看看你的腸道到底在做什麼

一列代表一種病症，一個圓點代表某項研究確實在該病症中量測到的一種菌。每一個圓點都是通往 PubMed 上那份研究的連結。

LPS 是特定腸道細菌外壁的一部分。分四個步驟跟著它走，從什麼會在你的腸道裡讓它升高，一路到研究人員量測到它伴隨出現的那些病症。其中四個步驟，正是腸道屏障檢測所讀取的內容。

你小腸的內壁只有一個細胞厚，而被稱為緊密連接的蛋白質，就是這些細胞之間的封條。Occludin 是其中一道封條。另一種蛋白質 zonulin 則能把這些連接拉開。當它們鬆開時（也就是腸道通透性增加），部分消化的食物、細菌廢物與毒素就會開始溜過去，並啟動免疫系統 [1][2][3]。

其中被研究得最多的溜過去的東西之一是 LPS（脂多醣），一種由特定腸道細菌釋出的毒素。血液中即使只有極微量，也就是所謂的代謝性內毒素血症，就足以推動慢性發炎 [4][5]。較高的 LPS 濃度出現在肥胖、第二型糖尿病、脂肪肝與心臟病之中，這也是為什麼越來越多研究把腸道屏障視為發炎的上游原因，而不是它的副產物 [4][5][6]。

你每吞嚥一次，就把一劑口腔送進腸道。一整天，每一天。這不是比喻，這是管路，而研究人員在為同一批人的口腔與糞便定序後發現，口腔細菌確實會定期完成這趟旅程，並在更下游定居下來，在有疾病存在時更是明顯 [28]。這意味著你的口腔並不是一個剛好位在腸道上方的獨立系統。它是前門，而門後住著什麼，就會被送下去。

所以它是雙向的。一個健康的口腔，每天不費吹灰之力就默默為健康的腸道播種，這也是為什麼把口腔整理乾淨，是你手上最便宜的上游動作之一。發炎的口腔則做著相反的事。你的口腔也有屏障，而在牙周病的情況下，它的細菌與毒素同樣會進入血液。其中最糟的一種，以牙齦卟啉單胞菌 (Porphyromonas gingivalis) 為首，並不會待在原地：它會擾亂腸道本身，降低緊密連接蛋白，並推動同樣的內毒素血症 [11][12][13]。P. gingivalis 也曾在阻塞的動脈中，以及超過九成的阿茲海默症大腦中被發現 [21][22]。

念珠菌讓情況更糟，而且兩者是合作的。念珠菌會透過它的毒素 candidalysin 直接損傷腸道內壁 [15]，而在口腔裡，它會與 P. gingivalis 結盟，建立共享的生物膜，把細菌藏起來，躲開你的免疫系統，也躲開你的抗真菌品 [14]。那是一個真正的同盟，而不是兩個並排的問題：酵母菌給細菌掩護，細菌把屏障撬開，而它們一起把它撐著不讓它閉合。這是念珠菌之所以這麼難擺脫的一大原因，也是為什麼在口腔仍然發炎時，受損的腸道很難癒合。

這是幾乎沒有人會檢查的一環。如果你已經做完腸道的功課、飲食也維持了好幾個月，而你的念珠菌仍然降不下來，那麼一個發炎的口腔正從上方悄悄重新為它播種，就是最該優先排除的隱藏原因之一。那正是口腔微生物相分析所篩檢的目標，也是它為什麼被放在第一輪，而不是放在一份額外項目清單裡。

如果你在基因上有這方面的傾向，滲漏的屏障已被公認是自體免疫疾病發動過程的一部分。當未消化的蛋白質、細菌碎片與毒素進入血液時，免疫系統可能開始攻擊自身組織 [3][7]。這是 Alessio Fasano 博士的研究成果，他發現了 zonulin，並說明它如何成為通往發炎與自體免疫的一道門。腸道通透性增加已在腸躁症、發炎性腸道疾病與第一型糖尿病中被記錄下來 [10]。

你的腸道與大腦持續在雙向對話：沿著迷走神經、透過免疫系統，也透過你的腸道細菌所製造的化學物質。這個連結有一個名字，叫做微生物相－腸－腦軸，也是目前神經科學中最活躍的領域之一 [23][24]。

