SE, HVAD DIN TARM FAKTISK GØR

Én række pr. tilstand, én cirkel pr. organisme, som et studie faktisk har målt ved den. Hver cirkel er et link til det studie på PubMed.

LPS er en del af ydervæggen hos visse tarmbakterier. Følg det i fire trin, fra det, der hæver det i tarmen, til de tilstande, forskere har målt det sammen med. Fire af de trin er præcis det, Gut Barrier Panel aflæser.

Slimhinden i tyndtarmen er kun én celle tyk, og proteiner kaldet tætte forbindelser fungerer som tætninger mellem cellerne. Occludin er en af de tætninger. Et andet protein, zonulin, kan trække forbindelserne op. Når de slækker (øget tarmpermeabilitet), begynder delvist fordøjet mad, bakterieaffald og toksiner at smutte igennem og sætte immunforsvaret i gang [1][2][3].

En af de mest undersøgte ting, der smutter igennem, er LPS (lipopolysakkarid), et toksin, som visse tarmbakterier afgiver. Selv små mængder i blodet, kaldet metabolisk endotoksæmi, er nok til at drive kronisk inflammation [4][5]. Højere LPS-niveauer ses ved fedme, type 2-diabetes, fedtlever og hjertesygdom, hvilket er grunden til, at mere forskning nu peger på tarmbarrieren som en opstrøms årsag til inflammation snarere end en følge af den [4][5][6].

Hver gang du synker, sender du en dosis af din mund direkte ned i tarmen. Hele dagen, hver dag. Det er ikke en metafor, det er rørføring, og forskere, der sekventerede mund og afføring hos de samme personer, så mundbakterier foretage rejsen rutinemæssigt og slå sig ned længere nede, betydeligt oftere når sygdom var en del af billedet [28]. Hvilket betyder, at din mund ikke er et separat system, der tilfældigvis sidder over tarmen. Den er hoveddøren, og det, der lever bag den, bliver leveret.

Så det virker begge veje. En sund mund sår stille og roligt en sund tarm hver dag helt uden anstrengelse, og derfor er det at rydde op i munden et af de billigste opstrøms greb, du har adgang til. En betændt mund gør det modsatte. Din mund har også en barriere, og ved paradentose kommer også dens bakterier og deres toksiner ind i blodet. Den værste af dem, med Porphyromonas gingivalis i spidsen, bliver ikke, hvor den er: den forstyrrer selve tarmen, sænker proteinerne i de tætte forbindelser og driver den samme endotoksæmi [11][12][13]. P. gingivalis er også fundet i forsnævrede kar og i mere end 90 procent af hjerner med Alzheimers [21][22].

Candida gør det værre, og de to arbejder sammen. Candida skader tarmslimhinden direkte med sit toksin candidalysin [15], og oppe i munden går den sammen med P. gingivalis og bygger fælles biofilm, der skjuler bakterierne for dit immunforsvar og for dine svampedræbende midler [14]. Det er en reel alliance, ikke to problemer, der tilfældigvis sidder ved siden af hinanden: gæren giver bakterierne beskyttelse, bakterierne bryder barrieren op, og sammen holder de den åben. Det er en stor grund til, at candida er så svær at slippe af med, og til at en skadet tarm har svært ved at komme sig, mens munden stadig er betændt.

Det er den del, næsten ingen tjekker. Hvis du har gjort tarmarbejdet, holdt kosten i måneder, og din candida alligevel ikke går ned, er en betændt mund, der stille sår den igen ovenfra, en af de første skjulte årsager at udelukke. Det er præcis det, Oral Microbiome Profile leder efter, og derfor ligger den i runde 1 i stedet for på en liste med tilvalg.

Hvis du er disponeret for det, er en utæt barriere en anerkendt del af, hvordan autoimmun sygdom sættes i gang. Når ufordøjede proteiner, bakteriefragmenter og toksiner når blodet, kan immunforsvaret begynde at angribe kroppens eget væv [3][7]. Det er arbejdet af Dr. Alessio Fasano, der opdagede zonulin og viste, hvordan det fungerer som en dør til inflammation og autoimmunitet. Øget permeabilitet er dokumenteret ved IBS, inflammatorisk tarmsygdom og type 1-diabetes [10].

Din tarm og din hjerne fører en konstant dialog begge veje: langs vagusnerven, gennem immunforsvaret og gennem de stoffer, dine tarmbakterier fremstiller. Den forbindelse har et navn, aksen mikrobiota, tarm og hjerne, og den er et af de mest aktive områder inden for neurovidenskaben lige nu [23][24].

