あなたの腸が実際に何をしているかを見る

1行につき1つの疾患、1つの円につき、その疾患で実際に測定された1つの菌を表します。どの円も、PubMed のその研究へのリンクになっています。

LPS は特定の腸内細菌の外壁の一部です。腸の中で何がそれを増やすのかから、研究者がそれと並べて測ってきた状態まで、4つの段階で追ってみましょう。そのうち4つの段階が、まさに Gut Barrier Panel が読み取るものです。

小腸の粘膜は細胞ひとつぶんの厚さしかなく、タイトジャンクションと呼ばれるタンパク質が細胞どうしの封じ目としてはたらいています。オクルディンはその封じ目のひとつです。もうひとつのゾヌリンというタンパク質は、その結合を引き開けることがあります。結合がゆるむと(腸管透過性の亢進)、消化しきれていない食べもの、細菌の老廃物、毒素がすり抜けはじめ、免疫系を刺激します [1][2][3]。

すり抜けるもののうち、最もよく研究されているのが LPS(リポ多糖)です。特定の腸内細菌が放出する毒素で、血中にごくわずかあるだけでも、代謝性内毒素血症と呼ばれ、慢性の炎症を引き起こすのに十分です [4][5]。LPS の値が高いことは、肥満、2型糖尿病、脂肪肝、心疾患にわたって見られます。だからこそ、腸のバリアを炎症の副産物ではなく上流の原因とみなす研究が増えているのです [4][5][6]。

唾を飲み込むたびに、あなたは口の中身をひと口ぶん、そのまま腸へ送り込んでいます。一日じゅう、毎日です。これは比喩ではなく配管の話で、同じ人の口と便を並べて解析した研究者たちは、口の細菌がふつうにその旅をして、下流に住み着いていることを見つけました。疾患があるときは、その傾向がはるかに強くなります [28]。つまりあなたの口は、たまたま腸の上にある別の系統ではありません。玄関であり、その奥に住んでいるものは何であれ配達されていくのです。

ですから、これは両方向にはたらきます。健やかな口は、何の努力もいらないまま、毎日そっと健やかな腸の種をまきます。口をきれいにすることが、あなたに手が届くいちばん安価な上流の一手である理由がここにあります。炎症を抱えた口は、その逆をします。口にもバリアがあり、歯周病があると、その細菌と毒素もまた血流に入り込みます。なかでも最悪の一群を率いる Porphyromonas gingivalis は、その場にとどまりません。腸そのものを乱し、タイトジャンクションのタンパク質を減らし、同じ内毒素血症を引き起こします [11][12][13]。P. gingivalis は、詰まった動脈からも、アルツハイマー病の脳の90パーセント以上からも見つかっています [21][22]。

カンジダはそれをさらに悪くしますし、この2つは手を組んで動きます。カンジダは毒素カンジダライシンによって腸の粘膜を直接傷つけ [15]、口の中では P. gingivalis と組んで共通のバイオフィルムを作り、細菌をあなたの免疫からも抗真菌薬からも隠します [14]。これは2つの問題がたまたま並んでいるのではなく、本物の同盟です。酵母が細菌に隠れ場所を与え、細菌がバリアをこじ開け、ふたつでそれを開いたままにします。カンジダがこれほど振り払いにくい大きな理由であり、口が炎症を抱えたままでは傷んだ腸が回復しにくい理由でもあります。

ここが、ほとんど誰も確かめていない部分です。腸のケアをやり切り、何か月も食事を守ってきたのに、それでもカンジダが下がらないなら、炎症を抱えた口が上から静かに種をまき直していることが、まず除外すべき隠れた原因のひとつです。Oral Microbiome Profile はまさにそれを調べるものであり、おまけの一覧ではなく第1ラウンドに置いてある理由でもあります。

遺伝的に起こりやすい体質であれば、バリアの漏れは自己免疫疾患が始まる道筋の一部として認められています。消化しきれていないタンパク質、細菌の断片、毒素が血流に届くと、免疫系が自分自身の組織を攻撃しはじめることがあります [3][7]。これはゾヌリンを発見し、それが炎症と自己免疫への入り口としてはたらくことを示した Dr. Alessio Fasano の研究です。透過性の亢進は、過敏性腸症候群、炎症性腸疾患、1型糖尿病で記録されています [10]。

