ZIE WAT JE DARM ECHT AAN HET DOEN IS

Eén rij per aandoening, één bolletje per organisme dat een studie daarbij daadwerkelijk heeft gemeten. Elk bolletje linkt naar die studie op PubMed.

LPS is een stukje van de buitenwand van bepaalde darmbacteriën. Volg het in vier stappen, van wat het in je darm verhoogt tot de aandoeningen waarbij onderzoekers het hebben gemeten. Vier van die stappen zijn precies wat het Gut Barrier Panel afleest.

De wand van je dunne darm is maar één cel dik, en eiwitten die tight junctions heten vormen de afdichting tussen die cellen. Occludine is een van die afdichtingen. Een ander eiwit, zonuline, kan de verbindingen opentrekken. Als ze losser worden (verhoogde darmdoorlaatbaarheid), glippen halfverteerd voedsel, bacterieel afval en toxinen erdoorheen en zetten ze het immuunsysteem aan het werk [1][2][3].

Een van de best bestudeerde dingen die erdoorheen glippen is LPS (lipopolysacharide), een toxine dat door bepaalde darmbacteriën wordt afgegeven. Zelfs minieme hoeveelheden in het bloed, metabole endotoxemie genoemd, zijn genoeg om chronische ontsteking aan te jagen [4][5]. Hogere LPS-waarden duiken op bij obesitas, diabetes type 2, leververvetting en hartziekte, en dat is waarom steeds meer onderzoek de darmbarrière aanwijst als een oorzaak stroomopwaarts van ontsteking in plaats van als bijverschijnsel [4][5][6].

Elke keer dat je slikt, stuur je een dosis van je mond regelrecht je darm in. De hele dag, elke dag. Dat is geen beeldspraak, dat is leidingwerk, en onderzoekers die bij dezelfde mensen mond en ontlasting in kaart brachten zagen mondbacteriën die reis routinematig maken en zich verderop vestigen, veel vaker wanneer er ziekte in het spel is [28]. Wat betekent dat je mond geen apart systeem is dat toevallig boven je darm zit. Het is de voordeur, en wat daarachter leeft wordt afgeleverd.

Het werkt dus twee kanten op. Een gezonde mond zaait elke dag stilletjes een gezonde darm, zonder enige moeite, en daarom is je mond opruimen een van de goedkoopste stappen stroomopwaarts die je kunt zetten. Een ontstoken mond doet het omgekeerde. Je mond heeft ook een barrière, en bij tandvleesontsteking komen de bacteriën en hun toxinen ook in de bloedbaan. De ergste daarvan, aangevoerd door Porphyromonas gingivalis, blijft niet op zijn plek: het verstoort de darm zelf, verlaagt de tight junction-eiwitten en jaagt dezelfde endotoxemie aan [11][12][13]. P. gingivalis is ook aangetroffen in dichtgeslibde slagaders en in meer dan 90 procent van de hersenen van alzheimerpatiënten [21][22].

Candida maakt het erger, en die twee werken samen. Candida beschadigt de darmwand rechtstreeks met zijn toxine candidalysine [15], en boven in de mond werkt het samen met P. gingivalis, waarbij ze gedeelde biofilms bouwen die de bacterie verbergen voor je immuunsysteem en voor je antischimmelmiddelen [14]. Dat is een echt bondgenootschap en niet twee problemen die naast elkaar zitten: de gist geeft de bacterie dekking, de bacterie wrikt de barrière open, en samen houden ze hem open. Het is een belangrijke reden waarom candida zo lastig kwijt te raken is, en waarom een beschadigde darm moeite heeft te herstellen zolang de mond nog ontstoken is.

Dit is het stuk waar bijna niemand naar kijkt. Heb je het darmwerk gedaan, het dieet maanden volgehouden, en gaat je candida nog steeds niet omlaag, dan is een ontstoken mond die het stilletjes van bovenaf opnieuw zaait een van de eerste verborgen oorzaken om uit te sluiten. Dat is precies waar het Oral Microbiome Profile op screent, en daarom zit het in ronde 1 en niet in een lijstje extra’s.

