GUARDA COSA STA DAVVERO FACENDO IL TUO INTESTINO

Una riga per condizione, un cerchio per ogni organismo che uno studio ha effettivamente misurato in essa. Ogni cerchio è un link a quello studio su PubMed.

L’LPS è un pezzo della parete esterna di certi batteri intestinali. Seguilo in quattro passaggi, da ciò che lo alza nel tuo intestino fino alle condizioni accanto alle quali i ricercatori lo hanno misurato. Quattro di quei passaggi sono esattamente ciò che legge il Gut Barrier Panel.

La parete del tuo intestino tenue è spessa una sola cellula, e delle proteine chiamate giunzioni strette fanno da sigillo tra quelle cellule. L’occludina è uno di quei sigilli. Un’altra proteina, la zonulina, può aprire le giunzioni. Quando si allentano (aumentata permeabilità intestinale), cibo parzialmente digerito, scorie batteriche e tossine iniziano a filtrare e ad attivare il sistema immunitario [1][2][3].

Una delle cose più studiate tra quelle che filtrano è l’LPS (lipopolisaccaride), una tossina rilasciata da certi batteri intestinali. Bastano quantità minime nel sangue, condizione chiamata endotossiemia metabolica, per alimentare un’infiammazione cronica [4][5]. Livelli più alti di LPS compaiono nell’obesità, nel diabete di tipo 2, nel fegato grasso e nelle malattie cardiache, ed è per questo che sempre più ricerche indicano oggi la barriera intestinale come una causa a monte dell’infiammazione anziché come un suo effetto collaterale [4][5][6].

Ogni volta che deglutisci, mandi una dose della tua bocca dritta giù nell’intestino. Tutto il giorno, tutti i giorni. Non è una metafora, è idraulica, e i ricercatori che hanno sequenziato bocca e feci delle stesse persone hanno trovato batteri orali che compiono regolarmente il viaggio e si insediano più in basso, molto di più quando è presente una malattia [28]. Il che significa che la tua bocca non è un sistema separato che per caso sta sopra il tuo intestino. È la porta d’ingresso, e qualunque cosa viva dietro di essa viene consegnata.

Quindi funziona in entrambe le direzioni. Una bocca sana semina in silenzio un intestino sano ogni giorno senza alcuna fatica, ed è per questo che ripulire la bocca è una delle mosse a monte più economiche a tua disposizione. Una bocca infiammata fa l’opposto. Anche la tua bocca ha una barriera, e con la malattia gengivale i suoi batteri e le loro tossine entrano anch’essi nel flusso sanguigno. Il peggiore di tutti, il Porphyromonas gingivalis, non resta al suo posto: altera l’intestino stesso, abbassando le proteine delle giunzioni strette e alimentando la stessa endotossiemia [11][12][13]. Il P. gingivalis è stato trovato anche nelle arterie ostruite e in più del 90 per cento dei cervelli con Alzheimer [21][22].

La candida peggiora le cose, e i due lavorano insieme. La candida danneggia direttamente la parete intestinale con la sua tossina candidalisina [15], e su in bocca si allea con il P. gingivalis, costruendo biofilm condivisi che nascondono i batteri al tuo sistema immunitario e ai tuoi antifungini [14]. Quella è una vera alleanza, non due problemi appaiati: il lievito dà copertura ai batteri, i batteri fanno leva sulla barriera, e insieme la tengono aperta. È uno dei grandi motivi per cui la candida è così difficile da togliersi di dosso, e per cui un intestino danneggiato fatica a ripararsi mentre la bocca è ancora infiammata.

Questo è il pezzo che quasi nessuno controlla. Se hai fatto il lavoro sull’intestino, hai tenuto la dieta per mesi, e la tua candida ancora non scende, una bocca infiammata che la risemina in silenzio dall’alto è uno dei primi motivi nascosti da escludere. È esattamente ciò che l’Oral Microbiome Profile va a cercare, ed è il motivo per cui sta nel Round 1 invece che in un elenco di extra.

Se hai una predisposizione genetica, una barriera permeabile è una parte riconosciuta del modo in cui la malattia autoimmune si mette in moto. Quando proteine non digerite, frammenti batterici e tossine raggiungono il flusso sanguigno, il sistema immunitario può iniziare ad attaccare i tessuti dell’organismo stesso [3][7]. È il lavoro del Dr. Alessio Fasano, che ha scoperto la zonulina e ha mostrato come agisca da porta d’accesso all’infiammazione e all’autoimmunità. Un aumento della permeabilità è stato documentato nella sindrome dell’intestino irritabile, nelle malattie infiammatorie intestinali e nel diabete di tipo 1 [10].