上面幾節提到的滲漏屏障，是這個故事的一部分。當 LPS 與細菌碎片穿進血液時，隨之而來的發炎並不會停在腸壁。研究人員在量測重度憂鬱症患者對腸道細菌的免疫反應時，發現滲漏屏障的指標升高，並提出這種移位是憂鬱症發炎樣貌的一部分 [25]。

最引人注目的研究則是反過來做的。當研究者把憂鬱症患者的腸道細菌移植到無菌環境中飼養的動物身上時，那些動物出現了類憂鬱行為與代謝上的改變，而接受健康捐贈者細菌的動物則沒有 [26][27]。這並不是在主張細菌會導致一個人憂鬱，也沒有人這樣主張。它的意思是，腸道在情緒這件事上並不是旁觀者，而且它是少數你真的能量測、也真的能著手改變的上游變項之一。

所以這是一個變項，一個真實存在的變項，而幾乎沒有人去檢查它。焦慮與憂鬱是嚴肅的問題，值得由領有執照的心理健康專業人員提供真正的照護。這裡的任何內容都不能取代那份照護，一份檢測報告也不是診斷。但如果你已經在自己的心理層面努力了好幾年，卻從來沒有看過一次自己的腸道，那這就是那道沒有人替你打開的門。

如果你持續吃著免疫系統正在反應的食物，腸道內壁就會維持發炎，助長通透性並阻礙癒合 [8][9]。一般來說，要找出你的觸發食物意味著一段漫長的排除飲食：切掉整個食物類別，再慢慢重新導入。檢測省下了其中大部分工夫。你會確切知道哪些食物有問題，然後只避開那些就好。唯一的例外是念珠菌：如果你有過度增生，在把它調回平衡的期間，仍然必須避開餵養它的食物，無論你的敏感檢測結果如何。

健康的牙齦不會流血，永遠不會。如果你在使用牙線或刷牙時會流血，那就是發炎，也是牙周病最早期的徵象之一 [16]。舌頭上厚厚一層白色覆蓋物，可能指向口腔念珠菌 [17]。一年之內發生三次以上的黴菌感染，大約十次有九次是念珠菌 [18]。研究人員也認真看待念珠菌與癌症的關聯：它會產生乙醛等致癌化合物，其中證據最強的是與口腔癌的關聯 [19][20]。

KBMO FIT 系列（22、132 或 176 種食物），每一種都搭配一份腸道屏障檢測，量測你對特定食物與添加物的免疫反應性，以及內壁滲漏的程度。GI-MAP 是一項以 DNA 為基礎的糞便檢測，描繪細菌、酵母菌、寄生蟲，以及消化、發炎與免疫活性的指標，並可選擇加購 zonulin 與 StoolOMX。口腔微生物相分析描繪你口腔裡的細菌，包括牙周病原菌。三道門：你的食物、你的腸道，以及你的口腔。

傑斯在自己身上做了完全相同的這份分析，結果驗出紅色複合體與橘色複合體，而多數人的結果也是驗出這些。他兩次檢測時都沒有症狀，他的牙醫也從來沒有提過。要看見它，需要的是一份唾液樣本。

他每天執行一套流程，完全沒有使用抗生素：兩種口腔益生菌（ProBiora 以及 BLIS K12 與 M18）、一支音波牙刷、一台沖牙機、奈米羥基磷灰石牙膏，還有那些漱口水。在重測時，紅色複合體已低於偵測極限，而殘餘的橘色複合體菌種也降到起始值的一小部分，穩穩落在健康範圍內。

造成差別的細節是：鋅漱口水加溫水，放進沖牙機的水箱裡。用嘴巴漱的漱口水碰得到牙齒表面，但紅色複合體住在牙周囊袋深處，漱口永遠到不了那裡。沖牙機則會把同樣的溶液加壓，直接打進那個囊袋。多數人本來就有的同樣產品，完全不同的輸送方式。

