NÉZD MEG, MIT CSINÁL VALÓJÁBAN A BELED

Soronként egy állapot, körönként egy mikroorganizmus, amelyet egy tanulmány ténylegesen kimutatott benne. Minden kör az adott tanulmányra mutató link a PubMeden.

Az LPS bizonyos bélbaktériumok külső falának egy darabja. Kövesd négy lépésben, attól kezdve, ami a beledben megemeli, egészen azokig az állapotokig, amelyek mellett a kutatók kimutatták. E lépések közül négyet pontosan a Gut Barrier Panel olvas le.

A vékonybeled fala mindössze egyetlen sejt vastag, és a szoros kapcsolatoknak nevezett fehérjék működnek tömítésként a sejtek között. Az okkludin az egyik ilyen tömítés. Egy másik fehérje, a zonulin, szét tudja húzni a kapcsolatokat. Amikor fellazulnak (fokozott bélpermeabilitás), részben megemésztett ételek, bakteriális salakanyagok és toxinok kezdenek átszivárogni, és beindítják az immunrendszert [1][2][3].

Az egyik legtöbbet vizsgált átszivárgó anyag az LPS (lipopoliszacharid), egy bizonyos bélbaktériumok által leadott toxin. Már a vérben lévő apró mennyiségek is, amelyet metabolikus endotoxémiának neveznek, elegendőek a krónikus gyulladás fenntartásához [4][5]. Magasabb LPS-szintet találnak elhízásban, 2-es típusú cukorbetegségben, zsírmájban és szívbetegségben, ezért egyre több kutatás utal arra, hogy a bélgát a gyulladás egyik forrása, nem pedig mellékhatása [4][5][6].

Minden nyeléssel a szádból egy adagot küldesz egyenesen a beledbe. Egész nap, minden nap. Ez nem metafora, hanem vízvezeték, és azok a kutatók, akik ugyanazoknak az embereknek a szájüregét és székletét szekvenálták, azt találták, hogy a szájüregi baktériumok rendszeresen megteszik ezt az utat, és lejjebb megtelepednek, betegség jelenlétében pedig még sokkal inkább [28]. Ez azt jelenti, hogy a szád nem egy különálló rendszer, amely történetesen a beled fölött helyezkedik el. Ez a bejárati ajtó, és bármi él mögötte, az leszállításra kerül.

Vagyis mindkét irányba működik. Egy egészséges száj minden nap, erőfeszítés nélkül, csendben egészséges bélflórát olt be, ezért a szád rendbetétele az egyik legolcsóbb, a forrásnál ható lépés, amely elérhető számodra. Egy gyulladt száj az ellenkezőjét teszi. A szádnak is van gátja, és fogágybetegség esetén a baktériumai és azok toxinjai is bejutnak a véráramba. A legrosszabbak, élükön a Porphyromonas gingivalisszal, nem maradnak a helyükön: magát a beled is megzavarják, csökkentik a szoros kapcsolatok fehérjéit, és ugyanazt az endotoxémiát hajtják [11][12][13]. A P. gingivalist elzáródott artériákban és az Alzheimer-kóros agyak több mint 90 százalékában is megtalálták [21][22].

A candida ezt még rosszabbá teszi, és a kettő együttműködik. A candida a candidalysin nevű toxinjával közvetlenül károsítja a bélfalat [15], fent a szájban pedig a P. gingivalisszal szövetkezik, közös biofilmet építve, amely elrejti a baktériumokat az immunrendszered és a gombaellenes szereid elől [14]. Ez valódi szövetség, nem két egymás mellett létező probléma: az élesztőgomba fedezéket ad a baktériumoknak, a baktériumok feszítik szét a gátat, és együtt nyitva is tartják. Ez nagy oka annak, hogy a candidától olyan nehéz megszabadulni, és hogy egy sérült bél miért küzd a gyógyulással, amíg a száj még gyulladt.

Ezt a részt szinte senki sem ellenőrzi. Ha elvégezted a bélmunkát, hónapokig tartottad a diétát, és a candidád még mindig nem csökken, egy gyulladt száj, amely felülről csendben újra beoltja, az egyik első rejtett ok, amelyet ki kell zárni. Pontosan ezt szűri az Oral Microbiome Profile, és ezért szerepel az 1. körben, nem a kiegészítők listáján.

