lain.

Beginilah urutan yang akan saya lakukan, dan saya akan melakukannya di minggu hasilnya keluar. Pertama, simpan setiap laporan yang mereka paparkan. Cetak masing-masing ke PDF atau ambil tangkapan skrin, kerana papan pemuka adalah bahagian yang lenyap ketika syarikat dijual atau tutup. Kedua, muat turun file mentahnya, semuanya, VCF dan BAM jika ruang disk Anda cukup, dan simpan salinannya di tempat selain laptop yang dipakai untuk memuat turun.

Ketiga, selepas Anda memastikan salinannya boleh dibuka, kembali dan minta mereka memadam data Anda serta memusnahkan sampelnya. Setiap syarikat di halaman ini akan melakukannya, langkah-langkahnya ada di atas. Memadam akaun tidak selalu sama dengan memadam data atau sampel, jadi minta ketiganya dengan menyebutnya satu per satu.

Alasannya ringkas. File itu mengidentifikasi Anda seumur hidup, dan juga mengidentifikasi anak-anak dan saudara kandung Anda, yang tidak satu pun menandatangani apa-apa. Begitu Anda memegang salinan sendiri, tidak ada alasan file itu terus tersimpan di server orang lain menunggu kebocoran seterusnya atau pembeli seterusnya.

Saya bukan doktor dan saya tidak mendiagnosis sesiapa, dan varian genetik bukanlah diagnosis. Membawa sebuah varian bermaksud Anda membawa varian. Itu tidak bermaksud Anda mempunyai suatu keadaan, tidak bermaksud Anda akan mengalaminya, dan banyak orang membawa perkara-perkara yang tidak pernah mereka ekspresikan. Yang diberikan gen Anda adalah peta kecenderungan, bukan vonis.

Ini adalah sebuah variabel. Variabel yang besar, dan hampir tidak ada yang memeriksanya. Begitulah tepatnya saya akan memperlakukannya, sebagai satu lagi maklumat yang berdampingan dengan keputusan ujian darah, gejala, dan apa yang benar-benar Anda rasakan, bukan sebagai jawapan yang mengalahkan ketiganya.

Jika sesuatu dalam laporan membuat Anda risau, bawalah kepada doktor yang boleh melihat gambaran utuhnya, idealnya doktor perubatan fungsian yang baik yang akan membacanya bersama hasil lab Anda, bukan secara terpisah.