分三個階段執行。殺：在感染仍然活躍時，把鋅漱口水放進水箱。確認：大約九十天後重測，因為告訴你何時完成的是檢測，不是日曆。重新培植：停掉鋅，只用溫和的漱口水，並在刷完牙後的晚上補充益生菌，讓它們落在乾淨的表面上定殖。清掉紅色複合體時，你的好菌也會一起被帶走，那正是應該發生的事，也正是第三階段不可省略的原因。

有兩件事屬於一位好的生物牙醫的診療椅。請一位好的生物牙醫量測你的牙周囊袋深度，因為那個數字決定療程：1 到 3 mm 做牙齦處置，4 mm 以上需要洗牙與牙根整平，而兩者的重點都是徹底破壞生物膜。另外，請在那次洗牙前至少一天就開始這套流程，而不是在洗牙之後，因為洗牙後的那幾個小時，是你的口腔最敞開的一段時間。還有一件沒人提的事：這些菌種會在共享唾液的人之間傳遞，所以如果你的結果是陽性，請讓你的伴侶也去檢測，並和你一起執行。

取得口腔健康組合包 閱讀完整的故事

這個頁面上有兩種檢測，它們交回來的東西差很多。

晶片檢測讀取幾十萬個挑選過的位點。23andMe 會給您一個約 5 到 7 MB 的 zip 檔，解開後是一個約 15 到 25 MB 的純文字檔，裡面有 55 萬到 70 萬個位點。FamilyTreeDNA 給的是相近大小的壓縮 CSV，不過他們只釋出有把握的位點，所以您拿到的是他們篩選過的那一組，而不是機器讀到的全部。

定序檢測則是全部讀完，約三十億個位點，每個大約讀 30 次。您會拿到三個檔案。BAM 是完整的比對資料，大約 80 到 120 GB，所以下載前先規劃好儲存空間。FASTQ 是原始讀取資料。VCF 是您的 DNA 與參考序列不同之處的清單，而這也是幾乎所有分析工具要的那一個。未壓縮時約 10 到 20 GB，壓縮後降到大約 1 到 2 GB。

所以老實說結論是這樣。晶片檔小到可以直接寄信。全基因組不行，您會需要真正的硬碟空間，以及等待下載的耐心。

大多數能讀您資料的地方都要 VCF，而且大多數要壓縮過的。先說好消息：大多數定序公司交給您的檔案已經是 .vcf.gz 結尾，而 .gz 就代表已經壓縮好了。若您的檔案是這樣結尾，那就完成了，跳過這一段直接上傳即可。

如果您的檔案只以 .vcf 結尾，壓縮方式如下。

在 Mac 或 Linux 上，打開終端機，切換到檔案所在的資料夾，執行 gzip -k yourfile.vcf。-k 會保留原檔而不是取代它，當下載花了一整天時這很重要。您會在旁邊得到 yourfile.vcf.gz。

在 Windows 上，安裝 7-Zip，對檔案按右鍵，選 7-Zip，選加入壓縮檔，把壓縮格式設為 gzip。會得到一樣的 .vcf.gz 結果。

如果您已經裝了生物資訊工具，bgzip yourfile.vcf 是基因體學的標準做法，有少數工具指定要這個。一般的 gzip 幾乎到處都能用，所以除非工具要求，不必為了這件事去安裝任何東西。

開始前有一件事值得知道。壓縮全基因組 VCF 要花一段時間，而且需要同時容納兩份副本的空間。選在不需要用電腦的時候做。

這些都不是我的，我也沒有任何抽成。它們只是您拿到檔案之後該送去的地方。價格會變動，付款前先確認。

Promethease 是裡面涵蓋最廣的。它將您的檔案與 SNPedia 比對，回傳數千筆關聯資訊，從 2008 年運作至今。上傳上限是 4 GB，所以壓縮過的全基因組 VCF 放得下。

Genetic Genie 提供免費的甲基化與排毒分析，而這正是功能醫學領域大多數人真正想要的。他們的上傳上限是 1 GB，且他們自己的說明也提到定序深度越高結果越準。晶片檔永遠放得下。壓縮過的全基因組有時放不下，若您的超過上限，就得先篩選過，而那確實已經超出這種簡短說明的範圍。