あなたの腸と脳は、たえず双方向で会話しています。迷走神経を通して、免疫系を通して、そして腸内細菌が作り出す化学物質を通して。このつながりには名前があり、マイクロバイオータ・腸・脳軸と呼ばれ、いま神経科学で最も活発な領域のひとつです [23][24]。

前の節で述べたバリアの漏れも、その物語の一部です。LPS や細菌の断片が血流へ渡ると、そのあとに続く炎症は腸の壁で止まりません。大うつ病の人において腸内細菌に対する免疫反応を測った研究者たちは、バリアの漏れを示す指標が高くなっていることを見つけ、その移行がうつ病の炎症像の一部であると提唱しました [25]。

最も印象的な研究は、逆方向に進みます。うつ病の人の腸内細菌を無菌で育てた動物に移したところ、その動物はうつ病に似た行動と代謝の変化を示しましたが、健康な提供者の細菌を与えられた動物にはそれが起きませんでした [26][27]。これは、細菌が人のうつ病を引き起こすという主張ではありませんし、誰もそう主張していません。意味しているのは、腸は気分において傍観者ではないということ、そして腸は実際に測って手を打てる数少ない上流の要素のひとつだということです。

ですからこれは要素です。本物の要素で、しかもほとんど誰も確かめていません。不安と抑うつは深刻なものであり、資格を持つメンタルヘルスの専門家による本物のケアを受けるに値します。ここにあるものがその代わりになることはありませんし、検査のパネルは診断ではありません。ですが、何年も心に取り組んできて、腸を一度も見たことがないのなら、これは誰も開けてこなかった扉です。

免疫が反応する食べものを食べつづけると、腸の粘膜は炎症を抱えたままになり、透過性を助長して回復を妨げます [8][9]。ふつう、自分の引き金を見つけるには長い除去食が必要です。食品群をまるごと外し、少しずつ戻していく作業です。検査を使えば、その大部分を省けます。どの食べものが問題なのかが正確にわかり、それだけを避ければすみます。例外はカンジダだけです。増殖がある場合は、過敏の結果にかかわらず、バランスを取り戻すあいだそれを養う食べものを避ける必要があります。

健やかな歯ぐきは、決して出血しません。フロスや歯みがきで血が出るなら、それは炎症であり、歯周病の最も早いサインのひとつです [16]。舌の厚い白い苔は、口腔カンジダを示していることがあります [17]。年に3回以上のカンジダ感染は、10回のうち9回ほどはカンジダです [18]。研究者たちはカンジダとがんの関連も真剣に受け止めています。カンジダはアセトアルデヒドのような発がん性のある物質を作り出し、最も強い証拠は口腔がんとの結びつきを示しています [19][20]。

KBMO FIT パネル(22、132、176 食品)は、それぞれ Gut Barrier Panel と組み合わせて、特定の食品や添加物に対する免疫の反応性と、粘膜がどれだけ漏れているかを測ります。GI-MAP は DNA にもとづく便検査で、細菌、酵母、寄生虫に加え、消化、炎症、免疫の活動を示す指標を描き出します。ゾヌリンと StoolOMX の追加もお選びいただけます。Oral Microbiome Profile は、歯周病の病原体を含む口の中の細菌を描き出します。3つの扉、つまりあなたの食べもの、腸、そして口です。

Jess はこのプロファイルを自分自身で受け、レッドコンプレックスとオレンジコンプレックスを持っているという結果が返ってきました。多くの人の結果もそうです。彼はどちらの検査のときも症状がなく、歯科医から指摘されたこともありませんでした。それが見えたのは、唾液のサンプルを取ったからです。

彼は抗生物質をいっさい使わず、毎日ひとつの手順を続けました。2種類の口腔プロバイオティクス(ProBiora と BLIS K12 および M18)、音波歯ブラシ、ウォーターフロッサー、ナノハイドロキシアパタイトの歯みがき粉、そして洗口液です。再検査ではレッドコンプレックスは検出限界以下となり、残っていたオレンジコンプレックスの菌も、始めたときのごく一部にまで下がって、健やかな範囲にしっかり収まっていました。

違いを生んだのはこの点です。亜鉛の洗口液を、ぬるま湯とともにウォーターフロッサーのタンクに入れたことです。口に含んですすぐ洗口液は歯の表面には触れますが、レッドコンプレックスは歯周ポケットの奥に住んでいて、すすぐだけでは決して届きません。ウォーターフロッサーは同じ液を、圧をかけてそのポケットへまっすぐ届けます。多くの人がすでに持っているのと同じ製品で、届け方だけがまるで違うのです。