Il tuo intestino e il tuo cervello sono in conversazione costante nei due sensi: lungo il nervo vago, attraverso il sistema immunitario e attraverso le sostanze che producono i tuoi batteri intestinali. Quel collegamento ha un nome, asse microbiota-intestino-cervello, ed è una delle aree più attive delle neuroscienze in questo momento [23][24].

La barriera permeabile delle sezioni precedenti è parte della storia. Quando l’LPS e i frammenti batterici passano nel flusso sanguigno, l’infiammazione che ne segue non si ferma alla parete intestinale. I ricercatori che hanno misurato le risposte immunitarie ai batteri intestinali in persone con depressione maggiore hanno trovato elevati i marcatori di una barriera permeabile, e hanno proposto quella traslocazione come parte del quadro infiammatorio della depressione [25].

Il lavoro più sorprendente va nella direzione opposta. Quando i batteri intestinali di persone con depressione sono stati trasferiti in animali allevati privi di germi, quegli animali hanno assunto comportamenti simili alla depressione e cambiamenti nel metabolismo che gli animali che avevano ricevuto batteri da donatori sani non hanno mostrato [26][27]. Non è un’affermazione che i batteri causino la depressione in una persona, e nessuno la sta facendo. Significa che l’intestino non è uno spettatore rispetto all’umore, ed è una delle poche variabili a monte che puoi davvero misurare e su cui puoi agire.

Quindi questa è una variabile, una variabile vera, e quasi nessuno la controlla. L’ansia e la depressione sono cose serie e meritano cure vere da un professionista della salute mentale abilitato. Nulla di ciò che c’è qui sostituisce tutto questo, e un pannello di laboratorio non è una diagnosi. Ma se hai lavorato sulla tua mente per anni e non hai mai guardato una sola volta al tuo intestino, questa è la porta che nessuno ha aperto.

Se continui a mangiare cibi a cui il tuo sistema immunitario reagisce, la parete intestinale resta infiammata, alimentando la permeabilità e impedendo la riparazione [8][9]. Di norma, trovare i tuoi fattori scatenanti significa una lunga dieta di eliminazione: togliere interi gruppi alimentari e reintrodurli lentamente. I test ti risparmiano quasi tutto questo. Scopri esattamente quali cibi sono il problema ed eviti solo quelli. L’unica eccezione è la candida: se hai una proliferazione, devi comunque evitare i cibi che la nutrono mentre la riporti in equilibrio, a prescindere dai risultati sulle sensibilità.

Le gengive sane non sanguinano, mai. Se le tue sanguinano quando usi il filo interdentale o lo spazzolino, quella è infiammazione ed è uno dei primissimi segni di malattia gengivale [16]. Una patina bianca e spessa sulla lingua può indicare una candida orale [17]. Tre o più infezioni da lieviti in un anno sono candida in circa nove casi su dieci [18]. I ricercatori stanno prendendo sul serio anche il legame tra candida e cancro: produce composti cancerogeni come l’acetaldeide, con le prove più solide che la collegano al cancro del cavo orale [19][20].

I pannelli KBMO FIT (22, 132 o 176 alimenti), ciascuno abbinato a un Gut Barrier Panel, misurano la tua reattività immunitaria a specifici alimenti e additivi più quanto è permeabile la parete. Il GI-MAP è un test fecale basato sul DNA che mappa batteri, lieviti, parassiti e marcatori di digestione, infiammazione e attività immunitaria, con aggiunte facoltative per zonulina e StoolOMX. L’Oral Microbiome Profile mappa i batteri della tua bocca, inclusi i patogeni parodontali. Tre porte: il tuo cibo, il tuo intestino e la tua bocca.

Jess ha fatto esattamente questo profilo su di sé ed è tornato positivo per complesso rosso e complesso arancione, che è ciò con cui torna quello della maggior parte delle persone. Non aveva sintomi in nessuna delle due volte in cui si è testato, e il suo dentista non gliene aveva mai parlato. È servito un campione di saliva per vederlo.

Ha seguito una sola routine quotidiana senza antibiotici: due probiotici orali (ProBiora e BLIS K12 e M18), uno spazzolino sonico, un idropulsore, un dentifricio alla nano idrossiapatite e i collutori. Alla ripetizione del test il complesso rosso era sotto il limite di rilevabilità e l’organismo rimasto del complesso arancione era sceso a una piccola frazione del punto di partenza, ben dentro l’intervallo sano.

Il dettaglio che ha fatto la differenza: il collutorio allo zinco è finito nel serbatoio dell’idropulsore con acqua tiepida. Un collutorio che si sciacqua tocca la superficie del dente, ma il complesso rosso vive giù nella tasca gengivale dove lo sciacquo non arriva mai. Un idropulsore spinge la stessa soluzione sotto pressione dritta dentro quella tasca. Gli stessi prodotti che la maggior parte delle persone ha già in casa, un modo di applicarli completamente diverso.