SelfDecode 是訂閱制，也是這群裡最精緻的。Xcode Life 和 NutraHacker 都是單份販售報告。GEDmatch 是用來找親屬而非健康分析，它接受大多數檢測公司的檔案，這也是人們能在彼此不相通的服務之間找到配對的方式。

在上傳到任何地方之前，先看看那個網站自述會怎麼處理您的檔案。您交出去的是自己所擁有最具識別性的資訊，而它同時也識別了您的血親，而那些人沒有被問過。

這些公司都會把檔案給您，但只有少數幾家把它放在一鍵可達的地方。其餘的要您自己找，還有一家給它上了計時器。以下是我最近一次核對時各家的下載位置。選單會挪動，如果某一步對不上，就到他們的說明中心搜尋 raw data。

Sequencing.com：登入，打開 My Genomes，選取基因組，然後點左側的 Files 分頁。每個檔案（FASTQ、BAM、VCF）在 Actions 欄都有各自的下載，準備刪除時，同一欄裡有垃圾桶。

Nucleus：登入，打開 Account settings，或在您名字底下的下拉選單裡選 Downloads。可以拿到 VCF、CRAM、FASTQ 以及結構變異和拷貝數檔案，還有一份已為 Promethease 或 GEDmatch 整理好格式的副本。要刪除，請用帳戶信箱寫信到 concierge@mynucleus.com。

Dante Labs：登入，打開 Genome Manager，從那裡下載。兩點提醒。每條下載連結在點選後 60 秒失效，所以要立刻開始傳輸，別把連結留到以後。另有客戶反映第一個月後 FASTQ 和 BAM 會從帳戶裡消失而 VCF 還在，所以大檔案要早點拿。刪除透過 support.dantelabs.com 提出申請。

FamilyTreeDNA：先開啟雙重驗證，沒開下載就不會運作。然後 Results & Tools、Autosomal DNA、Download Raw Data，拿 Build 37 Concatenated 那份檔案。不要解壓縮，不要改檔名，解讀工具要的就是它原來的樣子。刪除是用帳戶主要信箱發信到 deletemydata@familytreedna.com，同時會銷毀留存的檢體。

23andMe：點您的名字，再點 Settings，下滑到 23andMe Data 點 View。Browse Raw Genotyping Data 當場就能下載；完整資料要提出申請，透過電子郵件寄送，可能要等幾天。Permanently Delete Data 就在同一頁，透過信箱裡的確認連結完成。不可撤銷，也管不到您已經分享到別處的檔案。

這是我會採用的順序，而且我會在結果送達的那一週就做。第一，保存他們呈現的每一份報告。列印成 PDF 或截圖，因為公司被收購或收掉時，消失的正是那個面板。第二，下載原始檔案，全部下載，VCF 加上 BAM（如果您的硬碟裝得下），並把一份副本放在下載它的那台筆電之外的地方。

第三，確認副本打得開之後，回去要求他們刪除您的資料並銷毀檢體。這一頁上的每家公司都會照做，步驟在上面。刪除帳戶並不總是等於刪除資料或檢體，所以三樣都要點名提出。

原因很單純。這個檔案會終身識別您，也會識別您的孩子和兄弟姊妹，而他們誰都沒簽過字。一旦您手裡有了自己的副本，就沒有理由讓它繼續躺在別人的伺服器上，等著下一次外洩或下一個買家。

我不是醫生，也不在診斷任何人，而且一個基因變異並不是診斷。帶有變異只表示您帶有變異。它不表示您有某種疾病，不表示您將來會得，而且很多人帶著一輩子都不會表現出來的東西。基因給您的是一張傾向的地圖，而不是判決。

這是一個變數。一個很大的變數，也是幾乎沒人去查的變數。我會就是這樣看待它：把它當成放在您的抽血報告、症狀與實際感受旁邊的另一項資訊，而不是能覆蓋這三者的答案。

若報告裡有什麼讓您擔心，就拿去給能看見整體情況的醫生，最好是一位好的功能醫學醫師，能把它與您的檢驗報告一起讀，而不是單看。