LIHAT APA YANG SEBENARNYA TERJADI DI USUS ANDA

Satu baris per kondisi, satu lingkaran per organisme yang benar-benar diukur sebuah studi pada kondisi itu. Setiap lingkaran adalah tautan ke studi tersebut di PubMed.

LPS adalah bagian dari dinding luar bakteri usus tertentu. Ikuti perjalanannya dalam empat langkah, dari apa yang menaikkannya di usus Anda hingga kondisi-kondisi yang diukur para peneliti bersamanya. Empat dari langkah itu persis yang dibaca oleh Gut Barrier Panel.

Lapisan usus halus Anda hanya setebal satu sel, dan protein yang disebut tight junction berfungsi sebagai segel di antara sel-sel itu. Occludin adalah salah satu segel tersebut. Protein lain, zonulin, dapat menarik sambungan itu hingga terbuka. Ketika sambungan mengendur (peningkatan permeabilitas usus), makanan yang baru sebagian tercerna, limbah bakteri, dan racun mulai lolos dan memicu sistem imun [1][2][3].

Salah satu zat yang paling banyak diteliti yang lolos adalah LPS (lipopolisakarida), racun yang dilepaskan oleh bakteri usus tertentu. Bahkan jumlah yang sangat kecil di dalam darah, yang disebut endotoksemia metabolik, sudah cukup untuk memicu peradangan kronis [4][5]. Kadar LPS yang lebih tinggi ditemukan pada obesitas, diabetes tipe 2, perlemakan hati, dan penyakit jantung, itulah sebabnya semakin banyak riset kini menunjuk sawar usus sebagai penyebab hulu peradangan, bukan efek sampingnya [4][5][6].

Setiap kali Anda menelan, Anda mengirim sedosis isi mulut langsung ke usus. Sepanjang hari, setiap hari. Itu bukan kiasan, itu seperti pipa saluran, dan para peneliti yang mengurutkan DNA mulut dan feses orang yang sama menemukan bakteri mulut secara rutin melakukan perjalanan itu dan menetap lebih jauh di bawah, jauh lebih sering saat ada penyakit [28]. Artinya mulut Anda bukan sistem terpisah yang kebetulan berada di atas usus. Mulut adalah pintu depannya, dan apa pun yang hidup di baliknya akan terkirim.

Jadi ini bekerja dua arah. Mulut yang sehat diam-diam menyemai usus yang sehat setiap hari tanpa usaha sama sekali, itulah sebabnya membenahi kesehatan mulut adalah salah satu langkah hulu termurah yang bisa Anda lakukan. Mulut yang meradang melakukan kebalikannya. Mulut Anda juga punya sawar, dan dengan penyakit gusi, bakteri dan racunnya ikut masuk ke aliran darah. Yang terburuk di antaranya, dipimpin oleh Porphyromonas gingivalis, tidak diam di tempat: ia mengganggu usus itu sendiri, menurunkan protein tight junction dan memicu endotoksemia yang sama [11][12][13]. P. gingivalis juga ditemukan di arteri yang tersumbat dan di lebih dari 90 persen otak penderita Alzheimer [21][22].

Candida memperburuknya, dan keduanya bekerja sama. Candida merusak lapisan usus secara langsung dengan racunnya, candidalysin [15], dan di mulut ia bermitra dengan P. gingivalis, membangun biofilm bersama yang menyembunyikan bakteri dari sistem imun dan dari antijamur Anda [14]. Itu adalah persekutuan sejati, bukan dua masalah yang kebetulan berdampingan: ragi memberi perlindungan bagi bakteri, bakteri membongkar sawar, dan bersama-sama mereka menahannya tetap terbuka. Inilah alasan besar mengapa candida begitu sulit diatasi, dan mengapa usus yang rusak sulit pulih selama mulut masih meradang.

Inilah bagian yang hampir tidak pernah diperiksa. Jika Anda sudah membenahi usus, menjalani diet berbulan-bulan, dan candida Anda tetap tidak turun, mulut yang meradang yang diam-diam menyemainya kembali dari atas adalah salah satu alasan tersembunyi pertama yang perlu disingkirkan. Itulah tepatnya yang disaring oleh Oral Microbiome Profile, dan itulah sebabnya ia masuk Putaran 1, bukan daftar tambahan.