Ben je er genetisch gevoelig voor, dan is een lekke barrière een erkend onderdeel van hoe auto-immuunziekte op gang komt. Als onverteerde eiwitten, bacteriefragmenten en toxinen de bloedbaan bereiken, kan het immuunsysteem het eigen weefsel gaan aanvallen [3][7]. Dit is het werk van dr. Alessio Fasano, die zonuline ontdekte en liet zien hoe het werkt als een deur naar ontsteking en auto-immuniteit. Verhoogde doorlaatbaarheid is vastgelegd bij PDS, inflammatoire darmziekte en diabetes type 1 [10].

Je darm en je hersenen zijn voortdurend in gesprek, twee kanten op: via de nervus vagus, via het immuunsysteem en via de stoffen die je darmbacteriën maken. Die verbinding heeft een naam, de microbioom-darm-hersenas, en het is op dit moment een van de meest actieve gebieden in de neurowetenschap [23][24].

De lekke barrière uit de stukken hierboven hoort bij dat verhaal. Als LPS en bacteriefragmenten de bloedbaan in gaan, stopt de ontsteking die daarop volgt niet bij de darmwand. Onderzoekers die de immuunreactie op darmbacteriën maten bij mensen met een ernstige depressie vonden de markers van een lekke barrière verhoogd, en stelden die overgang naar de bloedbaan voor als onderdeel van het ontstekingsbeeld bij depressie [25].

Het meest opvallende onderzoek loopt de andere kant op. Toen darmbacteriën van mensen met een depressie werden overgezet in kiemvrij opgegroeide dieren, vertoonden die dieren depressieachtig gedrag en verschuivingen in hun stofwisseling die dieren met bacteriën van een gezonde donor niet lieten zien [26][27]. Dat is geen bewering dat bacteriën bij een mens depressie veroorzaken, en niemand beweert dat ook. Het betekent dat de darm geen toeschouwer is bij stemming, en dat het een van de weinige factoren stroomopwaarts is die je echt kunt meten en waar je iets aan kunt doen.

Dit is dus een factor, een echte, en bijna niemand kijkt ernaar. Angst en depressie zijn ernstig en verdienen echte zorg van een bevoegde professional in de geestelijke gezondheidszorg. Niets hier vervangt dat, en een labpanel is geen diagnose. Maar als je al jaren aan je hoofd werkt en nog nooit naar je darm hebt gekeken, dan is dit de deur die niemand opendeed.

Blijf je voedingsmiddelen eten waar je immuunsysteem op reageert, dan blijft de darmwand ontstoken, wat de doorlaatbaarheid voedt en herstel in de weg staat [8][9]. Normaal betekent het vinden van je triggers een lang eliminatiedieet: hele voedingsgroepen schrappen en ze langzaam weer introduceren. Testen slaat het grootste deel daarvan over. Je komt er precies achter welke voedingsmiddelen het probleem zijn en die laat je gewoon staan. De ene uitzondering is candida: heb je een overgroei, dan moet je nog steeds de voeding vermijden die het voedt terwijl je het weer in balans brengt, wat je gevoeligheidsuitslagen ook zeggen.

Gezond tandvlees bloedt niet, nooit. Bloedt dat van jou bij het flossen of poetsen, dan is dat ontsteking en een van de vroegste signalen van tandvleesontsteking [16]. Een dikke witte aanslag op je tong kan wijzen op candida in de mond [17]. Drie of meer schimmelinfecties in een jaar is in ongeveer negen van de tien gevallen candida [18]. Onderzoekers nemen het verband tussen candida en kanker ook serieus: het maakt kankerverwekkende stoffen zoals aceetaldehyde, met het sterkste bewijs voor mondkanker [19][20].