Den utætte barriere fra afsnittene ovenfor er en del af historien. Når LPS og bakteriefragmenter kommer ud i blodet, stopper den inflammation, der følger, ikke ved tarmvæggen. Forskere, der målte immunsvar mod tarmbakterier hos personer med egentlig depression, fandt markørerne for en utæt barriere forhøjede og foreslog den passage som en del af det inflammatoriske billede ved depression [25].

Det mest slående arbejde går den anden vej. Da tarmbakterier fra personer med depression blev overført til dyr, der var opdrættet bakteriefrie, fik de dyr depressionslignende adfærd og forskydninger i stofskiftet, som dyr med bakterier fra raske donorer ikke fik [26][27]. Det er ikke en påstand om, at bakterier forårsager depression hos et menneske, og ingen påstår det. Det betyder, at tarmen ikke er en tilskuer, når det gælder humøret, og at den er en af de få opstrøms faktorer, du faktisk kan måle og gøre noget ved.

Så dette er en faktor, en reel en, og næsten ingen tjekker den. Angst og depression er alvorligt og fortjener ordentlig behandling fra en autoriseret psykolog eller læge. Intet her erstatter det, og et labpanel er ikke en diagnose. Men hvis du har arbejdet med din psyke i årevis og aldrig én eneste gang kigget på din tarm, så er dette den dør, ingen har åbnet.

Hvis du bliver ved med at spise mad, som dit immunforsvar reagerer på, forbliver tarmslimhinden betændt, hvilket nærer permeabiliteten og forhindrer restitutionen [8][9]. Normalt betyder det at finde dine triggere en lang eliminationsdiæt: at fjerne hele fødevaregrupper og langsomt indføre dem igen. Test springer det meste af det over. Du får at vide præcis, hvilke fødevarer der er problemet, og undgår kun dem. Undtagelsen er candida: har du en overvækst, skal du stadig undgå den mad, der fodrer den, mens du får balancen tilbage, uanset hvad dine følsomhedssvar viser.

Sundt tandkød bløder ikke, aldrig. Hvis dit bløder, når du bruger tandtråd eller børster, er det inflammation og et af de tidligste tegn på paradentose [16]. En tyk hvid belægning på tungen kan tyde på candida i munden [17]. Tre eller flere svampeinfektioner på et år er candida omkring ni gange ud af ti [18]. Forskere tager også candidas forbindelse til kræft alvorligt: den producerer kræftfremkaldende stoffer som acetaldehyd, med det stærkeste belæg for sammenhængen med kræft i mundhulen [19][20].

KBMO FIT-panelerne (22, 132 eller 176 fødevarer), hver sammen med et Gut Barrier Panel, måler dit immunforsvars reaktivitet over for specifikke fødevarer og tilsætningsstoffer plus hvor utæt slimhinden er. GI-MAP er en DNA-baseret afføringsprøve, der kortlægger bakterier, gær, parasitter og markører for fordøjelse, inflammation og immunaktivitet, med valgfrie tilføjelser for zonulin og StoolOMX. Oral Microbiome Profile kortlægger bakterierne i din mund, inklusive patogenerne ved paradentose. Tre døre: din mad, din tarm og din mund.

Jess kørte præcis denne profil på sig selv, og den kom tilbage med rødt kompleks og orange kompleks, hvilket er, hvad de fleste menneskers kommer tilbage med. Han havde ingen symptomer nogen af de gange, han testede, og hans tandlæge havde aldrig nævnt noget. Det krævede en spytprøve at se det.

Han kørte dagligt en rutine uden antibiotika: to orale probiotika (ProBiora og BLIS K12 og M18), en sonisk tandbørste, en mundskyller, tandpasta med nanohydroxyapatit og skylningerne. Ved gentesten lå rødt kompleks under detektionsgrænsen, og den tilbageværende organisme i orange kompleks var faldet til en lille brøkdel af udgangspunktet, med god margin inden for det sunde interval.

Detaljen, der gjorde forskellen: zinkskylningen blev hældt i mundskyllerens beholder med varmt vand. En skylning i munden når tandoverfladen, men rødt kompleks lever nede i tandkødslommen, hvor skylning aldrig når. En mundskyller driver den samme opløsning under tryk direkte ind i den lomme. De samme produkter, som de fleste allerede har, helt anden levering.

Kør det i tre faser. Slå ud: zinkskylning i beholderen, mens der er en aktiv infektion. Bekræft: test igen efter omkring halvfems dage, for det er testen, der siger, hvornår du er færdig, ikke kalenderen. Genopbyg: zinken ud, kun milde skylninger, probiotika om aftenen efter tandbørstningen, så de lander på en ren overflade og etablerer sig. At rense rødt kompleks ud tager dine gode bakterier med i købet, hvilket er præcis det, der skal ske, og præcis derfor fase tre ikke er valgfri.