Jika Anda memiliki kecenderungan genetik, sawar usus yang bocor adalah bagian yang diakui dari bagaimana penyakit autoimun bermula. Ketika protein yang belum tercerna, fragmen bakteri, dan racun mencapai aliran darah, sistem imun dapat mulai menyerang jaringannya sendiri [3][7]. Inilah karya Dr. Alessio Fasano, yang menemukan zonulin dan menunjukkan bagaimana ia berperan sebagai pintu masuk peradangan dan autoimunitas. Peningkatan permeabilitas telah didokumentasikan pada IBS, penyakit radang usus, dan diabetes tipe 1 [10].

Usus dan otak Anda terus bercakap dua arah: melalui saraf vagus, melalui sistem imun, dan melalui senyawa kimia yang dibuat bakteri usus Anda. Hubungan itu punya nama, sumbu mikrobiota-usus-otak, dan merupakan salah satu bidang paling aktif dalam ilmu saraf saat ini [23][24].

Sawar usus yang bocor dari bagian-bagian di atas adalah bagian dari ceritanya. Ketika LPS dan fragmen bakteri masuk ke aliran darah, peradangan yang menyusul tidak berhenti di dinding usus. Para peneliti yang mengukur respons imun terhadap bakteri usus pada orang dengan depresi berat menemukan penanda sawar usus yang bocor meningkat, dan mengusulkan perpindahan bakteri itu sebagai bagian dari gambaran peradangan pada depresi [25].

Temuan paling mencolok datang dari arah sebaliknya. Ketika bakteri usus dari orang dengan depresi dipindahkan ke hewan yang dibesarkan bebas kuman, hewan-hewan itu menunjukkan perilaku mirip depresi dan perubahan metabolisme yang tidak terjadi pada hewan yang diberi bakteri dari donor sehat [26][27]. Itu bukan klaim bahwa bakteri menyebabkan depresi pada manusia, dan tidak ada yang mengklaimnya. Artinya usus bukan penonton dalam urusan suasana hati, dan ia adalah salah satu dari sedikit variabel hulu yang benar-benar bisa Anda ukur dan tindak lanjuti.

Jadi ini adalah sebuah variabel, variabel yang nyata, dan hampir tidak ada yang memeriksanya. Kecemasan dan depresi adalah hal serius yang layak mendapat perawatan sungguhan dari profesional kesehatan mental berlisensi. Tidak ada di sini yang menggantikannya, dan panel lab bukanlah diagnosis. Tetapi jika Anda sudah bertahun-tahun membenahi pikiran dan belum pernah sekali pun melihat usus Anda, inilah pintu yang belum pernah dibuka siapa pun.

Jika Anda terus makan makanan yang direaksikan sistem imun Anda, lapisan usus tetap meradang, memperparah permeabilitas dan mencegah pemulihan [8][9]. Biasanya, menemukan pemicu berarti menjalani diet eliminasi yang panjang: menghentikan seluruh kelompok makanan lalu memperkenalkannya kembali perlahan-lahan. Tes melewati sebagian besar proses itu. Anda tahu persis makanan mana yang bermasalah dan cukup menghindarinya. Satu-satunya pengecualian adalah candida: jika Anda mengalami pertumbuhan berlebih, Anda tetap perlu menghindari makanan yang memberinya makan sambil mengembalikannya ke keseimbangan, apa pun hasil tes sensitivitas Anda.

Gusi yang sehat tidak pernah berdarah. Jika gusi Anda berdarah saat flossing atau menyikat gigi, itu adalah peradangan dan salah satu tanda paling awal penyakit gusi [16]. Lapisan putih tebal di lidah bisa menunjukkan candida mulut [17]. Tiga kali atau lebih infeksi jamur dalam setahun hampir selalu, sekitar sembilan dari sepuluh kasus, disebabkan candida [18]. Para peneliti juga menanggapi serius kaitan candida dengan kanker: candida menghasilkan senyawa karsinogenik seperti asetaldehida, dengan bukti terkuat mengaitkannya dengan kanker mulut [19][20].