Ha genetikailag hajlamos vagy rá, az áteresztő gát az autoimmun betegségek kialakulásának elismert része. Amikor emésztetlen fehérjék, bakteriális töredékek és toxinok jutnak a véráramba, az immunrendszer elkezdheti megtámadni a saját szöveteit [3][7]. Ez Dr. Alessio Fasano munkája, aki felfedezte a zonulint, és kimutatta, hogyan működik a gyulladás és az autoimmunitás kapujaként. A fokozott áteresztőképességet dokumentálták IBS-ben, gyulladásos bélbetegségben és 1-es típusú cukorbetegségben [10].

A beled és az agyad folyamatos, kétirányú párbeszédben áll: a bolygóidegen keresztül, az immunrendszeren át, és a bélbaktériumaid által termelt vegyületeken keresztül. Ennek a kapcsolatnak neve is van, mikrobiota-bél-agy tengely, és jelenleg az idegtudomány egyik legaktívabb területe [23][24].

A fenti szakaszokban leírt áteresztő gát része a történetnek. Amikor az LPS és a bakteriális töredékek átjutnak a véráramba, az ezt követő gyulladás nem áll meg a bélfalnál. Azok a kutatók, akik súlyos depresszióval élők immunválaszát mérték a bélbaktériumokra, az áteresztő gát markereit emelkedettnek találták, és ezt az átjutást a depresszió gyulladásos képének részeként írták le [25].

A legmegdöbbentőbb kutatások a másik irányba mutatnak. Amikor depresszióval élő emberek bélbaktériumait csíramentesen nevelt állatokba ültették át, ezek az állatok depresszióhoz hasonló viselkedést és anyagcsere-változásokat mutattak, amelyek az egészséges donortól származó baktériumokat kapott állatoknál nem jelentkeztek [26][27]. Ez nem azt állítja, hogy a baktériumok okoznak depressziót egy emberben, és senki sem állítja ezt. Azt jelenti, hogy a bél nem szemlélő a hangulat terén, és egyike azon kevés forrásnál ható tényezőknek, amelyeket ténylegesen mérni és befolyásolni tudsz.

Ez tehát egy tényező, egy valódi, és szinte senki sem ellenőrzi. A szorongás és a depresszió komoly, és valódi ellátást érdemelnek egy engedéllyel rendelkező mentálhigiénés szakembertől. Semmi itt nem helyettesíti ezt, és egy laborpanel nem diagnózis. De ha évek óta dolgozol az elméden, és még egyszer sem néztél rá a beledre, ez az az ajtó, amelyet senki sem nyitott ki.

Ha továbbra is olyan ételeket eszel, amelyekre az immunrendszered reagál, a bélfal gyulladt marad, ami táplálja az áteresztést és megakadályozza a gyógyulást [8][9]. Normál esetben a kiváltók megtalálása hosszú eliminációs diétát jelent: egész élelmiszercsoportok elhagyását és lassú visszavezetését. A vizsgálat ennek nagy részét megspórolja. Pontosan megtudod, mely ételek okozzák a problémát, és csak azokat kerülöd. Az egyetlen kivétel a candida: ha túlszaporodásod van, akkor is kerülnöd kell az azt tápláló ételeket, amíg visszaállítod az egyensúlyt, függetlenül az érzékenységi eredményeidtől.

Az egészséges íny soha nem vérzik. Ha a tiéd fogselyem használatakor vagy fogmosáskor vérzik, az gyulladás, és a fogágybetegség egyik legkorábbi jele [16]. A nyelveden lévő vastag, fehér lepedék szájüregi candidára utalhat [17]. Ha egy év alatt három vagy több hüvelyi gombás fertőzésed van, az nagyjából tízből kilenc esetben candida [18]. A kutatók a candida és a rák közötti kapcsolatot is komolyan veszik: rákkeltő vegyületeket termel, például acetaldehidet, és a legerősebb bizonyíték a szájüregi rákkal köti össze [19][20].

A KBMO FIT panelek (22, 132 vagy 176 étel), mindegyik egy Gut Barrier Panellel párosítva, az immunrendszered reakcióját mérik bizonyos ételekre és adalékanyagokra, valamint azt, hogy mennyire áteresztő a bélfal. A GI-MAP egy DNS-alapú székletvizsgálat, amely feltérképezi a baktériumokat, élesztőgombákat, parazitákat, valamint az emésztés, a gyulladás és az immunaktivitás markereit, opcionális zonulin és StoolOMX kiegészítőkkel. Az Oral Microbiome Profile a szádban élő baktériumokat térképezi fel, a fogágybetegség kórokozóit is beleértve. Három ajtó: az ételed, a beled és a szád.