De KBMO FIT-panels (22, 132 of 176 voedingsmiddelen), elk gecombineerd met een Gut Barrier Panel, meten je immuunreactie op specifieke voedingsmiddelen en additieven plus hoe lek de darmwand is. De GI-MAP is een DNA-gebaseerde ontlastingstest die bacteriën, gisten, parasieten en markers van vertering, ontsteking en immuunactiviteit in kaart brengt, met optionele uitbreidingen voor zonuline en StoolOMX. Het Oral Microbiome Profile brengt de bacteriën in je mond in kaart, inclusief de parodontale ziekteverwekkers. Drie deuren: je voeding, je darm en je mond.

Jess deed precies dit profiel bij zichzelf en het kwam terug met rood complex en oranje complex, wat bij de meeste mensen terugkomt. Hij had geen klachten, geen van beide keren dat hij testte, en zijn tandarts had er nooit iets over gezegd. Er was een speekselmonster voor nodig om het te zien.

Hij deed één routine per dag, zonder antibiotica: twee mondprobiotica (ProBiora en BLIS K12 en M18), een sonische tandenborstel, een waterflosser, tandpasta met nanohydroxyapatiet en de spoelingen. Bij de hertest zat het rode complex onder de detectiegrens en was het overgebleven organisme uit het oranje complex gezakt tot een fractie van waar het begon, ruim binnen het gezonde bereik.

Het detail dat het verschil maakte: de zinkspoeling ging in het reservoir van de waterflosser met warm water. Een spoeling die je door je mond spoelt raakt het tandoppervlak, maar het rode complex zit diep in de tandvleespocket waar spoelen nooit komt. Een waterflosser drukt dezelfde oplossing onder druk regelrecht die pocket in. Dezelfde producten die de meeste mensen al in huis hebben, een compleet andere manier van toedienen.

Doe het in drie fasen. Doden: zinkspoeling in het reservoir zolang er een actieve infectie is. Bevestigen: hertest rond negentig dagen, want de test vertelt je wanneer je klaar bent, niet de kalender. Opnieuw bevolken: zink eruit, alleen nog milde spoelingen, probiotica ’s avonds na het poetsen zodat ze op een schoon oppervlak landen en zich vestigen. Het rode complex opruimen neemt je goede bacteriën mee, en dat hoort precies zo te gaan, en is precies waarom fase drie niet optioneel is.

Twee dingen horen thuis in de stoel van een goede biologische tandarts. Laat je tandvleespockets opmeten door een goede biologische tandarts, want het getal bepaalt de ingreep: 1 tot 3 mm krijgt een tandvleesbehandeling, 4 mm en meer vraagt om gebitsreiniging tot onder het tandvlees, en volledige verstoring van de biofilm is bij allebei het doel. En begin minstens een dag vóór die reiniging met het protocol, niet erna, want de uren na zo’n reiniging zijn het meest open venster dat je mond zal hebben. Nog iets wat niemand noemt: deze organismen gaan over tussen mensen die speeksel delen, dus is jouw uitslag positief, laat je partner dan ook testen en doe het samen.

Neem de Oral Health Bundle Lees het hele verhaal

Er staan twee soorten tests op deze pagina en ze leveren heel verschillende dingen op.

Een chiptest leest een paar honderdduizend gekozen posities. 23andMe geeft je een zipbestand van ongeveer 5 tot 7 megabyte dat opent als een plat tekstbestand van zo'n 15 tot 25 megabyte, met tussen de 550.000 en 700.000 posities. FamilyTreeDNA geeft je een gecomprimeerde CSV in dezelfde orde van grootte, al geven ze alleen de posities vrij waar ze zeker van zijn, dus je krijgt hun geselecteerde set in plaats van alles wat de machine las.