Panel KBMO FIT (22, 132, atau 176 makanan), masing-masing dipasangkan dengan Gut Barrier Panel, mengukur reaktivitas imun Anda terhadap makanan dan bahan tambahan tertentu plus seberapa bocor lapisan usus Anda. GI-MAP adalah tes feses berbasis DNA yang memetakan bakteri, ragi, parasit, serta penanda pencernaan, peradangan, dan aktivitas imun, dengan tambahan opsional untuk zonulin dan StoolOMX. Oral Microbiome Profile memetakan bakteri di mulut Anda, termasuk patogen periodontal. Tiga pintu: makanan Anda, usus Anda, dan mulut Anda.

Jess menjalankan profil yang persis sama pada dirinya sendiri dan hasilnya menunjukkan kompleks merah dan kompleks oranye, yang juga ditemukan pada kebanyakan orang. Ia tidak punya gejala di kedua kali tes, dan dokter giginya tidak pernah menyebutkannya. Butuh sampel air liur untuk melihatnya.

Ia menjalankan satu rutinitas harian tanpa antibiotik: dua probiotik mulut (ProBiora dan BLIS K12 serta M18), sikat gigi sonik, water flosser, pasta gigi nano hidroksiapatit, dan obat kumur. Pada tes ulang, kompleks merah berada di bawah batas deteksi dan organisme kompleks oranye yang tersisa turun menjadi sebagian kecil dari kadar awalnya, jauh di dalam rentang sehat.

Detail yang membuat perbedaan: obat kumur seng dimasukkan ke tangki water flosser bersama air hangat. Obat kumur yang dikumur hanya menyentuh permukaan gigi, tetapi kompleks merah hidup jauh di dalam kantong gusi yang tidak pernah tercapai dengan berkumur. Water flosser mendorong larutan yang sama dengan tekanan langsung ke kantong itu. Produk yang sama yang sudah dimiliki kebanyakan orang, cara penghantaran yang sama sekali berbeda.

Jalankan dalam tiga fase. Basmi: obat kumur seng di tangki selama masih ada infeksi aktif. Pastikan: tes ulang sekitar sembilan puluh hari kemudian, karena tes yang memberi tahu kapan Anda selesai, bukan kalender. Pulihkan populasi: hentikan seng, gunakan obat kumur yang lembut saja, dan probiotik di malam hari setelah menyikat gigi agar menempel di permukaan yang bersih dan berkoloni. Membersihkan kompleks merah ikut menurunkan bakteri baik Anda, yang memang seharusnya terjadi, dan tepat karena itulah fase ketiga tidak boleh dilewatkan.

Dua hal ini sebaiknya dilakukan di kursi dokter gigi biologis yang baik. Minta dokter gigi biologis yang baik mengukur kedalaman kantong gusi Anda, karena angkanya menentukan prosedurnya: 1 sampai 3 mm mendapat perawatan gingiva, 4 mm ke atas memerlukan scaling dan root planing, dan tujuan keduanya adalah menghancurkan biofilm sepenuhnya. Lalu mulailah protokol setidaknya sehari sebelum pembersihan itu, bukan sesudahnya, karena jam-jam setelah scaling adalah jendela paling terbuka yang akan dimiliki mulut Anda. Satu hal lagi yang jarang disebutkan: organisme ini berpindah antarorang yang berbagi air liur, jadi jika hasil Anda positif, minta pasangan Anda ikut tes dan menjalankan protokolnya bersama Anda.

Dapatkan Oral Health Bundle Baca kisah lengkapnya

Ada dua jenis tes di halaman ini dan keduanya memberikan hasil yang sangat berbeda.

Tes chip membaca beberapa ratus ribu posisi terpilih. 23andMe memberi Anda file zip sekitar 5 sampai 7 megabyte yang terbuka menjadi file teks biasa sekitar 15 sampai 25 megabyte, berisi antara 550.000 dan 700.000 posisi. FamilyTreeDNA memberi Anda CSV terkompresi dengan ukuran serupa, meskipun mereka hanya merilis posisi yang mereka yakini, sehingga Anda mendapat set pilihan mereka, bukan semua yang dibaca mesin.

Tes sekuensing membaca seluruhnya, sekitar tiga miliar posisi, kira-kira 30 kali berulang. Anda mendapat tiga file. BAM adalah penyelarasan lengkap dan berukuran 80 sampai 120 gigabyte, jadi rencanakan penyimpanan sebelum mengunduhnya. FASTQ adalah bacaan mentahnya. VCF adalah daftar tempat DNA Anda berbeda dari rujukan, dan itulah file yang diminta hampir setiap alat analisis. Tanpa kompresi ukurannya 10 sampai 20 gigabyte. Dengan kompresi turun menjadi sekitar 1 sampai 2 gigabyte.