3つの段階で進めてください。叩く: 感染が活動しているあいだは、亜鉛の洗口液をタンクに入れて使います。確かめる: 90日ほどで再検査します。終わったかどうかを教えてくれるのはカレンダーではなく検査だからです。戻す: 亜鉛はやめて、やさしい洗口液だけにし、歯みがきのあとの夜にプロバイオティクスを取ります。きれいな面に落ち着いて定着できるようにするためです。レッドコンプレックスを片づけると、よい菌も一緒に減ります。それはまさに起きるべきことであり、第3段階が省けない理由でもあります。

腕のよい生物学的歯科医の椅子で受けるべきことが2つあります。腕のよい生物学的歯科医に歯周ポケットを測ってもらってください。その数値で処置が決まるからです。1〜3 mm なら歯肉の処置、4 mm 以上ならスケーリングとルートプレーニングが必要で、どちらもバイオフィルムを完全に壊すことが目的です。そしてそのクリーニングのあとではなく、少なくとも前日から手順を始めてください。スケーリング後の数時間は、あなたの口がいちばん開いた状態になるからです。もうひとつ、誰も言わないことがあります。これらの菌は唾液を共有する人のあいだで移るので、結果が陽性なら、パートナーにも検査を受けてもらい、一緒に取り組んでください。

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このページには二種類の検査があり、返ってくるものが大きく違います。

チップ検査は選ばれた数十万箇所を読みます。23andMeは約5から7メガバイトのzipファイルを渡し、展開すると約15から25メガバイトのテキストファイルになり、55万から70万箇所が入っています。FamilyTreeDNAは同じくらいのサイズの圧縮されたCSVを渡しますが、確信のある箇所だけを公開するので、機械が読んだすべてではなく厳選されたセットが届きます。

シーケンシング検査は全体を読みます。約30億箇所をそれぞれ約30回。ファイルは三つ届きます。BAMは完全なアライメントで、80から120ギガバイトあるので、ダウンロード前に保存先を考えてください。FASTQは生のリードです。VCFはあなたのDNAが参照配列と異なる箇所の一覧で、ほとんどの解析ツールが求めるのはこれです。非圧縮で10から20ギガバイト、圧縮するとおよそ1から2ギガバイトになります。

正直にまとめるとこうです。チップファイルはメールで送れるほど小さい。全ゲノムはそうではなく、本格的なディスク容量と、ダウンロードを待つ忍耐が必要です。

データを読むサービスのほとんどはVCFを求め、その多くが圧縮されたものを求めます。まず良い知らせから。多くのシーケンシング会社はすでに.vcf.gzで終わるファイルを渡しており、.gzはすでに圧縮済みを意味します。そうならここは飛ばして、そのままアップロードしてください。

ファイルが.vcfだけで終わっている場合の圧縮手順です。

MacやLinuxではターミナルを開き、ファイルのあるフォルダに移動して gzip -k yourfile.vcf を実行します。-k は元のファイルを置き換えずに残すオプションで、ダウンロードに一日かかった場合には重要です。隣に yourfile.vcf.gz ができます。

Windowsでは7-Zipを入れ、ファイルを右クリックして7-Zipを選び、アーカイブに追加を選んで、形式をgzipにします。同じ.vcf.gzが得られます。

バイオインフォマティクスのツールをすでに入れているなら、bgzip yourfile.vcf がゲノミクスの標準で、一部のツールはこれを指定します。通常のgzipはほぼどこでも受け入れられるので、ツールに言われない限りこのために何かを導入する必要はありません。

始める前に一つ。全ゲノムのVCFの圧縮は時間がかかり、両方のコピーを同時に置く空き容量が必要です。パソコンを使わない時間にやってください。

これらはどれも私のものではなく、私に収入はありません。ファイルを手にしたあとの行き先というだけです。料金は変わるので、支払う前に確かめてください。

Prometheaseが最も幅広いです。ファイルをSNPediaと照合して何千もの関連情報を返し、2008年から稼働しています。アップロード上限は4ギガバイトなので、圧縮した全ゲノムのVCFは収まります。

Genetic Genieはメチル化と解毒のパネルを無料で提供しており、機能医学の世界の多くの人が本当に求めているのはこれです。アップロード上限は1ギガバイトで、公式の案内でも深いシーケンシングほど精度が上がるとしています。チップファイルは常に収まります。圧縮した全ゲノムは収まらないことがあり、超えた場合は先に絞り込む必要がありますが、それはこの程度の短い案内の範囲を超えます。