Fallo in tre fasi. Elimina: collutorio allo zinco nel serbatoio finché c’è un’infezione attiva. Verifica: ripeti il test intorno ai novanta giorni, perché è il test a dirti quando hai finito, non il calendario. Ripopola: via lo zinco, solo collutori delicati, probiotici la sera dopo aver lavato i denti così si depositano su una superficie pulita e colonizzano. Eliminare il complesso rosso porta via anche i tuoi batteri buoni, che è esattamente ciò che deve succedere, ed è esattamente il motivo per cui la terza fase non è facoltativa.

Due cose spettano alla poltrona di un buon dentista biologico. Fatti misurare le tasche gengivali da un buon dentista biologico, perché è il numero a decidere la procedura: da 1 a 3 mm si fa un trattamento gengivale, da 4 mm in su serve una detartrasi con levigatura radicolare, e la disgregazione completa del biofilm è lo scopo di entrambe. E inizia il protocollo almeno un giorno prima di quella pulizia, non dopo, perché le ore successive a una detartrasi sono la finestra più aperta che la tua bocca avrà mai. Un’altra cosa che nessuno dice: questi organismi passano tra le persone che condividono la saliva, quindi se il tuo risultato è positivo, fai testare anche il tuo partner e fate il percorso insieme.

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Su questa pagina ci sono due tipi di test e consegnano cose molto diverse.

Un test su chip legge qualche centinaio di migliaia di posizioni scelte. 23andMe ti dà un file zip di circa 5-7 megabyte che si apre in un file di testo semplice di circa 15-25 megabyte, con tra 550.000 e 700.000 posizioni. FamilyTreeDNA ti dà un CSV compresso della stessa dimensione, anche se rilasciano solo le posizioni di cui sono sicuri, quindi ricevi il loro insieme selezionato invece di tutto ciò che la macchina ha letto.

Un test di sequenziamento legge tutto, circa tre miliardi di posizioni, una trentina di volte ciascuna. Ricevi tre file. Il BAM è l'allineamento completo e pesa 80-120 gigabyte, quindi pensa allo spazio prima di scaricarlo. Il FASTQ sono le letture grezze. Il VCF è l'elenco dei punti in cui il tuo DNA differisce dal riferimento, ed è quello che vuole quasi ogni strumento di analisi. Non compresso pesa 10-20 gigabyte. Compresso scende a circa 1-2 gigabyte.

Il riassunto onesto è questo. Un file da chip è abbastanza piccolo da mandarlo via mail. Un genoma intero no, e ti serviranno spazio su disco vero e pazienza per il download.

Quasi tutti i posti che leggono i tuoi dati vogliono il VCF, e quasi tutti lo vogliono compresso. Prima la buona notizia: la maggior parte delle aziende di sequenziamento ti consegna già un file che finisce in .vcf.gz, e il .gz significa che è già compresso. Se il tuo finisce così, hai finito, salta tutto questo e caricalo com'è.

Se il tuo file finisce con un semplice .vcf, ecco come comprimerlo.

Su Mac o Linux apri il Terminale, spostati nella cartella che contiene il file ed esegui gzip -k tuofile.vcf. L'opzione -k conserva l'originale invece di sostituirlo, cosa che conta quando il download ha richiesto un giorno. Otterrai tuofile.vcf.gz accanto.

Su Windows installa 7-Zip, poi fai clic destro sul file, scegli 7-Zip, scegli Aggiungi all'archivio e imposta il formato su gzip. Otterrai lo stesso risultato .vcf.gz.

Se hai già installato strumenti di bioinformatica, bgzip tuofile.vcf è lo standard in genomica e alcuni strumenti lo richiedono espressamente. Il gzip normale è accettato quasi ovunque, quindi non installare niente per questo a meno che uno strumento non te lo chieda.

Una cosa da sapere prima di iniziare. Comprimere un VCF di genoma intero richiede tempo e serve spazio libero per entrambe le copie insieme. Fallo quando non ti serve il computer.

Nessuno di questi è mio e non ci guadagno niente. Sono semplicemente dove va il file una volta che ce l'hai. I prezzi cambiano, quindi controlla prima di pagare.

Promethease è il più ampio. Incrocia il tuo file con SNPedia e restituisce migliaia di associazioni, e gira dal 2008. Il limite di caricamento è di 4 gigabyte, quindi un VCF di genoma intero compresso ci sta.

Genetic Genie offre pannelli di metilazione e detossificazione senza costi, ed è quello che cerca davvero la maggior parte delle persone nel mondo della medicina funzionale. Il loro limite di caricamento è di 1 gigabyte, e le loro stesse indicazioni dicono che un sequenziamento più profondo dà risultati più accurati. Un file da chip ci sta sempre. Un genoma intero compresso a volte no, e se il tuo supera il limite dovrai filtrarlo prima, cosa che va davvero oltre una guida rapida come questa.