Jadi ringkasan jujurnya begini. File chip cukup kecil untuk dikirim lewat email. Genom utuh tidak, dan Anda butuh ruang disk yang cukup serta kesabaran saat mengunduh.

Kebanyakan tempat yang membaca data Anda meminta VCF, dan kebanyakan memintanya dalam keadaan terkompresi. Kabar baiknya dulu: kebanyakan perusahaan sekuensing sudah memberi Anda file berakhiran .vcf.gz, dan .gz berarti sudah terkompresi. Jika file Anda berakhiran seperti itu, selesai, lewati bagian ini dan unggah apa adanya.

Jika file Anda berakhiran .vcf saja, begini cara mengompresnya.

Di Mac atau Linux, buka Terminal, pindah ke folder tempat file berada, lalu jalankan gzip -k yourfile.vcf. Opsi -k menyimpan file asli alih-alih menggantinya, yang penting ketika file itu butuh sehari untuk diunduh. Anda akan mendapat yourfile.vcf.gz di sebelahnya.

Di Windows, pasang 7-Zip, lalu klik kanan file tersebut, pilih 7-Zip, pilih Add to archive, dan atur format arsip ke gzip. Anda akan mendapat hasil .vcf.gz yang sama.

Jika Anda sudah memasang alat bioinformatika, bgzip yourfile.vcf adalah standar genomik dan beberapa alat secara khusus memintanya. Gzip biasa diterima hampir di mana saja, jadi tidak perlu memasang apa pun untuk ini kecuali sebuah alat memintanya.

Satu hal yang perlu diketahui sebelum mulai. Mengompres VCF genom utuh butuh waktu dan memerlukan ruang disk kosong untuk kedua salinan sekaligus. Lakukan saat Anda tidak sedang membutuhkan komputernya.

Tidak satu pun dari layanan ini milik saya dan saya tidak mendapat apa pun darinya. Ini hanyalah tempat file itu dibawa setelah Anda memilikinya. Harga bisa berubah, jadi periksa sebelum membayar.

Promethease adalah yang paling luas. Ia mencocokkan file Anda dengan SNPedia dan mengembalikan ribuan asosiasi, dan sudah berjalan sejak 2008. Batas unggahnya 4 gigabyte, jadi VCF genom utuh yang terkompresi muat.

Genetic Genie menjalankan panel metilasi dan detoks gratis, yang memang paling dicari kebanyakan orang di dunia kedokteran fungsional. Batas unggahnya 1 gigabyte, dan panduan mereka sendiri menyebut sekuensing yang lebih dalam memberi hasil lebih akurat. File chip selalu muat. Genom utuh yang terkompresi kadang tidak, dan jika file Anda melebihi batas, Anda perlu menyaringnya terlebih dahulu, yang memang di luar cakupan instruksi singkat seperti ini.

SelfDecode berbasis langganan dan paling rapi di antara semuanya. Xcode Life dan NutraHacker sama-sama menjual laporan satuan. GEDmatch digunakan untuk menemukan kerabat, bukan untuk kesehatan, dan menerima unggahan dari sebagian besar perusahaan tes, itulah cara orang mencocokkan data di antara layanan yang tidak saling terhubung.

Sebelum mengunggah ke mana pun, baca apa yang dikatakan situs itu tentang apa yang dilakukannya dengan file Anda. Anda menyerahkan informasi paling mengidentifikasi yang Anda miliki, dan informasi itu juga mengidentifikasi kerabat sedarah Anda, yang tidak satu pun dimintai izin.

Setiap perusahaan ini akan memberikan file Anda, tetapi hanya beberapa yang menaruhnya sejauh satu klik. Sisanya membuat Anda mencari, dan salah satunya memberi batas waktu. Berikut lokasi unduhan di masing-masing perusahaan saat terakhir saya periksa. Menu bisa berpindah, jadi jika ada langkah yang tidak cocok, cari kata raw data di pusat bantuan mereka.

Sequencing.com: masuk, buka My Genomes, pilih genomnya, lalu tab Files di sisi kiri. Setiap file (FASTQ, BAM, VCF) punya tombol unduh sendiri di kolom Actions, dan kolom yang sama berisi ikon tempat sampah saat Anda siap menghapus.