Jess pontosan ezt a vizsgálatot végezte el magán, és az eredményben vörös komplex és narancssárga komplex baktériumok szerepeltek, ahogy a legtöbb embernél is. Egyik vizsgálatkor sem voltak tünetei, és a fogorvosa soha nem említette. Egy nyálminta kellett ahhoz, hogy láthatóvá váljon.

Egy napi rutint követett antibiotikumok nélkül: két szájüregi probiotikum (ProBiora, valamint BLIS K12 és M18), szónikus fogkefe, szájzuhany, nano-hidroxiapatit fogkrém és a szájöblítők. Az újravizsgálatnál a vörös komplex a kimutathatósági határ alá került, a megmaradt narancssárga komplex mikroorganizmus pedig a kiindulási szintje töredékére esett, jóval az egészséges tartományon belülre.

A döntő részlet: a cinkes szájöblítő meleg vízzel a szájzuhany tartályába került. Egy kiöblített oldat a fogfelszínt éri el, de a vörös komplex lent az ínytasakban él, ahová az öblögetés soha nem jut el. A szájzuhany ugyanazt az oldatot nyomás alatt egyenesen abba a tasakba juttatja. Ugyanazok a termékek, amelyek a legtöbb embernek már megvannak, teljesen más bejuttatással.

Három fázisban végezd. Elpusztítás: cinkes öblítő a tartályban, amíg aktív fertőzés van. Megerősítés: újravizsgálat nagyjából kilencven nap után, mert a vizsgálat mondja meg, mikor végeztél, nem a naptár. Visszatelepítés: cink nélkül, csak kíméletes öblítők, a probiotikumokat este, fogmosás után, hogy tiszta felületen telepedjenek meg és kolonizáljanak. A vörös komplex eltávolítása a jó baktériumaidat is magával viszi, és pontosan ennek is kell történnie, és pontosan ezért nem opcionális a harmadik fázis.

Két dolog egy jó biológiai fogorvos székébe tartozik. Méresd meg az ínytasakjaidat egy jó biológiai fogorvossal, mert a szám dönti el a beavatkozást: 1 és 3 mm között ínykezelés jár, 4 mm és afölött fogkő-eltávolítás és gyökérsimítás szükséges, és mindkettőnek a biofilm teljes megbontása a lényege. És legalább egy nappal a tisztítás előtt kezdd el a protokollt, ne utána, mert a fogkő-eltávolítást követő órák a legnyitottabb időszak, ami a szádban valaha lesz. Még egy dolog, amit senki sem említ: ezek a mikroorganizmusok átterjednek azok között, akik nyálat osztanak meg egymással, ezért ha az eredményed pozitív, a párod is vizsgáltassa meg magát, és csinálja veled együtt.

A szájegészség csomag Olvasd el a teljes történetet

Ezen az oldalon kétféle vizsgálat van, és nagyon különböző dolgokat adnak vissza.

Egy chipes vizsgálat néhány százezer kiválasztott pozíciót olvas le. A 23andMe egy nagyjából 5 és 7 megabájt közötti zip fájlt ad, amely kicsomagolva egy körülbelül 15 és 25 megabájt közötti egyszerű szövegfájl, nagyjából 550 000 és 700 000 közötti pozícióval. A FamilyTreeDNA egy hasonló méretű tömörített CSV fájlt ad, bár csak azokat a pozíciókat adják ki, amelyekben biztosak, így az ő válogatott készletüket kapod, nem mindent, amit a gép leolvasott.

Egy szekvenálási vizsgálat az egészet leolvassa, nagyjából hárommilliárd pozíciót, körülbelül harmincszor. Három fájlt kapsz. A BAM a teljes illesztés, 80 és 120 gigabájt közötti, így a letöltés előtt tervezd meg a tárhelyet. A FASTQ a nyers leolvasások. A VCF azoknak a helyeknek a listája, ahol a DNS-ed eltér a referenciától, és szinte minden elemzőeszköz ezt kéri. Tömörítetlenül 10 és 20 gigabájt közötti. Tömörítve nagyjából 1 és 2 gigabájt közé csökken.