To ting hører hjemme i stolen hos en god biologisk tandlæge. Lad en god biologisk tandlæge måle dine tandkødslommer, for tallet afgør indsatsen: 1 til 3 mm giver tandkødspleje, 4 mm og mere kræver tandrensning og rodhøvling, og fuld forstyrrelse af biofilmen er pointen med begge. Og begynd på protokollen mindst en dag før den rensning, ikke efter, for timerne efter en tandrensning er det mest åbne vindue, din mund vil have. En ting mere, som ingen nævner: disse organismer spredes mellem mennesker, der deler spyt, så hvis dit svar er positivt, så lad din partner teste og kør det sideløbende med dig.

Få pakken til mundsundhed Læs hele historien

Der findes to slags tests på denne side, og de giver meget forskellige ting tilbage.

En chiptest aflæser nogle hundredtusinde udvalgte positioner. 23andMe giver dig en zip-fil på omkring 5 til 7 megabyte, der åbnes til en ren tekstfil på omkring 15 til 25 megabyte, med mellem 550.000 og 700.000 positioner. FamilyTreeDNA giver dig en komprimeret CSV i samme størrelsesorden, dog frigiver de kun de positioner, de er sikre på, så du får deres udvalgte sæt i stedet for alt, hvad maskinen aflæste.

En sekventeringstest aflæser alt, omkring tre milliarder positioner, hver omkring 30 gange. Du får tre filer. BAM er den fulde alignment og fylder 80 til 120 gigabyte, så planlæg din lagerplads, før du downloader den. FASTQ er de rå aflæsninger. VCF er listen over de steder, hvor dit DNA afviger fra referencen, og det er den, næsten alle analyseværktøjer vil have. Ukomprimeret fylder den 10 til 20 gigabyte. Komprimeret kommer den ned på omkring 1 til 2 gigabyte.

Så det ærlige resumé er dette. En chipfil er lille nok til at sende på mail. Et helt genom er ikke, og du får brug for rigtig diskplads og tålmodighed med downloaden.

De fleste steder, der læser dine data, vil have VCF-filen, og de fleste vil have den komprimeret. Gode nyheder først: de fleste sekventeringsfirmaer giver dig allerede en fil, der ender på .vcf.gz, og .gz betyder, at den allerede er komprimeret. Ender din sådan, er du færdig, spring alt dette over, og upload den, som den er.

Ender din fil kun på .vcf, så sådan komprimerer du den.

På en Mac eller under Linux åbner du Terminal, går til mappen med filen og kører gzip -k dinfil.vcf. Flaget -k beholder originalen i stedet for at erstatte den, hvilket betyder noget, når downloaden tog et døgn. Du får dinfil.vcf.gz ved siden af.

På Windows installerer du 7-Zip, højreklikker på filen, vælger 7-Zip, vælger Tilføj til arkiv og sætter arkivformatet til gzip. Du får det samme .vcf.gz-resultat.

Har du allerede bioinformatikværktøjer installeret, er bgzip dinfil.vcf standarden inden for genomik, og nogle værktøjer vil udtrykkeligt have den. Almindelig gzip accepteres næsten overalt, så installér ikke noget til dette, medmindre et værktøj beder dig om det.

En ting, der er værd at vide, før du begynder. At komprimere en helgenom-VCF tager et stykke tid og kræver ledig plads til begge kopier på samme tid. Gør det, når du ikke har brug for computeren.

Intet af dette er mit, og jeg tjener ikke noget på det. Det er simpelthen der, filen går hen, når du først har den. Priser ændrer sig, så tjek, før du betaler.

Promethease er den bredeste af dem. Den kører din fil mod SNPedia og giver tusindvis af sammenhænge tilbage, og den har eksisteret siden 2008. Uploadgrænsen er 4 gigabyte, så en komprimeret helgenom-VCF kan være der.

Genetic Genie kører metylerings- og afgiftningspaneler gratis, og det er det, de fleste i den funktionelle verden faktisk er ude efter. Deres uploadgrænse er 1 gigabyte, og deres egen vejledning siger, at dybere sekventering giver mere præcise resultater. En chipfil kan altid være der. Et komprimeret helt genom kan ikke altid, og ligger dit over grænsen, skal du filtrere det først, hvilket virkelig går ud over en kort vejledning som denne.