Nucleus: masuk, buka pengaturan Account, atau pilih Downloads dari menu di bawah nama Anda. Anda bisa mengambil VCF, CRAM, FASTQ, dan file struktural serta jumlah salinan, plus salinan yang sudah diformat untuk Promethease atau GEDmatch. Untuk menghapus, kirim email ke concierge@mynucleus.com dari alamat yang terdaftar di akun.

Dante Labs: masuk, buka Genome Manager, dan unduh dari sana. Dua peringatan. Setiap tautan unduhan mati 60 detik setelah Anda mengkliknya, jadi segera mulai transfernya dan jangan simpan tautannya untuk nanti. Dan pelanggan melaporkan FASTQ dan BAM hilang dari akun setelah bulan pertama sementara VCF tetap ada, jadi ambil file besarnya lebih awal. Penghapusan diajukan melalui support.dantelabs.com.

FamilyTreeDNA: aktifkan autentikasi dua faktor terlebih dahulu, unduhan menolak berjalan tanpanya. Lalu Results & Tools, Autosomal DNA, Download Raw Data, dan ambil file Build 37 Concatenated. Jangan unzip atau ganti namanya, pembaca data menginginkannya persis seperti aslinya. Penghapusan dilakukan lewat email ke deletemydata@familytreedna.com dari alamat utama di akun, dan itu juga memusnahkan sampel yang disimpan.

23andMe: klik nama Anda, lalu Settings, gulir ke 23andMe Data dan klik View. Browse Raw Genotyping Data bisa diunduh langsung; permintaan data lengkap dikirim lewat email dan bisa butuh beberapa hari. Permanently Delete Data ada di halaman yang sama dan diselesaikan melalui tautan konfirmasi di email Anda. Ini tidak bisa dibatalkan, dan tidak menjangkau file yang sudah Anda bagikan ke tempat lain.

Beginilah urutan yang akan saya lakukan, dan saya akan melakukannya di minggu hasilnya keluar. Pertama, simpan setiap laporan yang mereka tampilkan. Cetak masing-masing ke PDF atau ambil tangkapan layar, karena dasbor adalah bagian yang lenyap ketika perusahaan dijual atau tutup. Kedua, unduh file mentahnya, semuanya, VCF dan BAM jika ruang disk Anda cukup, dan simpan salinannya di tempat selain laptop yang dipakai untuk mengunduh.

Ketiga, setelah Anda memastikan salinannya bisa dibuka, kembali dan minta mereka menghapus data Anda serta memusnahkan sampelnya. Setiap perusahaan di halaman ini akan melakukannya, langkah-langkahnya ada di atas. Menghapus akun tidak selalu sama dengan menghapus data atau sampel, jadi minta ketiganya dengan menyebutnya satu per satu.

Alasannya sederhana. File itu mengidentifikasi Anda seumur hidup, dan juga mengidentifikasi anak-anak dan saudara kandung Anda, yang tidak satu pun menandatangani apa-apa. Begitu Anda memegang salinan sendiri, tidak ada alasan file itu terus tersimpan di server orang lain menunggu kebocoran berikutnya atau pembeli berikutnya.

Saya bukan dokter dan saya tidak mendiagnosis siapa pun, dan varian genetik bukanlah diagnosis. Membawa sebuah varian berarti Anda membawa varian. Itu tidak berarti Anda memiliki suatu kondisi, tidak berarti Anda akan mengalaminya, dan banyak orang membawa hal-hal yang tidak pernah mereka ekspresikan. Yang diberikan gen Anda adalah peta kecenderungan, bukan vonis.

Ini adalah sebuah variabel. Variabel yang besar, dan hampir tidak ada yang memeriksanya. Begitulah tepatnya saya akan memperlakukannya, sebagai satu lagi informasi yang berdampingan dengan hasil tes darah, gejala, dan apa yang benar-benar Anda rasakan, bukan sebagai jawaban yang mengalahkan ketiganya.

Jika sesuatu dalam laporan membuat Anda khawatir, bawalah kepada dokter yang bisa melihat gambaran utuhnya, idealnya dokter kedokteran fungsional yang baik yang akan membacanya bersama hasil lab Anda, bukan secara terpisah.