Az őszinte összefoglaló tehát ez. Egy chipes fájl elég kicsi ahhoz, hogy e-mailben elküldd. Egy teljes genom nem, és valódi tárhelyre és türelemre lesz szükséged a letöltéshez.

A legtöbb hely, amely az adataidat olvassa, a VCF-et kéri, és többségük tömörítve. Előbb a jó hír: a legtöbb szekvenáló cég már eleve .vcf.gz végű fájlt ad, és a .gz azt jelenti, hogy már tömörítve van. Ha a tiéd így végződik, készen vagy, ezt teljesen kihagyhatod, és töltsd fel úgy, ahogy van.

Ha a fájlod sima .vcf végű, így tömörítheted.

Macen vagy Linuxon nyisd meg a Terminált, lépj a fájlt tartalmazó mappába, és futtasd: gzip -k yourfile.vcf. A -k megtartja az eredetit ahelyett, hogy lecserélné, ami számít, ha a fájl letöltése egy napig tartott. Mellette megkapod a yourfile.vcf.gz fájlt.

Windowson telepítsd a 7-Zipet, majd kattints jobb gombbal a fájlra, válaszd a 7-Zip, majd a Hozzáadás archívumhoz pontot, és állítsd az archívum formátumát gzipre. Ugyanazt a .vcf.gz eredményt kapod.

Ha már telepítve vannak bioinformatikai eszközeid, a bgzip yourfile.vcf a genomikai szabvány, és néhány eszköz kifejezetten ezt kéri. A sima gzipet szinte mindenhol máshol elfogadják, így ne telepíts ehhez semmit, hacsak egy eszköz nem kéri.

Egy dolgot érdemes tudni, mielőtt nekikezdesz. Egy teljes genom VCF tömörítése eltart egy ideig, és mindkét másolatnak egyszerre kell szabad tárhely. Akkor csináld, amikor nincs szükséged a gépre.

Egyik sem az enyém, és semmit sem keresek rajtuk. Egyszerűen ide kerül a fájl, ha már megvan. Az árak változnak, ezért fizetés előtt ellenőrizd.

A Promethease a legszélesebb körű közülük. A fájlodat összeveti a SNPedia adatbázissal, és több ezer összefüggést ad vissza, 2008 óta működik. A feltöltési korlát 4 gigabájt, így egy tömörített teljes genom VCF belefér.

A Genetic Genie ingyenes metilációs és méregtelenítési paneleket futtat, és a funkcionális medicina világában a legtöbben valójában ezt keresik. A feltöltési korlátjuk 1 gigabájt, és a saját útmutatásuk szerint a mélyebb szekvenálás pontosabb eredményt ad. Egy chipes fájl mindig belefér. Egy tömörített teljes genom néha nem, és ha a tiéd túllépi a határt, előbb meg kell szűrnöd, ami valóban túlmutat egy ilyen gyors útmutatón.

A SelfDecode előfizetéses, és a csoport legkidolgozottabb szolgáltatása. Az Xcode Life és a NutraHacker egyaránt egyenként árul jelentéseket. A GEDmatch a rokonok megtalálására szolgál, nem az egészségre, és a legtöbb vizsgáló cégtől elfogad feltöltést, így tudnak az emberek egyezéseket találni olyan szolgáltatások között, amelyek nem kommunikálnak egymással.

Mielőtt bárhová feltöltesz, nézd meg, mit mond az adott oldal arról, mit csinál a fájloddal. A legazonosíthatóbb információt adod át, ami a birtokodban van, és ez a vérrokonaidat is azonosítja, akik közül senkit sem kérdeztek meg.

Ezek a cégek mind kiadják a fájlt, de csak néhány teszi elérhetővé egyetlen kattintással. A többinél keresgélned kell, és az egyiknél még az idő is ketyeg. Íme, hol található a letöltés az egyes cégeknél a legutóbbi ellenőrzésem szerint. A menük változnak, így ha egy lépés nem egyezik, keress rá a súgóközpontjukban a raw data kifejezésre.

Sequencing.com: jelentkezz be, nyisd meg a My Genomes menüt, válaszd ki a genomot, majd a bal oldali Files fület. Minden fájlnak (FASTQ, BAM, VCF) saját letöltése van az Actions oszlopban, és ugyanebben az oszlopban van a kuka is, amikor készen állsz a törlésre.