SelfDecode er abonnementsbaseret og den mest gennemarbejdede i gruppen. Xcode Life og NutraHacker sælger enkelte rapporter én ad gangen. GEDmatch er til at finde slægtninge snarere end til sundhed, og den tager imod uploads fra de fleste testfirmaer, hvilket er, hvordan folk finder match mellem tjenester, der ikke taler sammen.

Før du uploader nogen steder, så se, hvad den side siger, at den gør med din fil. Du giver den mest identificerende information fra dig, du har, og den identificerer også dine blodsslægtninge, som ingen har spurgt.

Alle disse firmaer giver dig filen, men kun et par af dem lægger den et klik væk. Resten lader dig lede, og et af dem sætter et ur på det. Her er, hvor downloaden findes hos hver enkelt, ifølge mit seneste tjek. Menuer flytter sig, så hvis et trin ikke passer, så søg på ordene raw data i deres hjælpecenter.

Sequencing.com: log ind, åbn My Genomes, vælg genomet og derefter fanen Files til venstre. Hver fil (FASTQ, BAM, VCF) har sin egen download under kolonnen Actions, og i samme kolonne sidder skraldespanden, når du vil slette.

Nucleus: log ind, åbn Account settings, eller vælg Downloads i menuen under dit navn. Du kan tage VCF, CRAM, FASTQ og filerne for strukturelle varianter og kopiantal plus en kopi, der allerede er formateret til Promethease eller GEDmatch. For at slette, skriv til concierge@mynucleus.com fra adressen på kontoen.

Dante Labs: log ind, åbn Genome Manager, og download derfra. To advarsler. Hvert downloadlink dør 60 sekunder efter klikket, så start overførslen med det samme, og gem ikke linket til senere. Og kunder rapporterer, at FASTQ og BAM forsvinder fra kontoen efter den første måned, mens VCF bliver, så hent de store filer tidligt. Sletning anmodes om via support.dantelabs.com.

FamilyTreeDNA: slå først totrinsgodkendelse til, uden den nægter downloaden at køre. Derefter Results & Tools, Autosomal DNA, Download Raw Data, og tag filen Build 37 Concatenated. Pak den ikke ud, og omdøb den ikke, læserne vil have den præcis, som den kom. Sletning er en mail til deletemydata@familytreedna.com sendt fra kontoens hovedadresse, og det destruerer også den gemte prøve.

23andMe: klik på dit navn, derefter Settings, scroll til 23andMe Data, og klik View. Browse Raw Genotyping Data downloades på stedet; den fulde dataanmodning sendes på mail og kan tage dage. Permanently Delete Data ligger på samme side og afsluttes med et bekræftelseslink i din mail. Det kan ikke fortrydes, og det når ikke filer, du allerede har delt andre steder.

Sådan ville jeg gøre, og jeg ville gøre det samme uge, som resultaterne kommer. Først, gem hver rapport, de viser dig. Udskriv til PDF, eller tag skærmbilleder, for dashboardet er det, der forsvinder, når et firma sælges eller lukker. Dernæst, download råfilen, hele den, VCF og BAM, hvis du har disken, og læg en kopi et andet sted end på den bærbare, den kom ned på.

For det tredje, når du har tjekket, at kopierne kan åbnes, så gå tilbage og bed dem om at slette dine data og destruere prøven. Hvert firma på denne side gør det, trinene står ovenfor. At slette kontoen er ikke altid det samme som at slette data eller prøven, så bed om alle tre ved navn.

Grunden er enkel. Filen identificerer dig resten af livet, og den identificerer også dine børn og søskende, som ingen af dem har skrevet under på noget. Når du har din egen kopi, er der ingen grund til, at den ligger på en andens server og venter på det næste læk eller den næste køber.

Jeg er ikke læge, og jeg diagnosticerer ingen, og en genetisk variant er ikke en diagnose. At bære en variant betyder, at du bærer en variant. Det betyder ikke, at du har en tilstand, det betyder ikke, at du vil få en, og masser af mennesker bærer ting, de aldrig udtrykker. Det, dine gener giver dig, er et kort over tendenser, ikke en dom.

Det er en variabel. En stor en, og en som næsten ingen tjekker. Det er præcis sådan, jeg ville behandle den, som endnu en oplysning ved siden af dine blodprøver, dine symptomer og hvordan du faktisk har det, i stedet for som svaret, der kører hen over alle tre.

Hvis noget i en rapport bekymrer dig, så tag det med til en læge, der kan se hele billedet, helst en god funktionel læge, der læser den ved siden af dine prøvesvar i stedet for for sig.