SelfDecodeはサブスク制で、この中で最も洗練されています。Xcode LifeとNutraHackerはレポートを個別に販売しています。GEDmatchは健康ではなく親族探しのためのもので、多くの検査会社からのアップロードを受け付けます。互いに連携していないサービスをまたいで一致を探せるのはこのためです。

どこかにアップロードする前に、そのサイトがファイルをどう扱うと記しているかを確かめてください。あなたが持つ最も個人を特定する情報を渡すことになり、それは血縁の親族も特定します。彼らは誰も尋ねられていません。

どの会社もファイルは渡してくれますが、ワンクリックで取れるのは数社だけです。ほかは探させますし、一社は制限時間まで付けています。私が最後に確認した時点での、各社のダウンロード場所です。メニューは変わるので、手順が合わなければヘルプセンターで raw data と検索してください。

Sequencing.com：ログインして My Genomes を開き、ゲノムを選んで左側の Files タブへ。各ファイル（FASTQ、BAM、VCF）は Actions 列にそれぞれダウンロードがあり、削除したいときは同じ列のゴミ箱です。

Nucleus：ログインして Account settings を開くか、名前の下のドロップダウンから Downloads を選びます。VCF、CRAM、FASTQ、構造変異とコピー数のファイル、さらに Promethease や GEDmatch 用に整形済みのコピーも取れます。削除はアカウントのメールアドレスから concierge@mynucleus.com へ連絡します。

Dante Labs：ログインして Genome Manager を開き、そこからダウンロードします。注意が二つ。ダウンロードリンクはクリックから60秒で失効するので、すぐ転送を始め、リンクを後回しにしないこと。そして最初の1か月を過ぎると FASTQ と BAM がアカウントから消え、VCF だけ残るという報告があるので、大きなファイルは早めに取ってください。削除は support.dantelabs.com から依頼します。

FamilyTreeDNA：まず二要素認証をオンにします。なしではダウンロードが動きません。次に Results & Tools、Autosomal DNA、Download Raw Data と進み、Build 37 Concatenated のファイルを取ります。解凍も名前の変更もしないこと。解析サイトは届いたままの形を求めます。削除はアカウントの主メールアドレスから deletemydata@familytreedna.com へメールし、保管されている検体も破棄されます。

23andMe：自分の名前をクリックし、Settings、下へ進んで 23andMe Data の View をクリック。Browse Raw Genotyping Data はその場でダウンロードできます。完全なデータ請求はメールで届き、数日かかることがあります。Permanently Delete Data も同じページにあり、メールの確認リンクで完了します。取り消しはできず、すでに他所へ共有したファイルには及びません。

私ならこの順番で、結果が届いた週のうちにやります。一つ目、表示されるレポートをすべて保存する。PDF に印刷するかスクリーンショットを撮ってください。会社が売却されたり閉鎖されたりしたとき、消えるのはダッシュボードだからです。二つ目、生データを丸ごとダウンロードする。VCF と、容量があれば BAM も。そして落としたノートパソコン以外の場所にコピーを置く。

三つ目、コピーが開くことを確かめたら、戻ってデータの削除と検体の破棄を依頼する。このページの会社はどこも応じます。手順は上のとおりです。アカウントの削除がデータや検体の削除と同じとは限らないので、三つとも名指しで求めてください。

理由は単純です。そのファイルは一生あなたを特定し、何も署名していないあなたの子どもや兄弟姉妹まで特定します。自分のコピーを手にしたら、次の漏えいや次の買い手を待ちながら他人のサーバーに置いておく理由はありません。

私は医師ではなく、誰の診断もしていません。そして遺伝子バリアントは診断ではありません。バリアントを持っているのは、バリアントを持っているということだけです。病気であることを意味せず、これからなることも意味せず、多くの人が一生表に出ないものを持っています。遺伝子が与えてくれるのは傾向の地図であって、判決ではありません。

これは変数です。大きな変数で、ほとんどの人が調べない変数です。私ならまさにそう扱います。三つを上書きする答えとしてではなく、血液検査、症状、そして実際の体調の隣に置くもう一つの情報として。

レポートの何かが気になったら、全体像を見られる医師に相談してください。できれば、単独ではなく検査結果と並べて読んでくれる、良い機能医学の医師が理想的です。