Nucleus: jelentkezz be, nyisd meg az Account beállításokat, vagy válaszd a Downloads pontot a neved alatti legördülő menüből. Letöltheted a VCF, CRAM és FASTQ fájlokat, a szerkezeti és kópiaszám fájlokat, valamint egy már Promethease vagy GEDmatch számára formázott másolatot. A törléshez írj a concierge@mynucleus.com címre a fiókhoz tartozó e-mail címről.

Dante Labs: jelentkezz be, nyisd meg a Genome Managert, és onnan tölts le. Két figyelmeztetés. Minden letöltési link 60 másodperccel a kattintás után lejár, így azonnal indítsd el az átvitelt, és ne mentsd el a linket későbbre. Az ügyfelek arról is beszámoltak, hogy a FASTQ és BAM fájlok az első hónap után eltűntek a fiókból, míg a VCF megmaradt, így a nagy fájlokat korán töltsd le. A törlés kérelemmel történik a support.dantelabs.com oldalon.

FamilyTreeDNA: először kapcsold be a kétlépcsős azonosítást, nélküle a letöltés nem indul el. Aztán Results & Tools, Autosomal DNA, Download Raw Data, és töltsd le a Build 37 Concatenated fájlt. Ne csomagold ki és ne nevezd át, az elemzők pontosan úgy kérik, ahogy érkezett. A törléshez írj e-mailt a deletemydata@familytreedna.com címre a fiók elsődleges címéről, és ez a tárolt mintát is megsemmisíti.

23andMe: kattints a nevedre, majd a Settings pontra, görgess a 23andMe Data részhez, és kattints a View gombra. A Browse Raw Genotyping Data azonnal letölthető; a teljes adatkérést e-mailben küldik, és napokig is tarthat. A Permanently Delete Data ugyanezen az oldalon van, és egy e-mailben kapott megerősítő linkkel zárul. Visszafordíthatatlan, és nem terjed ki azokra a fájlokra, amelyeket már máshol megosztottál.

Ebben a sorrendben csinálnám, és azon a héten, amikor megérkeznek az eredmények. Először ments el minden jelentést, amit mutatnak. Nyomtasd PDF-be vagy készíts róla képernyőképet, mert az irányítópult az a rész, amely eltűnik, amikor egy céget eladnak vagy bezár. Másodszor töltsd le a nyers fájlt, az egészet, a VCF-et és a BAM-et is, ha van rá helyed, és tegyél egy másolatot olyan helyre, amely nem az a laptop, amelyre letöltötted.

Harmadszor, miután ellenőrizted, hogy a másolatok megnyílnak, menj vissza, és kérd az adataid törlését és a minta megsemmisítését. Az oldalon szereplő minden cég megteszi, a lépések fent vannak. A fiók törlése nem mindig ugyanaz, mint az adatok vagy a minta törlése, ezért név szerint kérd mindhármat.

Az ok egyszerű. A fájl életed végéig azonosít téged, és a gyerekeidet és a testvéreidet is azonosítja, akik közül senki sem írt alá semmit. Ha már megvan a saját másolatod, semmi oka annak, hogy továbbra is valaki más szerverén üljön, a következő adatszivárgásra vagy a következő vevőre várva.

Nem vagyok orvos, és senkit sem diagnosztizálok, és egy genetikai variáns nem diagnózis. Ha hordozol egy variánst, az azt jelenti, hogy hordozol egy variánst. Nem azt jelenti, hogy van egy betegséged, nem azt jelenti, hogy lesz, és rengeteg ember hordoz olyasmit, ami soha nem nyilvánul meg. Amit a génjeid adnak, az a hajlamok térképe, nem ítélet.

Ez egy tényező. Egy nagy tényező, és szinte senki sem ellenőrzi. Pontosan így kezelném: még egy információként a vérképed, a tüneteid és a valós közérzeted mellett, nem pedig olyan válaszként, amely mindhármat felülírja.

Ha valami egy jelentésben aggaszt, vidd el egy orvoshoz, aki az egész képet látja, ideális esetben egy jó funkcionális medicina orvoshoz, aki a laboreredményeiddel együtt olvassa, nem elszigetelten.