SelfDecode funziona ad abbonamento ed è il più curato del gruppo. Xcode Life e NutraHacker vendono referti singoli uno alla volta. GEDmatch serve per trovare parenti più che per la salute, e accetta caricamenti dalla maggior parte delle aziende di test, ed è così che si trovano corrispondenze tra servizi che non si parlano tra loro.

Prima di caricare da qualsiasi parte, guarda cosa dice quel sito di fare con il tuo file. Stai consegnando l'informazione più identificativa che possiedi, e identifica anche i tuoi parenti di sangue, a cui nessuno ha chiesto niente.

Tutte queste aziende ti danno il file, ma solo un paio lo mettono a un clic. Le altre ti fanno cercare, e una ci mette un cronometro. Ecco dove sta il download in ciascuna, al mio ultimo controllo. I menu cambiano, quindi se un passaggio non torna, cerca nel loro centro assistenza le parole raw data.

Sequencing.com: accedi, apri My Genomes, scegli il genoma, poi la scheda Files nella colonna a sinistra. Ogni file (FASTQ, BAM, VCF) ha il suo download nella colonna Actions, e nella stessa colonna c'è il cestino quando vorrai cancellare.

Nucleus: accedi, apri Account settings, oppure scegli Downloads dal menu sotto il tuo nome. Puoi prendere VCF, CRAM, FASTQ e i file strutturali e di numero di copie, più una copia già formattata per Promethease o GEDmatch. Per cancellare, scrivi a concierge@mynucleus.com dall'indirizzo dell'account.

Dante Labs: accedi, apri Genome Manager e scarica da lì. Due avvertenze. Ogni link di download muore 60 secondi dopo il clic, quindi avvia subito il trasferimento e non conservare il link per dopo. E alcuni clienti riferiscono che FASTQ e BAM spariscono dall'account dopo il primo mese mentre il VCF resta, quindi prendi i file grandi presto. La cancellazione si chiede tramite support.dantelabs.com.

FamilyTreeDNA: attiva prima l'autenticazione a due fattori, senza non parte il download. Poi Results & Tools, Autosomal DNA, Download Raw Data, e prendi il file Build 37 Concatenated. Non decomprimerlo e non rinominarlo, i lettori lo vogliono esattamente com'è arrivato. La cancellazione è un'e-mail a deletemydata@familytreedna.com inviata dall'indirizzo principale dell'account, e distrugge anche il campione conservato.

23andMe: clicca sul tuo nome, poi Settings, scendi fino a 23andMe Data e clicca View. Browse Raw Genotyping Data si scarica sul momento; la richiesta dati completa arriva via e-mail e può volerci giorni. Permanently Delete Data è nella stessa pagina e si completa con un link di conferma nella tua e-mail. È irreversibile, e non raggiunge i file che hai già condiviso altrove.

Ecco l'ordine in cui lo farei, e lo farei la settimana in cui arrivano i risultati. Primo, salva ogni report che ti mostrano. Stampalo in PDF o fai uno screenshot, perché la dashboard è la parte che sparisce quando un'azienda viene venduta o chiude. Secondo, scarica il file grezzo, tutto, il VCF e il BAM se hai lo spazio, e metti una copia da qualche parte che non sia il portatile su cui è arrivato.

Terzo, una volta verificato che le copie si aprono, torna e chiedi di cancellare i tuoi dati e distruggere il campione. Ogni azienda di questa pagina lo fa, i passaggi sono sopra. Cancellare l'account non è sempre la stessa cosa che cancellare i dati o il campione, quindi chiedi tutte e tre le cose per nome.

Il motivo è semplice. Il file ti identifica per il resto della vita, e identifica anche i tuoi figli e i tuoi fratelli, nessuno dei quali ha firmato niente. Una volta che hai la tua copia, non c'è motivo che resti sul server di qualcun altro ad aspettare la prossima violazione o il prossimo acquirente.

Non sono un medico e non sto diagnosticando nessuno, e una variante genetica non è una diagnosi. Portare una variante significa che porti una variante. Non significa che hai una condizione, non significa che la avrai, e moltissime persone portano cose che non esprimono mai. Quello che i tuoi geni ti danno è una mappa di tendenze, non un verdetto.

È una variabile. Una grande, e una che quasi nessuno controlla. È esattamente come la tratterei io, come un'informazione in più accanto alle tue analisi, ai tuoi sintomi e a come ti senti davvero, invece che come la risposta che si impone su tutti e tre.

Se qualcosa in un referto ti preoccupa, portalo a un medico che possa guardare il quadro intero, preferibilmente un bravo medico di medicina funzionale che lo legga accanto alle tue analisi e non isolatamente.