Een sequencingtest leest het geheel, zo'n drie miljard posities, elk ongeveer 30 keer. Je krijgt drie bestanden. De BAM is de volledige uitlijning en is 80 tot 120 gigabyte, dus regel je opslag voordat je hem downloadt. De FASTQ zijn de ruwe leesresultaten. De VCF is de lijst met plekken waar jouw DNA afwijkt van de referentie, en dat is degene die vrijwel elk analyseprogramma wil hebben. Ongecomprimeerd is dat 10 tot 20 gigabyte. Gecomprimeerd zakt het naar ongeveer 1 tot 2 gigabyte.

De eerlijke samenvatting is dus deze. Een chipbestand is klein genoeg om te mailen. Een volledig genoom niet, en je hebt echte schijfruimte en geduld met de download nodig.

De meeste plekken die je data lezen willen de VCF, en de meeste willen hem gecomprimeerd. Eerst het goede nieuws: de meeste sequencingbedrijven geven je al een bestand dat eindigt op .vcf.gz, en die .gz betekent dat het al gecomprimeerd is. Eindigt die van jou zo, dan ben je klaar, sla dit helemaal over en upload hem zoals hij is.

Eindigt je bestand op een kale .vcf, dan comprimeer je hem zo.

Op een Mac of onder Linux open je Terminal, ga je naar de map met het bestand en voer je gzip -k jouwbestand.vcf uit. De -k houdt je origineel in plaats van het te vervangen, wat uitmaakt als de download een dag heeft geduurd. Je krijgt jouwbestand.vcf.gz ernaast.

Op Windows installeer je 7-Zip, klik je met de rechtermuisknop op het bestand, kies je 7-Zip, kies je Toevoegen aan archief en zet je het archiefformaat op gzip. Je krijgt hetzelfde .vcf.gz resultaat.

Heb je al bio-informaticagereedschap staan, dan is bgzip jouwbestand.vcf de standaard in de genomica en een paar tools vragen daar expliciet om. Gewone gzip wordt bijna overal geaccepteerd, dus installeer hier niets voor tenzij een tool erom vraagt.

Eén ding om te weten voor je begint. Een volledig genoom-VCF comprimeren duurt even en vraagt vrije ruimte voor beide kopieën tegelijk. Doe het wanneer je de computer niet nodig hebt.

Geen van deze is van mij en ik verdien er niets aan. Het is simpelweg waar het bestand heen gaat zodra je het hebt. Prijzen veranderen, dus kijk het na voor je betaalt.

Promethease is de breedste. Het legt je bestand naast SNPedia en geeft duizenden associaties terug, en het draait al sinds 2008. De uploadlimiet is 4 gigabyte, dus een gecomprimeerde volledig genoom-VCF past.

Genetic Genie biedt methylatie- en ontgiftingspanels zonder kosten, en dat is waar de meeste mensen uit de functionele geneeskunde eigenlijk voor komen. Hun uploadlimiet is 1 gigabyte, en hun eigen uitleg zegt dat diepere sequencing nauwkeuriger resultaten geeft. Een chipbestand past altijd. Een gecomprimeerd volledig genoom soms niet, en zit die van jou erboven, dan moet je hem eerst filteren, en dat gaat echt verder dan een korte instructie als deze.

SelfDecode werkt op abonnement en is de meest verzorgde van het stel. Xcode Life en NutraHacker verkopen losse rapporten per stuk. GEDmatch is voor het vinden van familie en niet voor gezondheid, en het accepteert uploads van de meeste testbedrijven, en zo vinden mensen matches tussen diensten die onderling niet praten.

Kijk voordat je ergens uploadt wat die site zegt met je bestand te doen. Je geeft de meest identificerende informatie weg die je hebt, en het identificeert ook je bloedverwanten, aan wie niemand iets gevraagd heeft.

Elk van deze bedrijven geeft je het bestand, maar maar een paar zetten het één klik verderop. De rest laat je zoeken, en één zet er een klok op. Hier zit de download bij elk van hen, per mijn laatste check. Menu's verhuizen, dus als een stap niet klopt, zoek in hun helpcentrum op de woorden raw data.

Sequencing.com: log in, open My Genomes, kies het genoom, dan het tabblad Files aan de linkerkant. Elk bestand (FASTQ, BAM, VCF) heeft zijn eigen download onder de kolom Actions, en in diezelfde kolom zit de prullenbak als je wilt verwijderen.

Nucleus: log in, open Account settings, of kies Downloads in het menu onder je naam. Je kunt de VCF, CRAM, FASTQ en de structurele en kopie-aantalbestanden meenemen, plus een kopie die al klaar is voor Promethease of GEDmatch. Om te verwijderen mail je vanaf het adres van je account naar concierge@mynucleus.com.

Dante Labs: log in, open Genome Manager en download daar. Twee waarschuwingen. Elke downloadlink sterft 60 seconden na je klik, dus start de overdracht meteen en bewaar de link niet voor later. En klanten melden dat de FASTQ en BAM na de eerste maand uit het account verdwijnen terwijl de VCF blijft, dus haal de grote bestanden vroeg op. Verwijderen vraag je aan via support.dantelabs.com.

FamilyTreeDNA: zet eerst tweestapsverificatie aan, zonder weigert de download. Dan Results & Tools, Autosomal DNA, Download Raw Data, en neem het bestand Build 37 Concatenated. Niet uitpakken, niet hernoemen, de lezers willen het precies zoals het kwam. Verwijderen is een e-mail naar deletemydata@familytreedna.com vanaf het hoofdadres van het account, en dat vernietigt ook het bewaarde monster.

23andMe: klik op je naam, dan Settings, scrol naar 23andMe Data en klik op View. Browse Raw Genotyping Data downloadt meteen; de volledige data-aanvraag komt per e-mail en kan dagen duren. Permanently Delete Data staat op diezelfde pagina en wordt afgerond via een bevestigingslink in je mail. Het is onomkeerbaar en reikt niet tot bestanden die je al elders hebt gedeeld.

Dit is de volgorde die ik zou aanhouden, en ik zou het doen in de week dat de resultaten binnenkomen. Ten eerste, bewaar elk rapport dat ze je tonen. Print naar PDF of maak een schermafbeelding, want het dashboard is het deel dat verdwijnt als een bedrijf wordt verkocht of sluit. Ten tweede, download het ruwe bestand, helemaal, de VCF en de BAM als je de schijfruimte hebt, en zet een kopie ergens anders dan op de laptop waar het op binnenkwam.

Ten derde, als je hebt gecontroleerd dat de kopieën openen, ga terug en vraag ze je data te verwijderen en het monster te vernietigen. Elk bedrijf op deze pagina doet dat, de stappen staan hierboven. Het account verwijderen is niet altijd hetzelfde als de data of het monster verwijderen, dus vraag alle drie bij naam.

De reden is simpel. Het bestand identificeert jou voor de rest van je leven, en ook je kinderen en je broers en zussen, van wie niemand iets heeft getekend. Zodra je je eigen kopie hebt, is er geen reden dat het op andermans server blijft staan, wachtend op het volgende lek of de volgende koper.

Ik ben geen arts en ik diagnosticeer niemand, en een genetische variant is geen diagnose. Een variant dragen betekent dat je een variant draagt. Het betekent niet dat je een aandoening hebt, het betekent niet dat je er een krijgt, en heel veel mensen dragen dingen die ze nooit tot uiting brengen. Wat je genen je geven is een kaart van neigingen, geen vonnis.

Het is een variabele. Een grote, en een die bijna niemand nakijkt. Precies zo zou ik het behandelen, als nog een stuk informatie naast je bloedwaarden, je klachten en hoe je je werkelijk voelt, in plaats van als het antwoord dat die drie overstemt.

Maakt iets in een rapport je ongerust, leg het dan voor aan een arts die naar het hele plaatje kan kijken, het liefst een goede arts functionele geneeskunde die het naast je labwaarden leest in plaats van los daarvan.